בתקיפת מזל"ט נגד מתקן לייצור פצצות באפגניסטן נמצאים שרידיו של חייל אמריקני. לצוות האן-סי-איי-אס אין ברירה אלא לחקור אם מדובר בנחת שבגד בארצו.

ארבעה אנשים נהרגים בפיצוץ במזנון. ארבעתם היו חלק מקבוצה שהשתתפה במיזם מיוחד של מודיעין חיל הים. בקבוצה המקורית היו חמישה וכעת צוות אן-סי-איי-אס מנסה לאתר את האיש החמישי.

אירוע שנראה כתאונת פגע וברח מתברר כקנוניה לרצח מועמדים שמשתתפים במירוץ לסנאט.

סאם מקבל הודעה מטרידה מעמית ותיק ומוצא אותו תלוי. הצוות מתחיל לחקור את האירוע. עם הופעתו של סוחר נשק חסר רחמים סאם מתעמת עם עברו.

כל הסוכנים הרוסים הרדומים עונו ונרצחו והצוות יוצא לחיפוש נואש אחרי הפצצות הגרעיניות. בינתיים, נחשפת האמת בנוגע למישל, אשתו של סאם.

מדען אזרחי שעובד עם חיל הים נרצח בנסיבות מסתוריות וצוות אן-סי-איי-אס נחשף לרשת ריגול מורכבת.

חלק מעברה של הטי נחשף כאשר סוכן סי-איי-איי לשעבר שעבד איתה בשנות ה-80 נקלע לפיצוץ מסתורי.

הצוות חוקר שוד מטילי זהב שנועדו לתשלום הלוואה שסין נתנה לארה"ב.

הצוות חוקר רצח סוכן אן-סי-איי-אס בנושאת מטוסים.

הצוות חוקר כנופיית גנבי ג'יפים ששולחת את כלי הרכב לחו"ל לשימוש בפיגועים.

יחידת לוחמי עילית נקלעת למארב בפשיטה על ביתו של ראש קרטל מקסיקני והצוות נשלח לאתר את מקור הדליפה.

הצוות חושף תא טרור שמתכוון לבצע פיגוע בלוס אנג'לס.

הצוות חוקר מעורבות של קרטל סמים במעשי טרור.

לאחר שגופת אדם נמצאת ביער, מתברר שהוא היה מבוקש משנות השבעים באשמת טרור מקומי.

זקן מכפר אפגניסטני שהציל את חייו של סם בעבר, מבקש את עזרתו באיתור אחיינו.

חברי הצוות מגלים שסידירוב וסגנו גרשנב חזרו וסם ומישל חוזרים לעבוד במסווה.

מוסלמי קיצוני ונחת אמריקני נרצחים באותו נשק ובאותו אופן במרחק 1,600 קילומטרים זה מזה.

שני הצוותים ממשיכים את החקירה במקביל בלוס אנג'לס ובאל סנטרו.

הצוות מחפש קבוצה קיצונית שמנסה "לטהר" את אמריקה בהרעלת ציאניד.

בוס של קרטל סמים מקסיקני נורה וגופתו נגנבת מחדר המתים. הצוות יוצא לבדוק מי הדליף את פרטי המבצע.

אישה מסתורית נופלת קורבן לתקיפה אלימה והטי מבקשת מהצוות לברר מי תקף אותה.

דיקס עובד במסווה ונעזר במארחת במועדון לילה כדי לרגל אחרי סוחר נשק בין לאומי.

בפרק האחרון לעונה הצוות יוצא שוב בעקבות סידורוב ומנסה לטרפד את מכירת פצצות הגרעין.