Drużyna Fringe – zachowana w bursztynie przez 20 lat – to teraz zbuntowana drużyna ruchu oporu walcząca o wolność. Peter, który ponownie spotkał się ze swoją dorosłą córką Ettą, postanawia dowiedzieć się, co stało się z jego żoną i mamą Etty - Olivią - gdy rozpoczynają misję ratowania świata przed Obserwatorami.

Zespół Fringe ponownie odwiedza laboratorium Harvardu, obecnie kontrolowane przez Obserwatorów, aby spróbować znaleźć informacje, których potrzebują, podczas gdy zespół walczy w swojej misji ratowania świata.

Gdy zbuntowany zespół Fringe kontynuuje walkę z inwazją opresyjnych Obserwatorów, nieprzewidziane wydarzenia prowadzą ich do lasu, gdzie napotykają dziwną subkulturę ludzi oddanych zapisywaniu historii ludzkości.

Kiedy zespół Fringe namierza trop we wrogim i silnie strzeżonym miejscu, Phillip Broyles pojawia się ponownie… ale czy można mu ufać?

Zespół Fringe reaguje na ostatnie niszczycielskie wydarzenia, a kluczowy członek wykonuje kluczowy i szokujący ruch.

Walter wyjmuje z bursztynu kolejną taśmę wideo i prowadzi zespół do kieszonkowego wszechświata.

Zespół pobiera kolejną kasetę z bursztynu. Z pomocą Niny Sharp zespół odzyskuje 2 cylindry. Podczas gdy Peter pracuje niezależnie, aby odnieść niewielkie zwycięstwo nad Obserwatorami, Olivia odkrywa tajemnicę Petera.

Olivia spotyka bardzo intuicyjną i podobną do wyroczni osobę o imieniu Simone, która chce odzyskać kluczowy element wyposażenia dla Waltera. Tymczasem Peter znajduje się w niebezpiecznej sytuacji, gdy obserwuje Windmark.

In attempt to recall a plan to defeat the Observers, Walter takes an LSD trip down memory lane. Meanwhile, Peter and Olivia trace a mysterious signal to the woods, where they come upon a grisly scene.

Gdy czas dramatycznie ucieka, Peter, Olivia i Walter nie cofną się przed niczym, by ocalić wszechświat przed rządami Obserwatorów. Walter wchodzi do osławionego zbiornika deprywacji, próbując odkryć kluczową informację o tajemniczej postaci, Donaldzie. W międzyczasie kapitan Windmark wyrusza na własną, odkrywczą misję, podczas której zostają udzielone odpowiedzi na nurtujące go od dawna pytania.

Peter, Olivia, Walter, Astrid i Broyles mierzą się z Obserwatorami w ostatecznej i niezwykłej bitwie o losy ludzkości.

Zespół Fringe realizuje desperacki plan, gdy Olivia wyrusza w niebezpieczną i nieziemskią podróż w nieznane. Następnie Peter, Olivia, Walter, Astrid i Broyles zmierzą się z Obserwatorami w ostatecznej i niezwykłej bitwie o losy ludzkości.