Калън и Сам са затворени в подводница, насочена от терористи за удар със самолетоносач в Сан Диего. Междувременно Хети не се подчинява на заповед и отказва пътуването си до Вашингтон, докато екипът се опитва да открие Калън и Сам и да спре удара.

Докато разследват убийството на флотски подизпълнител, замесен в незаконни трансакции на поверителни данни, екипът в Ел Ей открива, че един от техните хора е компрометиран. Същевременно Хети е разследвана от Вашингтон като това засяга и останалите.

Екипът в Ел Ей предприема действия по защитаване на един от своите, докато биват разпитвани от Министерството на правосъдието. Междувременно Нел влиза под прикритие като Хети, която получава обезпокоителна новина от директора Леон Ванс.

Екипът в Ел Ей научава, че някой от миналото им се е прицелил в един от техните, и заедно започват трескаво претърсване на града. Междувременно оперативният психолог посещава Нел, за да ѝ помогне да преодолее травмиращо преживяване.

Екип "Скорпион" трябва да преминат задължителна психологическа оценка или да бъдат разпуснати, след като са унищожили безценно произведение на изкуството в опит да опазят изложба. Междувременно Пейдж иска помощ от екипа във връзка с Ралф.

Мъж е убит от малък дрон и екипът открива връзка с терористична група, която планира нов удар. Времето напредва неумолимо и Нел трябва да използва експертните си познания, за да отклони атаката от Лонг Бийч.

Кенси и Дийкс разследват под прикритие убийството на бездомник, който някога е бил морски пехотинец, а също и бивш агент на ЦРУ, като откриват връзката между него и Мексиканския картел.

След като Грейнджър е отровен и Ерик е един от седемте заподозрени, Хети разпорежда отцепване на сградата, докато не бъдат разследвани всички.

Сам размишлява над своето възпитание и връзката си с баща си, докато екипът разследва убийствата на морски офицери, чиито синове са посещавали военни академии.

Екипът разследва обир в компания за кибер сигурност, но Калън трябва да стои далеч от местопрестъплението, след като Хети е установила, че приятелката му е една от водещите свидетели по случая.

Калън е под прикритие в пощенския отдел на офис сграда, за да разследва търговец на оръжие, но сградата бива превзета от терористи и Калън става техен заложник. Когато екипът идва на помощ, откриват, че цялата сграда е опасана с експлозиви.

Американската посланичка Нанси Кели избягва на косъм терористично нападение в консулството в Тунис и Калън и Сам са изпратени на опасна тайна мисия, за да се сдобият с ключова улика от местопрестъплението.

Калън и Сам са под прикритие като собственици на камион за храна в Мексико, за да открият източника на натравяне с антракс, преди да бъде използван като биологично оръжие.

Калън и Сам са отвлечени след последване на анонимна информация за изчезнал агент на Националната служба за сигурност. Когато екипът установява липсата им, те осъзнават, че това може да е било капан, заложен от терористи.

Калън и Сам трябва да заловят шпионин на ЦРУ и Сам е прострелян, а екипът се обръща за помощ към Тапа, елитния непалски войник от миналото им. Междувременно Кенси и Дийкс имат първото си официално скарване.

Докато екипът разследва смъртта на един от трима афганистански войници, обучаващи се в САЩ, те откриват, че други двама войници са изчезнали и трябва спешно да бъдат издирени, преди да разкрият секретна информация за военни операции.

Трима агенти на ФБР са убити при експлозия след успешна операция и екипът издирва човека, който стои зад нападението. В това време Дийкс и Кенси осъзнават, че екипът знае за връзката им, когато Хети ги разделя по време на разследване.

Военно изпитание е похитено и отклонено, а екипът издирва група хакери, отговорни за нападението, с помощта на млад компютърен специалист, когото Хети включва в разследването, но това предизвиква проява на ревност от страна на Нел.

Калън и Сам възстановяват тайните си самоличности като затворник и надзирател, за да проникнат в група, притежаваща краден ядрен материал, докато Кенси се превъплъщава в татуирана мотористка, за да изиграе ролята на приятелка на Калън.

Калън и Сам са шокирани, когато техен стар познат, считан от тях за скорошна жертва на убийство, се появява и ги моли за помощ. В хода на разследването екипът открива вероятен пробив в икономическите санкции на Америка срещу Русия.

Екипът търси бивш морски пехотинец и снайперист, избягал от болница за ветерани, когато откриват връзка между него и лидер на екстремистка групировка. Този случай напомня на Кенси за миналото ѝ като снайперист.

Калън и Сам търсят отговори, когато намират мъртви членове на екипажа на изчезнал петролен танкер, използван в сделките на Аркадий с Русия, като също така откриват и лична връзка на Аркадий с кораба.

Случаят с Аркадий и личната му връзка с петролния танкер отвежда Калън, Сам, Дийкс и Кенси в Москва, където те трябва да приемат различни тайни самоличности, за да открият своите заподозрени. Междувременно Калън открива нова информация за баща си.