Tým speciálních projektů se vydává do Rumunska, aby pátral po Hetty, a zároveň pátrá po historii zločinecké rodiny Comescu a jejich spojení s Callenem.

Tým NCIS spojí síly s NSA, aby našel tvůrce a správce softwaru, který je spojen s kybernetickým útokem na ministerstvo obrany. Callen mezitím pokračuje v pátrání po dalších informacích o své minulosti.

Zvláštní agent Sam Hanna je vyslán v utajení jako specialista na bomby a tým se snaží najít ukradené výbušniny někde ve městě. Hunter mezitím za velkých protestů změní dynamiku týmu a Callena spojí s Kensi a Sama s Deeksem.

Tým NCIS proniká do podzemního světa libyjského hnutí odporu po vraždě reportéra a Hetty odhaluje podrobnosti o Callenově minulosti.

Policie LAPD povolá tým NCIS, když zátah spojí mexický drogový kartel s hledaným teroristou. Mezitím je Samovi ukraden jeho nejcennější majetek.

Tým NCIS vyšetřuje vraždu bývalého důstojníka námořní rozvědky, který žil dvojí život a cestoval do zahraničí na falešné pasy.

Tým NCIS musí zjistit, zda je nečestně propuštěný mariňák cílem mezinárodního podrazu, nebo zda spáchal vraždu.

Když je na mrtvém těle nalezen průkaz námořnictva spojený s případem pašování nebezpečného materiálu, NCIS dostane povolení k vyšetřování v Mexiku a je požádána o pomoc při hledání chybějících materiálů.

Poté, co se Samova tajná mise v Súdánu stane smrtící, musí Callen a tým NCIS vypátrat svého pohřešovaného agenta dříve, než bude pozdě.

Zpackaný úkol donutí Hetty Deekse propustit a poslat ho zpět k losangeleské policii. Mezitím trapné loučení mezi Kensi a Deeksem v ní zanechá nečekané emoce vůči jejímu bývalému partnerovi.

Tým NCIS musí najít tajné zařízení, které může zničit Los Angeles a které bylo ukradeno z výzkumného zařízení na univerzitě. Mezitím se Sam snaží vypátrat velmi žádaný vánoční dárek pro svou dceru a Eric se setkává s Nellinými rodiči.

Dohledem nad operacemi NCIS v Los Angeles je pověřen nový zástupce ředitele a tým se začíná zajímat o jeho skutečné záměry.

Poté, co je unesena dodávka diplomatické služby, která převáží neznámý balík z ministerstva zahraničí, musí tým NCIS zjistit, kdo zločin spáchal a co se ztratilo. Mezitím Callen a Sam slaví pět let jako partneři, ale čelí jedné z největších výzev, když se kvůli případu vydávají do utajení.

Tým NCIS, jehož každý krok kritizuje zástupce ředitele Granger, musí vypátrat vraha připomínajícího chameleona, který uniká agentům pořádkových sil, včetně zvláštního agenta G. Callena, v několika zemích.

Tým hledá nové důkazy, aby prokázal nevinu Kensi Blyeové poté, co je vzata do vazby jako hlavní podezřelá ve vyšetřování vraždy, do níž je zapletena odstřelovačská jednotka jejího zesnulého otce.

Tým NCIS: LA pokračuje v pátrání po nových důkazech, které by prokázaly nevinu Kensi Blyeové poté, co se soukromá schůzka s odstřelovačskou jednotkou jejího zesnulého otce stane smrtící.

Tým NCIS: LA vyšetřuje střelbu před vietnamským konzulátem těsně před mezinárodní konferencí, které se má zúčastnit ministr námořnictva.

Když je nalezeno tělo důstojníka námořního zpravodajství, důkazy ukazují na tým Navy SEALs, který se chystá odjet na misi na záchranu rukojmích, a bývalý příslušník Navy SEAL Sam Hanna má skupinu vyslechnout a případně ohrozit misi.

Když je bývalý mariňák podezřelý z vytvoření chemické bomby, tým NCIS: LA se připojí k jednotce FBI pro boj s domácím terorismem, včetně operačního psychologa Natea Getze.

Společná jednotka NCIS: Los Angeles a Hawaii Five-0 cestuje z Havaje do Los Angeles, když se hlavní podezřelý v případu přesune na pevninu se smrtícím virem v zádech.

První díl crossoveru s Hawaii Five-0 (2010) S02E21.

Kensi a Deeks jsou vysláni v utajení jako manželé Melissa a Justin, když důkazy ukazují na ruskou spící buňku v předměstské čtvrti.

Callen a tým NCIS: LA se postaví svému pomstychtivému protivníkovi Chameleonovi, když případ v utajení rozpoutá smrtelně nebezpečnou hru mysli, kterou zosnoval zločinecký mozek.

Tým z L.A. je vtažen do smrtící duševní hry proti mistru zločinu, jehož motivací je pomsta.