Hetty lemondásának híre gyorsan terjed, a Callen-ről készült videó pedig elárasztja a világhálót. A CIA és Vance igazgató pedig tudni akarják, hogyan lőhetett le egy NCIS ügynök élő adásban egy fegyvertelen férfit. A csapat persze mindent megtesz azért, hogy minél előbb felgöngyölítsék az ügyet és megvédjék a beépített emberüket.

Egy afganisztáni vallási támadást követően a halottak között rábukkannak egy amerikai katona holttestére is. A vakációról visszatérő NCIS csapat persze vizsgálódni kezd, hogy hazaárulást követett-e el a tengerész és milyen kapcsolatban állhatott a Taliban-nal.

Négy, látszólag teljesen idegen ember életét veszti egy éttermi robbantásban. Kiderül, hogy egy kísérleti projekt, az Éberség elit játékosai voltak. Sam és Callen rájönnek, hogy van egy ötödik ember is, így versenyt futnak az idővel, hogy ők találják meg hamarabb, ne pedig az elkövető.

A politikai megújulást hirdető Tenez szenátorjelölt egyik kampányfelelősét elgázolják. A balesetről hamar kiderül, hogy gyilkosság, azonban az indíték nem tisztázott. Kensi így fedett munkát kap, be kell épülnie a kampánystábba, és szemmel tartania Tenez-t és csapatát, hogy vajon érinti-e az ügy a nemzetbiztonságot.

Sam váratlan hívást kap az éjszaka kellős közepén egykori bajtársától. A férfi utolsó üzenete és halála is titkokkal övezett, így az NCIS csapatán a sor, hogy rájöjjenek, fenyegeti-e veszély a nemzet biztonságát. Az áldozat ugyanis őrült ötleteiről volt hírhedt a CIA-nél.

Az NCIS és más ügynökségek is versenyt futnak az idővel, hogy a bombák ne kerülhessenek illetéktelen kezekbe. Amikor pedig már úgy tűnik, hogy elkéstek, a volt KGB-s Arkady-hoz fordulnak. Sidorov ráadásul azok közé tartozik, akiket szinte lehetetlen lenyomozni. Sam így kénytelen bevetni a tökéletes fegyvert, Quinn-t.

Egy járókelő szemtanúja lesz két mentős kivégzésének, és egy súlyos sérült meggyilkolásának. A videó, amit készített, hamar elterjed az interneten, s az NCIS Los Angeles csapata is onnan értesül a történtekről. Kiderül, hogy az áldozat Kevin Stoke tengerészeti labor-munkatársa volt.

Miután egy visszavonult CIA ügynököt meggyilkolnak az otthonában, Hetty a csapatára bízza az ügyet. A nyomozás során kiderül, hogy Hetty és az áldozat ismerték egymást, és nagy esély van rá, hogy ő is veszélyben lehet - a közös múltjuk miatt.

Egy nyugodtnak induló napon pár jelmezes fegyveres alak kirabol egy aranyszállító furgont, a biztonságiakat pedig megölik. Mivel az arany a szövetségi tartalék részét képezi, az NCIS csapata kapja az ügyet. Kensi pedig kénytelen összeállni Granger-rel az ügy erejéig, mert Deeks-nek jelenése van a bíróságon.

Közeledik a karácsony, a csapat tagjai a vakációt tervezgetik. Az ünnepi hangulatnak azonban egy gyilkossági hír vet véget. A U.S.S. van Buuren anyahajó fedélzetén egy NCIS ügynököt meggyilkoltak. A csapatnak be kell épülnie a hajó tengerészei közé, hogy kiderítsék mi is történt valójában.

Deeks egy kétségbeesett nő telefonhívására ébred hajnalban, aki azt állítja, hogy leleplezett egy autótolvaj-bandát, és most veszélyben az élete. Ez a csoport több terrorista cselekményért is felelős, így az NCIS nyomozni kezd, hogy minél előbb felderítsék az ügyet és megtalálják a nőt. Kensi közben beépül egy mexikói bandába, de az álcáját leleplezik.

Egy magánnyomozó betör a halottkémi hivatalba, hogy ellopja egy tengerész boncolási jegyzőkönyvét. Másnap őt is holtan találják a kocsijában, így az NCIS Los Angeles csapata a megbízónál kezdi a kérdezősködést: a feleség szerint ugyanis férjét meggyilkolták, nem pedig elesett a harctéren. Nate eközben visszatér egy kis időre, de a többiek a féléves alkalmasságit sejtik a feltűnése mögött.

Deeks meglepi a társait egy akváriummal. Callen közben beépül egy csecsen szélsőséges csoporthoz, akik külföldieket használnak fel az ügyükhöz. Minden erőfeszítésük és óvatosságuk ellenére azonban lebukik, a feltételezett robbantó pedig elindul a bombával.

Egy titkos rajtaütésről valahogy tudomást szerez a hírhedt drogbáró, így csapdát állít a katonáknak. G vezetésével a csapat ekkor fedett akcióba kezd, zsoldosnak adva ki magukat, továbbképzésre készülve. Céljuk: felfedni a besúgó kilétét. Nell eközben váratlanul bajba kerül az irodán kívül.

A Nagyláb vadászok stábja tanúja lesz egy férfi halálának. Az áldozat egy terrorista csoport egykori tagja volt, így az NCIS csapata kezd nyomozni. A nyomokat követve Kensi-ék az erdőbe indulnak, társa nagy örömére. Sam pedig eközben rendhagyó módon készül a lánya iskolájában szervezett történelmi napra.

Sam az életét köszönheti egy afgán idős embernek, így amikor a fia bajba kerül, ő mindent félretesz, hogy viszonozza a szívességet. Hetty és Granger azonban nem nézik jó szemmel a magánakcióját, Eric viszont talál egy középutat, hogy dolgozhassanak az ügyön.

Sidorov visszatér az Egyesült Államokba, s ezt egy gyilkossággal rögtön az NCIS tudtára is hozza. Sam aggódik a feleségéért, mert lehet, hogy leleplezték az álcáját, ráadásul nem is tudja elérni őt. Kensi és Deeks kénytelenek közben társulni Snider-rel, mert le kell foglalniuk, míg Sam-ék felderítik az ügyet.

Moszkvában, Idaho államban kivégeznek egy tengerészgyalogost. Sam és Callen csatlakoznak a Vörös Csapathoz, az NCIS gyors-reagálású egységéhez. Kensi és Deeks eközben egy indonéz férfi halálának ügyében nyomoznak, akit ugyanazzal a fegyverrel és stílusban öltek meg, mint a tisztet.

Danny távollétében Roy egészíti ki a Vörös Csapatot. Callen közben a sérült terroristából próbál meg kihúzni információt és rájönni arra, hogy ki Spears összekötője. A nyomok El Santro-ba vezetnek, de valaki még az NCIS-nél is gyorsabb. Nell pedig egy újabb nyomra bukkan, míg Deeks és Kensi korábbi eseteket vizsgál át.

Miután egy tengerész ciánmérgezésben meghal egy szórakozóhelyen, az NCIS csapata vizsgálódni kezd az ügyben. Lehetséges, hogy az egész város vízkészlete szennyezett, így gyorsan kell dolgozniuk, és kézre keríteniük az elkövetőt. Közben Sam és Callen nyilvános vitája után az egyiküknek végre sikerül elnyernie egy szélsőséges csoport bizalmát...

Mexikóban egy "halott" elrabol egy holttestet a hullaházból, tanút nem hagyva maga után. Az eltűnt maffiózót a csapat egyik fele Mexikóban, a másik pedig Amerikában keresi. Sam később Kensi-t kéri meg, hogy vigyázzon a lányaira, míg ő meccsre megy G-vel...

Callen megkérdőjelezi Hetty indítékát, amikor is rájuk bíz egy ügyet, különösebb magyarázat nélkül. Egy látszólag védtelen nőt több fegyveres bekerített, mindenhol holttesteket hagyva maguk után, de a nőnek közben nyoma veszett. Sam ezalatt bulit szervez a kislányának, ahol minden meghívott álruhában köteles érkezni...

Egy egyetemi kutatócsoport atombombát talál a sivatag közepén, így minden rendfenntartó szerv nyomozni kezd az ügyben. Az NCIS azt gyanítja, hogy Sidorv állhat a háttérben. Michelle és Sam újból beépülnek, Deeks pedig fedezi őket. Callen és Kensi közben Iránba utaznak, hogy megfelelő vevőt keressenek a bombákra. A gondosan eltervezett akció azonban félresiklik...