Hetty hirtelen lemondását Callen és az NCIS csapata is vizsgálja, mert úgy gondolják, hogy magától soha nem tett volna le a csapat vezetéséről. Sikerül is kinyomozni, hogy Hetty Prágában tartózkodik, ám amikor Callen utána szeretne menni, a vezetőség nem engedi. Kiderül ugyanis, hogy Callen ügynököt évek óta szeretnék eltávolítani az útból...

Miután egy csalóként elhíresült elit tengerészt felgyújtanak, az NCIS új információkat szerez az ellopott és veszélyes anyagot tartalmazó dobozok hollétével kapcsolatban. Ezeket ugyanis még egy előző ügy során tulajdonították el, amelyekkel pedig nem mellesleg halálos bombát lehet készíteni...

Deeks legjobb barátjának, aki egyben a legfőbb informátora, ezúttal védelemre van szüksége egy halálos fenyegetés miatt. Deeks-nek ezért aztán ismét fel kell vennie egy régi fedőnevet...

Amikor Ollie Drewettet, egy műholdtechnikai cég egyik alapítóját holtan találják, Eric Beale a szövetségi repülésfelügyelet alkalmazottjának álcájával érkezik a helyszínre.

Két álarcos tört be a pendletoni tengerészeti bázisra. Bobby Ashert letartóztatják, aki fél feladni megbízóját, ezért segít Kensinek trükkel előcsalni a férfit. Ezután a mestertolvaj Stanley King lelövi Ashert, és Kensit felbérli egy "utolsó melóra". King titokzatos célpontja valószínűleg egy kínai kém.

Az NCIS Los Angeles csapatának ezúttal arra kell rájönnie, hogy egy venezuelai politikust meg akarnak-e ölni, vagy sem. Az egész ügy kimenetele azonban egy olyan tengerész-parancsnoktól függ, aki nyomtalanul eltűnt...

Amikor az NCIS csapat azt a feladatot kapja, hogy mentse meg egy herceg fiát és fogja el egy terroristacsoport vezetőjét, Nate ismét csatlakozik a nyomozókhoz. Így aztán Nate Jemenben kezdi meg a kutakodást, hogy segítségére legyen a csapatnak...

Egy élelmiszerboltban lövések dördülnek el, majd Deeks-et, aki éppen arra jár, találat éri. A nyomozók úgy gondolják, hogy Deeks volt az eredeti célpont, a rablás pedig minden bizonnyal csak álca volt. Az NCIS központjában később Eric-nek sikerül bemérnie azokat a férfiakat, akik lelőtték Deeks-et, s kiderül, hogy éppen annak a kórháznak a parkolójában vannak, ahol Deeks és Kensi tartózkodnak...

Sam és Callen beépülve dolgoznak a Kaliforniai Közlekedésrendészetnél, mint járőrök, mert egy taxi-szolgálat után nyomoznak. A korrupt közlekedésrendészek ugyanis biztonságos átjárást nyújtanak a bűnözőknek és a csempészeknek. Sam és Callen elég közel vannak már az igazsághoz, de Jennifer segítségére is szükségük van, aki egykor a taxi-szolgálatnál dolgozott...

Callen arra tér haza egy nap, hogy betörtek az otthonába. A betörő azonban nem más, mint Niko, aki szintén ugyanannak a KGB ügynöknek, Arkady-nak dolgozott. Callen ekkor megtudja, hogy a milliárdos Singh egy nagy szállítmány hamis számítógép-alkatrészt készül fogadni. Az NCIS csapata így Callen információt használja fel, hogy közel kerüljön Singh-hez. Ám rövidesen kiderül, hogy Niko mindkét oldalnak dolgozik...

Sam testvérét megtámadják a börtönben, ezért Sam úgy dönt, hogy álcázva magát börtönbe vonul. Abdult, a börtön egyik bandavezérét ekkor megpróbálják kiszabadítani a kinti társai. Az NCIS pedig úgy gondolja, hogy sokkal többről van szó, így segít Abdul-nak a szökésben, hogy a férfi elvezesse őket a keresett személyekhez...

A hírszerzési hivatal egy nap felfedezi, hogy valaki feltöltött nyilvános oldalra egy szuper-titkos fájlt. A dokumentum pedig több ezernyi bizalmas Pentagon-iratot tartalmaz, az afgán háborút érintően...

Egy Los Angeles-i halottkém-asszisztens halálos lövést kap, amikor bűnözők ellopnak két holttestet. Az egyiknek, Yusef Afzal programozónak a holttestén láthatatlan nyomkövető volt, amelyet a haditengerészet titkos Overwatch nevű projektjében használnak. Rearden tengerész-parancsnok persze nem tudja, hogy ezt a nyomkövetőt arra használják, hogy emberek százait figyeljék meg titokban Los Angelesben, akik mecsetet látogatnak meg. Callen csapata azonban rájön, hogy a holttesteket meglepően sajátos okból lopták el...

Egy halálos lövöldözés egyetlen túlélője, egy volt tengerészeti hírszerző poszttraumás stressztől szenved. A nyomozás közben Kensinek sikerül kapcsolatot teremtenie a túlélővel, és ez talán segíthet megoldani az ügyet.

Egy régiségkereskedőt meggyilkolnak, aki hatalmas feketepiaci fegyverügyleteknek is a részese volt. Az NCIS tudomására jut, hogy van egy könyv, amelyben a férfi összes ügyfele szerepel. Így aztán a külföldi hírszerzés tagjai, a fegyverkereskedők, és az NCIS is a könyv felkeresésére indulnak...

Egy régiségkereskedőt meggyilkolnak, aki hatalmas feketepiaci fegyverügyleteknek is a részese volt. Az NCIS tudomására jut, hogy van egy könyv, amelyben a férfi összes ügyfele szerepel. Így aztán a külföldi hírszerzés tagjai, a fegyverkereskedők, és az NCIS is a könyv felkeresésére indulnak...

A külügyminisztérium egyik alkalmazottját megölik, miközben megpróbál védelmezni egy nőt, akiről kiderül, hogy egy kozmetikai cégnél asszisztens. Amikor azonban az NCIS felkeresi a klinikát, már az orvost is holtan találják, aki népszerű plasztikai sebész volt...

A külügyminisztérium egyik alkalmazottját megölik, miközben megpróbál védelmezni egy nőt, akiről kiderül, hogy egy kozmetikai cégnél asszisztens. Amikor azonban az NCIS felkeresi a klinikát, már az orvost is holtan találják, aki népszerű plasztikai sebész volt...

Egy, a belvárosban működő haditengerészeti toborzóirodában túszokat ejt egy nő. Természetesen az NCIS Los Angeles embereit riasztják az esethez, amikor is kiderül, hogy a túszejtő nem más, mint Callen ex-partnere...

Egy fiatal lány eltűnik, majd az apja nem sokkal később egy videóüzenetet kap arról, hogy a lányát egy ládába zárták. Ráadásul nemrégiben három másik lányt hasonló körülmények között gyilkoltak meg. Sam-ben ekkor előtörnek a saját emlékei is...

Egy parkolóházban szörnyű bűntényre derül fény, amikor is járókelők egy levágott kezű emberre bukkannak. Az eset kényes mivolta okán, természetesen az NCIS kezd bele a nyomozásba...

A tengerészgyalogságot csapdába csalják ember, fegyver és drogkereskedők, a kaliforniai-mexikói határon. Egy tengerész ekkor meghal, kettő eltűnik, így később csak egy túlélőt tud kihallgatni az NCIS csapata...

Dan Williams, az NCIS különleges ügynöke egy kapcsolatával akar találkozni Cipruson, miközben meggyilkolják. Williams-ről kiderül, hogy egy csecsen lázadó csoport után nyomozott. A fő gyanúsított az NCIS kezében van, ám elengedik, hogy őt követve kiderítsék, hogy milyen célból is érkezett Los Angeles-be...

Deeks eltűnik beépített rendőrségi küldetése alatt, ezért az NCIS Los Angeles-i csapata saját eltűnt társukként kezdi keresni őt. A rendőrség persze nem akarja, hogy az NCIS is nyomozzon, mígnem egy nyomozó életét veszti az akcióban.