Het NCIS-team zoekt naar een verdachte en hun motief na het bombardement op een grote faciliteit waar militaire gevechtsdrones worden geassembleerd. Ook krijgen Callen en Kilbride verontrustend nieuws over een lichaam dat in Syrië is gevonden.

Nadat een architectenduo dat gespecialiseerd is in het ontwerpen van beveiligde gebouwen is ontvoerd, zet het NCIS-team een ​​zoektocht op touw om ze thuis te brengen. Ook beseffen Deeks en Kensi dat ze Rosa misschien wat hulp nodig hebben bij haar schoolwerk, en Anna overweegt een carrière buiten de politie.

Het NCIS-team bundelt de krachten met de FBI wanneer een groep gruwelijke moordenaars, bekend als "The Body Stitchers", terugkeert nadat ze jaren geleden door NCIS zijn gevangengenomen. Ook maakt de vader van Sam een ​​nieuwe vriend in Arkady.

Wanneer het vliegtuig van Aiden Hanna neerstort en hij ervan wordt beschuldigd schuldig te zijn aan het ongeval, moet het NCIS-team een ​​onderzoek instellen om zijn naam te zuiveren; Rountree overweegt hoe hij de nasleep van het incident met de LAPD wil aanpakken.

NCIS wordt opgeroepen om te onderzoeken wanneer een vrouw wordt gezien die de plaats van de moord op haar man ontvlucht. Ook komt Roberta Deeks naar de stad om Rosa te ontmoeten, en Sam zoekt een andere assistent voor zijn vader.

NCIS wordt opgeroepen om onderzoek te doen nadat schout-bij-nacht Ted Gordon uit zijn huis is ontvoerd. Ook worstelt Kensi met het zijn van de leuke ouder terwijl Deeks met zijn moeder op appartementenjacht is.

Wanneer een marinier tijdens een trainingsmissie ziek wordt door een aanval met een genetisch wapen, moet de NCIS de persoon opsporen die verantwoordelijk is voor het ontketenen ervan. Ook worstelt Deeks met het combineren van werk en privéleven als Rosa griep krijgt.

NCIS onderzoekt een brandstichting bij Global West Ventures Corp, een aannemer voor marine-defensie. Rountree maakt ook contact met een ex en Kilbride geeft Callen bestanden over Pembrook.

Wanneer NCIS een vuurgevecht op een boot onderzoekt waarbij een zeldzaam cultureel artefact is gestolen, zijn ze geschokt als ze horen wie de eigenaar is van de boot.

Terwijl Agent Rountree en Fatima op zoek zijn naar Kilbride, die MIA is geweest, worden ze in een hinderlaag gelokt en ontdekken ze dat elk lid van het team via het dark web een premie van $ 200.000 op hun hoofd heeft staan. Het NCIS-team moet agent Rountree redden en Kilbride vinden terwijl elk kartel, huurmoordenaar, bende en psychopaat hen opjaagt. De crossover begint op NCIS S20E10 Too Many Cooks (I) en NCIS: Los Angeles S14E09 A Long Time Coming (III).

Wanneer Tom Olsen, een vriend van Sam, wordt opgejaagd door vijanden uit zijn verleden, moet het NCIS-team uitzoeken wie er achter hem aan zit.

Het NCIS-team moet snel Kensi en Fatima vinden nadat ze zijn ontvoerd en gedrogeerd tijdens het zoeken naar een vermiste luitenant van de marine, waarvan ze ontdekken dat hij banden heeft met een gevaarlijke islamitische militie.

Wanneer een mysterieuze vrouw de oprichter van een AI-bedrijf aanvalt, moet het NCIS-team de vrouw identificeren voordat het volgende grote wereldwijde conflict ontstaat. Ook de ex-vrouw van Kilbride, Elizabeth, komt op bezoek en vraagt ​​hem na te denken over het opnieuw verbinden met hun zoon.

Sam Hanna moet als vechter undercover gaan om de leider van een drugsbende op straat te pakken te krijgen

Als het NCIS-team een ​​cryptisch, dringend bericht ontvangt, moeten Fatima en Rountree samenwerken om de zaak op te lossen. Kilbride is ook van plan zijn zoon te bezoeken, en Callen vraagt ​​Sam om zijn getuige te zijn.

Het NCIS-team heeft de taak om de afdeling moordzaken van NCIS bij te staan ​​met een zaak uit 2003 en een vermiste onderofficier van de marine. Ook werken Kilbride en zijn zoon, Alex, aan het herstel van hun relatie.

Het NCIS-team moet onderzoeken wanneer een reservist van de marine wordt neergestoken en zijn laboratorium vol pesticiden en insecten wordt geplunderd. Kilbride biedt Sam de functie van interim operations manager aan. Rountree denkt na over zijn toekomst.

Wanneer vier mensen, onder wie een CIA-officier, op klaarlichte dag worden doodgeschoten, vermoedt het NCIS-team dat de aanslagen iets met DRONA te maken hebben. Ook ontmoet Pembrook Callen en geeft hij meer inzicht in zijn verleden.

Wanneer een ATF-agent vermist raakt, zoekt de dienst hulp bij het NCIS-team om gestolen militaire wapens te onderzoeken en de agent te lokaliseren. Ook gaan Callen en Anna door met het plannen van hun huwelijk, interviews met Roundtree's zus voor de medische opleiding, en Sam moedigt zijn vader aan om deel te nemen aan de medicijnproef.

Het NCIS-team zet de zaak voort met ATF en de gestolen wapens.