Když v utajení zmizí jeden z nich, musí tým spolupracovat s losangeleskou policií na případu, který zahrnuje obchodování s lidmi, praní špinavých peněz a drogy.

Poté, co záhadná nájemná vražda zlikviduje zvláštního agenta, se tým NCIS vrhá do akce dříve, než je stanoven další cíl.

Tým NCIS se pouští do akce, když je na záběrech z bezpečnostních kamer zachyceno přepadení humvee převážejícího mariňáky v poušti. Mezitím se Nate vrací ze svého záhadného úkolu.

Tým vyšetřuje vraždu mariňáka, který měl nejvyšší bezpečnostní prověrku, a mrtvole chybí ruka.

Tým závodí s časem, aby zachránil dceru velitele námořnictva poté, co uvidí video, na kterém je pohřbena zaživa.

Callenova bývalá partnerka (Marisol Nicholsová) vezme jako rukojmí náborové středisko námořnictva.

Poté, co teroristé zabijí zaměstnance ministerstva zahraničí a plastického chirurga, pátrá tým po jediném svědkovi, který může identifikovat chirurgicky upravené obličeje vrahů.

Když se ztratí kniha s přísně tajnými informacemi zavražděného obchodníka se starožitnostmi, Hetty vyšle tým NCIS na misi, aby ji našel.

Hetty a tým NCIS pokračují v pátrání po nepolapitelné knize, která vzbudila pozornost několika zahraničních bezpečnostních agentur.

Kensi se osobně sblíží s propuštěným důstojníkem námořní rozvědky, který trpí posttraumatickou stresovou poruchou a jako jediný přežil smrtící spor vyšetřovaný týmem NCIS.

Tým NCIS odhalí experimentální sledovací systém námořnictva, když je z pitevny ukradeno tělo obsahující přísně tajné reziduum. Callen mezitím vyzve Hetty na skalní stěnu.

Tým pátrá po osobě zodpovědné za nahrání utajovaných dokumentů Pentagonu na blogovou stránku.

Sam se vydává v přestrojení za vězně, aby vypátral teroristickou skupinu zodpovědnou za několik bombových útoků po celém světě.

Poté, co Callen přistihne muže, který se vloupal do jeho domu, přivede bývalý agent KGB tým NCIS na stopu zásilky padělaných počítačových čipů, která se dostává do Spojených států.

Callen a Sam mají podezření na tajnou akci, která zahrnuje dohodu mezi zkorumpovanými policisty a vojenským personálem, a snaží se odhalit nelegální operaci tím, že se vydávají za kalifornské dálniční policisty.

Deeksova ranní rutina je narušena, když je postřelen při přepadení obchodu se smíšeným zbožím a tým NCIS musí vyšetřit, zda byl zamýšleným cílem útočníků.

Sam se představí pod svým původním pseudonymem a nastoupí na jednosměrný let do Jemenu v naději, že vypátrá vůdce teroristické skupiny a zachrání syna saúdského prince, který je rukojmím.

NCIS vyšetřuje, zda je život venezuelského politika v ohrožení poté, co náhle zmizí velitel námořní rozvědky, který je zodpovědný za sledování jeho kroků.

Když dojde k pokusu o loupež v zabezpečeném objektu na základně námořní pěchoty, musí Kensi zjistit, co chtěl zloděj ukrást.

Poté, co je zabit expert na raketové motory, se technický operátor NCIS Eric Beale poprvé vydává do utajení, aby zajistil bezpečnost utajované technologie používané k výrobě satelitů.

Deeks se vrátí ke svému starému pseudonymu, který nemá rád, aby ochránil svého nejlepšího přítele a hlavního informátora před zločineckou skupinou, která ho chce zabít.

Smrt podvodníka z Navy SEAL přivede tým na stopu ztraceného kanystru používaného k výrobě smrtících bomb.

Hettyina náhlá rezignace přiměje Callena a tým NCIS, aby vyšetřili důvod jejího zmizení v naději, že se jim ji podaří vypátrat.