Sam und Deeks waren in Sidorovs Gewalt schrecklichen Foltermethoden ausgesetzt, können aber von ihren Kollegen befreit werden.

Während Deeks immer noch mit den Folgen der Folter zu kämpfen hat, wartet auf das Team vom NCIS L.A. bereits ein neuer Fall: Der pensionierte Vice Admiral William Gardner stürzt mit seinem Privatjet auf dem Flughafen von L.A. ab.

Das Unternehmen Norris Bio Tech arbeitet an einem Impfstoff, der gegen das Gift Rizin wirkt und in den falschen Händen verheerende Folgen haben kann. Als der Firmeninhaber samt seines Ferraris in die Luft gejagt wird, nimmt der NCIS L.A. die Ermittlungen auf.

Die Ermittlungen in einem mysteriösen Fall führen Callen zurück in seine Kindheit: Ein abgeschnittener Finger, der in einem Wohnhaus gefunden wird, deutet nebst einer blutigen Botschaft darauf hin, dass Michael Reinhardt, der offenbar Callens Vater ist, entführt wurde.

Als sie nach einem Langstreckenlauf das Ziel erreicht, wird Robin Henson entführt. Wie sich herausstellt, ist sie die Freundin des Ex-Navy-Drohnensoftwarespezialisten William Garrett, der inzwischen eine eigene Softwareschmiede führt.

Als eine Special Task Force ein Drogenkartell hochnehmen will, gibt es ein Blutbad: Die Gangster müssen von dem Zugriff gewusst haben und töten mehrere Beamte. Offenbar hat ein Maulwurf die Gangster informiert.

Aus der Energiebehörde werden sensible Daten gestohlen: Ein bewaffneter, vermummter Mann eignete sich die Standorte des US Miniature Integrated Nuclear Detection System an, das zur Terrorismusabwehr dient

Wer hat den Navy-Nachrichtendienstoffizier Gary Leonida umgebracht? Der Mann wurde tot im Pool der Entzugsklinik gefunden, in der er sich zur Behandlung befand. Kensi und Deeks schleusen sich undercover in das Krankenhaus ein

Einem Sicherheitsbeamten, der auf einem US-Militärstützpunkt in Bahrein getötet wurde, hat der Mörder einen USB-Stick mit brisanten Informationen über pakistanische Atomwaffen abgenommen. Alles deutet zunächst auf einen Gurkha hin.

Das FBI will den rumänischen Menschenhändler Zevlos verhaften, bekommt ihn aber nicht zu fassen. Zunächst soll der NCIS den Fall übernehmen, wird dann aber zurückgepfiffen. Sam, Callen und Deeks geben sich damit nicht zufrieden und ermitteln heimlich auf eigene Faust.

Unbekannte überfallen Senator Lockharts Tochter Lily in ihrem Haus. Sam und Callen übernehmen den Fall und geraten dabei selbst in die Schusslinie: Die Täter verfolgen jeden ihrer Schritte mittels Handy-Ortung.

Weil er dabei ist, den Geldfluss einer Terrorzelle zu enthüllen, muss ein FinCEN-Agent sterben. Das NCIS-Team setzt alles daran die Verantwortlichen zu finden.

Zwei Unternehmer, die im Auftrag des Militärs agierten, werden ermordet. Eine Zeugin verrät dem NCIS-Team, dass vermutlich noch ein Unternehmer im Visier des Killers ist. Sam und Callen machen ihn ausfindig

Der Mord an einem Diplomaten führt Sam und Callen nach Mexico: Der ehemalige Killer Tuhon, mit dem es das Duo in seinem allerersten Fall zu tun hatte, soll in das Verbrechen verwickelt sein. Nun gilt es, den Mann aufzuspüren

Auf einem Fischmarkt in Los Angeles geht eine Bombe hoch. Für die Ermittlungen schließen sich Sam und Callen mit einer DEA-Agentin zusammen, die undercover auf dem Markt ermittelt hat.

Vor laufender Kamera wird ATF-Agent Clark von einer Gang brutal hingerichtet. Clark ermittelte undercover in einem Fall von Waffenschmuggel. Deeks und seine Kollegen müssen nun schnell den Maulwurf enttarnen

Erics Kumpel Ira, ein begabter Hacker, wird in seiner eigenen Wohnung attackiert und angeschossen. Sam und Callen übernehmen den Fall und finden heraus, dass Ira an einer pikanten Sicherheitslücke in einem Computerprogramm namens "Zero Day" gearbeitet hat.

Kensi wurde von den Taliban gekidnappt. Deeks, Sam und Callen reisen nach Afghanistan, um sie zu finden und zu befreien. Bald haben sie eine Spur, die zu einem Haus und schließlich zu einer Höhle führt.

Al Kaida hat Adrian Davis im Visier, der nach einer Haftstrafe wegen Unterschlagung wieder auf freiem Fuß ist. Während seiner Zeit im Irak hat er Gelder eines Aufbaufonds in die eigene Tasche gesteckt.

Der NCIS-Agent Paulo Angelo arbeitet seit längerem undercover an der Überführung des Drogenbosses Brunson. Callen und Sam entführen den Kollegen, da der Verdacht besteht, dass er übergelaufen ist.

Auf spektakuläre Weise werden Pläne für eine neuartige Drohne gestohlen. Chef-Ingenieurin bei dem Projekt ist Jessica Peyton, die Sam in Saudi Arabien schützte. Peytons Tochter Riley ist ebenfalls verschwunden

Auf einer Wohltätigkeitsveranstaltung des Militärs geht eine Bombe hoch. Die Reporterin Dana Steele verdächtigt öffentlich die Falschen der Tat - und muss dafür sterben.

Die Leiche eines U-Boot-Ingenieurs führt den NCIS zu einer Neonazi-Gruppierung namens Herrenvolk-Bruderschaft. Offensichtlich ist sie in Drogengeschäfte verwickelt und gab ein U-Boot bei Werft-Besitzer Charles Anderson in Auftrag.