בפרק הפותח, סוכן נעלם במהלך משימה והצוות, יחד עם איש הצוות החדש, מרטי דיקס, עובדים בשיתוף עם משטרת לוס אנג'לס כדי למצוא אותו.

סוכן נהרג על ידי חוליית מתנקשים סודית והצוות חייב לפעול מהר לפני שסוכן נוסף ייהרג.

דרק והשותף של קנסי יוצאים למשימה בחיפוש אחר שלושה נחתים שנעלמו לאחר שהרכב הצבאי שלהם נמצא נטוש במדבר.

הצוות מגיע לחקור מקרה מוות של חייל בעל סיווג בטחוני גבוה שנמצא מת במגרש חנייה בבוורלי הילס כאשר אחת מידיו חסרה.

הצוות מתחרה נגד השעון כאשר מגיעה אליהם קלטת וידאו שמראה כיצד קוברים בחיים את בתו החטופה של מפקד חיל הים.

עובד מחלקת המדינה ומנתח פלסטי נהרגים על ידי מחבלים ששינו את פניהם בניתוח, הצוות מנסה למצוא את העדה היחידה שיכולה לזהות את פניהם החדשות.

סמל לשעבר של הצבא, שהיה אחראי על מעקב אחר מטרות בעלות פרופיל גבוה, נחטף ונרצח, והמקרה מביא את הצוות לצאת למצוד אחר טרוריסטים.

כאשר סוחר עתיקות נרצח, הטי שולחת את הצוות בחיפוש אחר ספר המכיל מידע סודי ביותר.

הצוות ממשיך לחפש את הספר השחור המכיל סודות בדרגה עליונה.

קנסי מתחברת למקרה באופן אישי כאשר היא שומעת את סיפורו של קצין מודיעין לשעבר בחיל הים שסובל מפוסט טראומה שהוא הניצול היחיד של קרב יריות.

הצוות חוקר מקרה של גניבת גופה מחדר נתיחות, ובמהלכה הם חושפים מערכת מעקב ניסיונית של צי חיל הים.

הצוות נמצא במירוץ אחר האקר שגנב מסמכים מהפנטגון והעלה אותם לבלוג. הם חייבים להגיע אליו לפני שיצליח לפענח את הקוד ולתת את המסמכים לאנשים הלא נכונים.

סם נכנס כסמוי לכלא כדי לעצור קבוצה של טרוריסטים בינלאומיים האחראים לפיגועים ברחבי העולם.

קאלו לוכד בביתו פורץ, אך הסיטואציה מובילה למקרה גדול יותר המערב ניסיון להפצת שבבי מחשב מזוייפים בארה"ב.

שוטרים מושחתים נחשדים שהם עובדים עם אנשי צבא. סאם וקאלן יוצאים לשטח כסמויים בתור שוטרי סיור בקליפורניה על מנת לעצור את המבצע.

דיקס נורה במהלך שוד של חנות מכולת, והחקירה מתמקדת בשאלה אם הוא היה היעד או עובר אורח תמים.

סם וקלן מגיעים לתימן כדי לצוד מנהיג טרור ולהציל את בנו החטוף של נסיך סעודי.

קצין מודיעין ימי מקבל את האחריות במעקב אחר פוליטיקאי מונצואלה שנעלם, והסוכנים מאמינים כי חייו של הפוליטיקאי עלולים להיות בסכנה.

גניבה שהתרחשה בבסיס של חיל הים הובילה את קנסי למשימה סמויה כגנב במטרה לגלות מה הפושעים מנסים להשיג.

לאחר שמומחה טילים נהרג, אריק יוצא לשטח כסמוי בפעם הראשונה. הטי רוצה להיות בטוחה שטכנולוגיית לווין שנמאת תחת סיווג, מאובטחת מספיק.

דיקס משמש כסמוי כדי להגן על ידיד שהוא המודיע העיקרי במקרה של סחר בנשק.

מותו של חייל בחיל הים נותן לצוות רמז לגבי מיכל חסר ששימש לייצור פצצות קטלניות.

בסיום העונה השנייה, הצוות מחפש את הטי ומנסה לגלות מה גרם להתפטרותה ולהיעלמותה הפתאומית.