בפרק פתיחת העונה החדשה, כשהם פצועים ללא יכולת לתקשר עם הצוות בארה"ב, קאלן, סאם, קנזי ודיקס מנסים להיחלץ ולחזור הביתה לאחר המבצע הלא רשמי במקסיקו.

אחרי שנגנב אב טיפוס של חליפה טקטית מבסיס הצי, ונעשה בו שימוש בשוד, על הצוות לגלות מי גנב את החליפה ומה המטרה הבאה של השודד.

אחד מיורשי העצר לכתר הסעודי מגיע לעשות עסקים בלוס אנג'לס והצוות נדרש להגן עליו מניסיון התנקשות שעליו אחראי אדם שהם מכירים היטב.

הצוות נחקר על האירועים שהתרחשו במקסיקו על ידי תובע מיוחד והם מגלים שחלקם נמצא ברשימת חיסול שהוציא הקרטל.

חקירה סמויה של הצוות בנושא מכירת סודות מדינה מקבלת תפנית לא צפויה. קאלן פוגש את אנה. הטי עדיין נעדרת.

חברי הצוות נקראים לפעול כשמוזלי הופכת למבוקשת ברצח מתנקש של הקרטל, ונדרשים לאתר אותה מבלי שהתובע המיוחד ידע.

הצוות חובר לסוכן ממחלקת המדינה כדי לחקור סדרת רציחות של פושעים רמי דרג.

סגן המנהל אוצ'ואה מנדב את הצוות כדי לסייע במבצע חשאי הקשור לקבוצת טרור שקוראת לשימוש בכוח צבאי קיצוני.

הצוות חוקר אירוע פריצה לביתו של סרן בחיל הים, בעת שאירח גנרל פקיסטני. דיקס וקנזי מראיינים מועמדים לניהול הבר.

הצוות חוקר חברת ייעוץ מושחתת, לאחר שבמהלך שוד בנק, נגנבת כספת ששייכת למנהלת החברה.

הצוות מחפש חייל מילואים עם עבר של פוסט טראומה, שנעלם לאחר התפרעות שטופת אלכוהול.

הצוות חוקר איום טרור אפשרי לאחר שראש אגף לוגיסטיקה במרכז תחמושת של הצי מתמוטטת בעת מילוי תפקידה. בינתיים, דיקס וקנזי מחפשים מקום לבלות בו את ירח הדבש שלהם.

הצוות מסייע לעובד בביה"ד הפלילי הבינלאומי שנפצע בצורה אנושה למצוא ראייה שיכולה להוכיח שאסד מבצע פשעי מלחמה.

הצוות חובר לאף-בי-איי לאיתור תא טרור בלוס אנג'לס שמתכנן פיגוע בעיר.

בעוד הצוות ממשיך בחיפוש אחר תא טרור בלוס אנג'לס, קאלן וסם נותרים לכודים בתוך קולנוע לאחר שכמה מטענים התפוצצו וכל היציאות מולכדו.

הצוות חוקר רצח של עיתונאית שכותבת כתבה על מבצע צבאי מסווג שהשתבש. במהלך ההכנות לחתונה, דיקס נתקל בבעיה עם אמא שלו.

בפרק מרגש במיוחד ולאחר חודשים של תכנונים, משפחת אן-סי-איי-אס חוגגת את חתונתם של קנזי ודיקס.

סידני, אחותה של נל, מבקשת ממנה עזרה כשהבן שהייתה דלוקה עליו בתיכון מסתבך במזימה לגניבת מודיעין ממשרד ההגנה. התובע רוג'רס עורך הערכת ביצועי עובדים לאנשי הצוות, והם מנסים להתחמק ממנו בדרכים יצירתיות.

סם מסייע לסוכן משרד המשפטים באיתור שוטר משמר הגבול לשעבר, שנעלם בעקבות איומים של קרטל סמים עליו ועל משפחתו. אחותו של קאלן נותנת לו לשמור על בנה ג'ייק, מה שמספק להם הזדמנות להתקרב.

לאחר שחייל באריות הים שמחלטר בתור מאבטח מותקף, הצוות פותח בחקירה שמובילה אותם לאירוע ירי המוני פוטנציאלי.

לאחר שאנה קולצ'ק בורחת מהכלא עם השותפה שלה לתא, קאלן והצוות מסייעים בחקירה ומנסים לאתר אותה.

הצוות מקבל מידע סודי על מקום הימצאו של ניקיטה ויוצא למשימה סודית ביחד עם ג'ואל, שם הם פוגשים דמות מוכרת מעברו של קאלן.

לאחר גילוי גופתה של נחתת לשעבר שעונתה ונרצחה באכזריות, הצוות מגלה כי ייתכן שמותה קשור למתקפה הקשורה לדאע"ש.

פרק סיום העונה. סם וקאלן במרוץ נגד הזמן למצוא את הרוצח של הסוכן לי וסוכנים צ'צ'נים נוספים בספינת חיל הים. עליהם למנוע התקפה איראנית על ישראל וערב הסעודית.