Миналият сезон завърши с публичната стрелба на Калън по Хамелеона. Не всичко е наред в отдела. Калън е под наблюдение, а на Хети все повече й харесва животът в пенсия.

Случаен кадър, заснет от дрон, на работилница за бомби в Афганистан, показва тялото на наскоро оттеглил се пехотинец. Военноморските криминалисти разследват защо пехотинецът е в Афганистан и дали не е предал страната си.

Агентите разследват компроментирана операция. 4-ма души са свързани с класифициран проект и са убити при експлозия по време на вечеря.

Екипът разследва трагичната смърт на член на екипа на американски сенатор, който е прегазен на улицата. Случаят става от национална важност. Агентите трябва да преценят дали е случаен трагичен инцидент или политически сценарий с дълбоки корени.

Агент от ЦРУ, работил със Сам Хана преди 8 години, търси помощта му и скоро е намерен мъртъв. Очевидната причина е самоубийство. Хана и Калън подозират двойна игра и голяма конспирация.

Военните криминалисти продължават разследването на смъртта на агента от ЦРУ. То ги отвежда до опасен кръг на руски супер агенти. В надпревара с времето, Хана рискува да разкрият голяма тайна.

Агентите пътуват към крайбрежието, за да търсят връзка между сърфист, видео в Интернет и мъртъв технически учен от флота. Докато Калън и Хана разследват връзките на жертвата със разузнаването, Дийкс и Кенси минават под прикритие, за да научат нещо за жертвата и да хванат някоя вълна.

Агентите разследват мотивите зад убийството на бивш агент от ЦРУ, настоящ милионер. По време на случая трябва да разпитат Хети за него.

Агентите разследват странен и нагъл обир, извършен от стрелец в костюм. Обирът може директно да повлияе на американската икономика. В това време Дийкс свидетелства по случай, а Грейнджър предлага да партнира на Кенси.

Калън, Сам, Кенси и Дийкс прекарват Коледа на борда на самолет, разследвайки смъртта на техен колега - специален агент. В това време, Нел и Ерик прекарват празниците в щаб квартирата, а Хети заминава на пътешествие.

Престъпник от миналото на Дийкс е мишена, защото е открил информация, която може да осуети операция за пренос на коли с връзки в световните престъпни кръгове.

Калън, Сам, Кенси и Дийкс са под прикритие като елитен тактически отряд. Разследват засада на важна клечка с терористични връзки.

Объркана вдовица не вярва на обстоятелствата около смъртта на съпруга й-пехотинец, в битка.Сам и Калън ще помогнат да се разбере дали случаят е покрит. Междувременно Хети привиква оперативният психолог и екипът подозира, че ги чака ново оценяване.

Калън минава под прикритие и се внедрява в мрежа на чеченски терористи, които набират чуждестранни бойци, които да станат част от тяхната кауза. Те планират следващата си атака над САЩ.

Разследване води агентите до единствения оцелял от бивша терористична организация. Кенси и Дийкс следват уликите.

Калън се притеснява, че Сам може да е прекалено емоционално обвързан с афганистанец, който преди години му е помогнал, когато Сам е бил ранен по време на мисия.

Сам се страхува за семейството си, когато жена му е извикана, за да резюмира стар случай на ЦРУ. Случаят предполага връзки с известния Сидоров и неговите откраднати ядрени бомби.

Когато оръжието на убийство в Айдахо съвпада с оръжие, използвано в случай от национална сигурност в Ел Ей, Калън и Сам отиват на местопрестъплението, за да помогнат на местните военни криминалисти: Ред е група местни военни криминалисти, които живеят и работят заедно по случаи.

Докато разследването на криминалистите от Ел Ей следва улики, екипът на Ред пътуват в своите пикапи, на име "Лавърн и Шърли". Преследват терорист, преди той да изчезне отново.

Цианид, пуснат в обществената водоразпределителна мрежа отравя пилот от флота. Състоянието му е сериозно. Агентите от специалния отряд разследват дали е изолиран случай или широкомащабен замисъл.

След успешното залавяне на известен бос на картел, изчезва тяло. Агентите от специалния екип разследват изтичането на информация и търсят изчезналото тяло.

Калън разпитва Хети за мотивите й, когато странен случай с мистериозна жена се разкрива и тя се оказва агент под прикритие от миналото на Хети.

Дийкс минава под прикритие, за да получи информация за известен търговец на оръжия, който иска да се върне в бизнеса. Жената, с която работи, води разследването в грешна посока.

Експлозия в пустинята събужда търсене на ядрено оръжие и подтиква Хети да смени обичайните двойки. Калън и Кенси заминават, а Сам и Дийкс си партнират на местна почва.