Callen kehrt zum NCIS Büro für Spezielle Projekte zurück, um einen Entführungs-Fall zu lösen.

Als das NCIS-Team den Mord an einem Rauschgifthändler untersucht, endet der Fall mit der persönlichen Beteiligung eines Mannschaft-Mitgliedes.

Während eines Marineinfanteriekorps-Ausbildungstrainings wird ein unbemanntes Luftfahrzeug entwendet, was auch den Tod eines Marinesoldaten mit sich zieht. Die Mannschaft muss diese Drohne ausfindig machen, bevor sie gegen Amerika verwendet werden kann.

Das Team wird damit beauftragt, den ehemaligen Marinesoldaten Walton Flynn zu finden, nachdem ein irakischer Unternehmer ermordet wird. Flynn wurde von einem privaten Unternehmen damit beauftragt, diesen Mann zu schützen, und es wird behauptet, dass er den Mann tötete.

Als ein Mann tot aufgefunden wird, wird der NCIS damit beauftragt herauszufinden, ob weitere Personen Informationen zu der geheimen Sache hatten, an der der Mann arbeitete. Das NCIS-Team entdeckt, dass ein bekannter Mörder, den Direktor Vance von früher kennt, den Mann ermordete.

Als ein Marinesoldat vom Dach eines Clubs fällt, wird der NCIS herbeigerufen, um seinen Tod zu untersuchen. Sie entdecken, dass er ein Doppelleben geführt hat und sie suchen nach einem Motiv, das zu seinem Tod führte.

Callen findet heraus, warum er vor mehr als sechs Monaten ins Visier genommen wurde, als er den Tod einer jungen russischen Frau untersucht.

Der NCIS untersucht den Mord an einem Marinesoldaten, während Hetty an einer Senats-Anhörung teilnimmt. Diese Untersuchung führt das Team zu einer Miliz-Gruppe und gestohlenen Raketen.

Als ein Serienmörder in Los Angeles zuschlägt, weckt dies die Aufmerksamkeit von Abby Sciuto. Sie reist aus Washington DC an, um den NCIS zu unterstützen, da sie diesem Mörder früher schon für einige Zeit gefolgt war.

Im Irak wird ein ehemaliges Mitglied eines Bombenräumkommandos durch eine Bombe via Handyzündung umgebracht. Während der Ermittlungen stößt das Team auf eine weitere Bombe unter Hastings Kings Wagen, die er erfolgreich mit Sam entschärfen kann. Der gleiche Erfolg bleibt ihnen jedoch bei dem dritten Sprengsatz versagt, der kurz darauf in Olins Wagen explodiert, als er versucht, vor Sam und Callen zu flüchten. Nate findet durch gekonntes Kalkulieren schnell den wahren Täter...

Als ein Auto in einen Nachtclub rast, wird neben dem Fahrer unbekannter Herkunft auch ein Verschlüsselungsexperte der U.S. Navy getötet. Das Team von NCIS wird mit der Aufklärung beauftragt.

Callen will die Ermittlungen in einem Fall allein aufnehmen, bei dem ein Mann ermordet wird, den er zuvor hinter Gitter brachte. Dabei begegnet er einer alten Freundin.

Eine Personallehrsitzung wird durch eine 'Agent-braucht-Hilfe'-Aktion unterbrochen. Der NCIS muss nach einem Agenten suchen, der vermisst wird.

Als eine Gruppe von Männern, die Marine-Uniformen tragen, getötet wird, wird der NCIS beauftragt, herauszufinden wer die Männer tötete und wie diese an die Uniformen gelangten.

Agent Kensi Blye wird in einer Bank angeschossen, und die Schützen halten jetzt die anderen Kunden als Geiseln fest.

Das Team untersucht den vermeintlichen Selbstmord eines chinesischstämmigen Lieutenant Commanders der Navy. Eric findet eine Videoaufzeichnung, in der alle Zweifel am Selbstmord ausgeräumt werden. Im Zuge der Ermittlungen finden sie heraus, dass die Schwester sich von der Familie losgesagt hat und unter anderem Namen einen Antiquitätenladen betreibt. Sie informiert Callen und Sam darüber, dass ihr Bruder schwul gewesen ist und in einer Beziehung gelebt hat.

Das NCIS-Team untersucht den Tod eines an einem illegalen Autorennen beteiligten Matrosen.

Der NCIS untersucht nach dem Tod eines Marinesoldaten eine mögliche Verbindung zwischen dem Militär und lokalen Gangs.

Sam soll undercover als Kampfsportler ermitteln. Der NCIS untersucht zwischenzeitlich den Mord an einem Marinesoldaten.

Das NCIS-Team untersucht in Hettys Auftrag den Mord an einem Marineoffizier, der in Verbindung mit dem Los Angeles Police Department steht. Die Untersuchung führt sie in die Welt der Wohlhabenden von Hollywood.

Während der Überführung eines gefangenen Terroristen durch die Army kann dieser entkommen. Der NCIS wird gebeten, bei der Suche nach dem fehlenden Mann zu helfen.

Callen wird von dem Informationshändler Keelson angerufen, der über seine wahre Identität und seine Vergangenheit mehr weiß als er selbst. Callen will mehr über seine Vergangenheit erfahren und lässt sich auf einen Deal ein, bei dem er bulgarischen Gangstern einen Datenstick zukommen lassen soll. Kurz darauf gibt es einen Hacker-Angriff auf das NCIS. Eric muss feststellen, dass der Hacker Zugriff auf alle Daten des NCIS weltweit hatte.

Von Eric auf die Spur gebracht, findet das Team das Lagerhaus, in dem Keelson seine Informationen und seine Server aufbewahrt. Doch das Lagerhaus wird per Fernzündung zur Explosion gebracht, und Callen muss mit ansehen, wie die Akte, die sämtliche Informationen über ihn enthält, verbrennt. Hetty zieht Callen wegen seiner persönlichen Verwicklung von dem Fall ab und schickt Sam und Kensi zu weiteren Ermittlungen los. Das Rätsel um Callens wahre Identität ist noch nicht gelöst.