Nadat NCIS er niet in slaagt om een mol in de afdeling te lokaliseren, dringt onderminister van Defensie Corbin Duggan aan op nieuw leiderschap en neemt de eenheid Los Angeles over van Hetty en Granger. Ook reist het team naar Syrië om een High Value Target te pakken waarbij een teamlid ernstig gewond raakt als de missie misgaat.

Het team reist naar Syrië om een hoogwaardig doelwit te veroveren, maar de missie gaat mis wanneer hun helikopter wordt neergehaald, waardoor Kensi zwaar gewond raakt en de rest van het OSP-team moet werken rond Duggan om ervoor te zorgen dat ze levend naar buiten komen.

Het NCIS LA-team onderzoekt een ontvoeringszaak terwijl ze twee team-leden missen. Hetty wordt vastgehouden in D.C. voor ondervraging, en Kensi ligt nog steeds op de IC na de missie in Syrië.

Nadat een agent van het ministerie van Binnenlandse Veiligheid is vergiftigd door een berucht moordenaars-drietal, NCIS ontdekt een magazijn met valse portemonnees en een geldspoor naar gestolen overheidsmiddelen. Nell voegt zich ook bij het team in het veld.

De moord op een machinist van de Marine leidt tot een grote zoektocht naar bewijzen. Anna Kolcheck gaat samenwerken met Callen en Sam helpt Hetty met het lopende onderzoek naar de mol

De man die het leven van een luitenant redde, blijkt een duister verleden te hebben. Hierdoor komt een lokale tiener in gevaar. Sam moet beslissen welke collega hij meeneemt naar de football-wedstrijd van Los Angeles

Callen gaat undercover als patiënt in een psychiatrisch ziekenhuis. Hij is op zoek naar een verdwenen NSA-agent

Na Callen's vader wordt Garrison gevonden in een ziekenhuiskamer van een NCIS-patiënt tijdens een geval van stralingsvergiftiging. Callen moet hem naar het boothuis brengen voor ondervraging. Ook bespreekt het team hun plannen met Thanksgiving.

Nadat een onbekende vrouwelijke aanvaller vermomd als afgevaardigden van de Sheriff twee mannen vermoordde voor het huis van Callen, krijgt het NCIS-team een nieuw spoor in het lopende onderzoek naar de mol. Nell bezoekt ook een gevangenis om een gevangene te interviewen die informatie achterhoudt over het lek op de afdeling.

Sam werkt samen met Anna en Callen in het onderzoek naar de verdwijning van een luitenant. Daarnaast viert het team samen de Kerstdagen

Sam gaat undercover in een beveiligingsbedrijf dat connecties heeft met criminele organisaties. Callen en Anna discussiëren over de volgende stappen in hun relatie.

Het gevonden bewijsmateriaal leidt tot de arrestatie van Callen, Sam, Granger en Deeks. Op dezelfde dag komt staatssecretaris Duggan terug.

Hetty verlaat het team. De mol ontvoert een van de agenten.

De emoties lopen hoog op als een van de agenten wordt vastgehouden op een onbekende locatie

Nadat een bewoner uit een bejaardentehuis is ontvoerd, ontdekt het team een paar oplichters.

Sam denkt dat een ex-collega tijdens een gevaarlijke undercovermissie een drugsbaron wil ontmaskeren.

Nadat de US Treasury Department is gehackt gaan Nell en Eric undercover als koppel. Ze hopen een man en vrouw te vinden die meer af weten van de misdaad.

Een ingenieur is vermoord. Callen en Sam gaan undercover om zijn collega te achtervolgen. Deeks regelt een verrassingsbijeenkomst voor Kensi en haar vrienden.

Het team doet onderzoek naar een aannemer. Lamont zegt bewijs te hebben dat de marine geheimen verkoopt aan de buitenlandse overheid. Kensi en Deeks gaan undercover.

Een kapitein van de marine ontvoert een fondsenbeheerder. Het team moet hierdoor samenwerken met een gepensioneerde admiraal

Tijdens een onderzoek werkt het NCIS-team samen met Hetty's voormalige oorlogcollega's uit Vietnam

De vrouw van Sam is ontvoerd. De daders willen dat Tahir Khaled wordt vrijgelaten uit de gevangenis. In ruil daarvoor geven ze meer informatie over waar de vrouw van Sam zich bevindt.

Sams vrouw is ontvoerd. Sam wordt opstandig tegenover het team. Hij probeert zijn aartsvijand Tahir Khaled duidelijk te maken om nooit meer zijn familie als doelwit te gebruiken.