NCIS vat de zaak persoonlijk op wanneer de vader van een LAPD-officier, een geliefde bejaarde Japans-Amerikaanse veteraan, het slachtoffer is van een wrede haatmisdaad.

Sam en Kilbride botsen wanneer een zaak waarbij een wapenhandelaar betrokken is die verantwoordelijk is voor het afslachten van ATF-agenten hen leidt naar een kolonel en vriend van Kilbride met goede connecties, die ervan wordt beschuldigd milities van wapens te hebben voorzien. Ook gaan Kensi en Fatima undercover in een afkickkliniek om de vriendin van de wapenhandelaar te ondervragen.

Terwijl Callen doorgaat met jagen op Katya, schakelt Kilbride het NCIS in om een vrachtwagen vol gestolen wapens te vinden. De opdracht wordt nog uitdagender wanneer hun verdachte, de zoon van een maffiabaas die volgens hen van plan was hen te verkopen, dood wordt aangetroffen.

Wanneer een NCIS-missie om een gecompromitteerde undercoveragent te beschermen volledig mislukt, worden de agenten individueel ondervraagd om erachter te komen wat er werkelijk is gebeurd. Ook Kilbride moet een moeilijke beslissing nemen.

Sam onderhandelt en Rountree gaat undercover, wanneer een man een bus vol gijzelaars neemt en dreigt op te blazen, tenzij de oorlogsmisdaden van zijn dochter postuum worden opgeruimd.

NCIS onderzoekt de schijnbare zelfmoord van een marine-inlichtingenofficier die naar zijn dood sprong na het nemen van LSD. Terwijl Kensi weg is, maakt Deeks plannen om de achtertuin opnieuw in te richten zonder haar inbreng.

Het NCIS-team probeert Kensi te vinden, wanneer ze wordt aangevallen en ontvoerd door een mysterieuze militiegroep terwijl ze een groep migranten helpt de grens over te steken.

Het NCIS-team helpt een Amerikaanse ambassadeur bij het zoeken naar haar vermiste dochter, Gia, een populaire social media influencer. Ook agent Aliyah De León keert terug om het team te ondersteunen met de zaak.

Wanneer een burgerwetenschapper die met de mariniers werkt, wordt gedood en haar geavanceerde radartechnologie wordt gestolen, moet het NCIS-team klauteren om de ontbrekende technologie en de boosdoener te vinden.

Wanneer een pasgeboren kind achtergelaten wordt gevonden op een marineschip, zoeken Kensi en Deeks naar de moeder aan boord voordat ze sterft aan complicaties. Ook ontmoet Nate admiraal Kilbride en leert ze over het CIA-project uit de jaren '70 en '80 met kinderen.

Het NCIS-team onderzoekt een ongeïdentificeerd vliegtuig dat het Amerikaanse luchtruim binnenvliegt en neerstort op een marinevliegtuig. Ook beginnen Deeks en Kensi zich voor te bereiden op hun pleeginspectie.

Wanneer de partner van DOJ-agent Lance Hamilton wordt vermoord, draagt Sam zijn eerdere undercoverpersonage "Switch" om de dader te vinden. Ook werken Kensi, Deeks, Roundtree en Kilbride om een ruimtevaartingenieur te vangen die geheime marineschema's heeft gestolen.

NCIS onderzoekt de overval op een high-end kunstopslag door undercover te gaan als potentiële kopers op de zwarte markt, om te achterhalen wie er achter de gestolen items zit.

Rountree en zijn jongere zus worden aangehouden door de politie en hard behandeld in een duidelijk geval van raciale profilering. Ook onderzoekt NCIS de dood van een marinefotograaf die de opdracht kreeg om de bouw van een nieuw wapenstation vast te leggen.

NCIS onderzoekt de ontvoering van sergeant Boomer, een militaire werkhond. Ook wil Sam zijn boot verkopen, zodat hij voor zijn vader kan zorgen die aan de ziekte van Alzheimer lijdt.

Het NCIS-team helpt marine-inlichtingenofficier Akhil Ali bij het opsporen van een medeofficier die vermist werd terwijl hij buitenlandse activa rekruteerde als potentiële bronnen van inlichtingen. Ook sporen Callen en psycholoog Nate Getz een man op die volgens Callen aanwezig was bij zijn training toen hij jong was.

NCIS onderzoekt de moord op een vrouw die werkzaam is in het raketafweerprogramma van de marine en de connectie met gestolen rakettechnologie van de marine. Ook maakt een strikte maatschappelijk werker Deeks gestrest, en Sam debatteert over de verkoop van zijn boot.

Het NCIS-team werkt samen met DEA-agent Talia Del Campo om een vermiste klokkenluider te vinden die moet getuigen tegen wapenfabrikanten die aan drugskartels verkopen.

NCIS doet onderzoek nadat twee mannen zijn opgeblazen door hun eigen explosieven terwijl ze proberen in te breken in een militaire basis. Ook wil Callen de volgende stap zetten bij Anna, en Sam trekt in bij zijn vader, Raymond.

Het NCIS-team moet Callen snel vinden nadat hij in Katya's val is getrapt en Sam's deepfake gebruikt om een wapendeal te coördineren.

Het NCIS-team jaagt op een overvalploeg die een casino in Los Angeles berooft met militaire macht. Ook horen Kensi en Deeks opwindend nieuws over de adoptie en zet Callen een grote stap in zijn relatie met Anna.