Felbukkan Lee ügynök, amikor a másik univerzumbéli társával végez egy alakváltó. Azoknak is egy új faja, melyek már ember alkatúak. Újabb aggodalmat szül a csapatnál, hogy a másvilágiak nem ismerik el és fel az új alakváltókat. Peter hiányában, Olivia beavatja Lincolnt az áltudomány világába.

A két világ összefogását ezúttal egy gyilkossági ügy teszi próbára. A másvilágon egy sorozatgyilkost keresnek, és az ottaniak terve, hogy az e világi megfelelőjét átviszi, hátha segít az előkerítésében.

Egy furcsa gombaszerű lény szedi áldozatai Bostonban. Az áldozatok villámgyorsan elporladnak, amiből Walter egyfajta fertőzésre gondol. Kisvártatva Oliviáék találnak egy kisfiút, akinek két iskolatársa is meghal, és ez a fiú ott volt az esetnél. Hamarosan kiderül, hogy a gyermek fura pszichés kapcsolatban van a lénnyel. Amit ő érez, azt ez az életforma is. Így ha megölnék, vele együtt a kisfiú is meghal. Walteren múlik ismét, hogy ki tudja-e ezt küszöbölni.

Egy újabb kortexifanos gyermek okoz zavart a városban. Legalábbis a jelek erre utalnak. Egy erős energiahalmazt generálva próbál Oliviára hatni, vagy a közelébe férkőzni. Walter egy újabb régi kísérleti anyagának a segítségével, meg is találják a férfit, ám kiderül, hogy a jelenségért nem ő a felelős. Ettől függetlenül, mert nagy veszélyt hordoz magában, Walterék el akarják pusztítani.

Peter megjelenik a világunkban, de senki nem emlékszik rá, és nem értik, miért tud annyi mindent a rejtélyügyről. De mert a városban egy alakváltó garázdálkodik, számítanak a segítségére. Peter közreműködésével tetten is érik az idegent, de elkapni nem tudják. Az alakváltó azzal a céllal érkezett, hogy egy szérumot előállíttasson azzal a kutatóorvossal, aki évekig a Massive Dynamic sejt-replikációs kísérleteit vezette. A szérum elkészül.

Petert továbbra sem ismeri fel senki. Walter egyenesen megtagadja, hogy bármilyen vele kapcsolatos munkában részt vegyen. A férfi megjelenése rendre zavarokat okoz az időben, és ezúttal is egy ilyen ügyben kell közreműködnie. Raymond Green létrehoz egy gépezetet, amivel ideig-óráig képes utazni az időkben. Ám ezzel óriási veszélyt jelent a városra, hiszen számos épület nem létezett, így az időugrásokkal sok száz ember életét veszélyezteti.

Újabb rejtélyes gyilkosságok történnek a városban. Az áldozatok gyakorlatilag kifehérednek haláluk pillanatában. A jelenség a Massive Dynamic egy régi kísérletére emlékeztet, ahol egy halálos rendellenességgel született gyermeknél egy génmanipulációval elérték, hogy beleolvadhasson a környezetébe, mint a kaméleon. A labor azonban sok-sok éve leégett, és az illetékesek úgy vélték, vele együtt kísérleti alanyok is odavesztek, de úgy tűnik, mégsem.

Walter nem hajlandó segíteni Peternek a hazajutásban, ezért a fiú meggyőzi Oliviát, hogy átmehessen egy párhuzamos világba, és az ottani Walter segítségét kérje. Petert Lincoln ügynök is elkíséri, ám a másvilágon elfogják őket. Lincoln az ottani ügynököknek elmondja, hogy Walter alakváltókat küld az ő világukba, és ezzel a két univerzum közötti egyezséget sérti. Peter az ügy végére jár, és kiderül, hogy nem Walter a felelős az alakváltókért.

Olivia és Lincoln elkapják David Robert Jonest, a genetikai fegyverkezés szakértőjét. Eleinte nem tudnak mit kezdeni vele, de Peter ajánlkozik, hogy kihallgatja. Elizabeth megpróbálja meggyőzni Waltert, hogy mégis segítsen Peternek visszatérni a saját világába. Walterego összefogást sürget az egyes világok között.

Oliviának még mindig komoly migrén-rohamai vannak és zaklatott September látogatása óta. Hamarosan olyan ügyben kell nyomoznia, ahol egy kamaszlány, Emily előre meglátja emberek halálát és látomásait lerajzolva próbálja figyelmeztetni ?a halálra ítélteket? sorsukra. Kiderül, hogy a lányt korábban a Massive Dynamicsnél is vizsgálták és emiatt Olivia komoly vitába keveredik Ninával.

Broyles nagyon megdöbben, amikor rájön, hogy Astrid engedély nélkül átment Olivia világába, hogy találkozzon alteregójával. Olivia eközben egy gyilkos ügyében nyomoz, aki azt állítja, hogy nagy szenvedésektől menti meg áldozatait azzal, hogy megöli őket. A nyomozásba Bolivia is bekapcsolódik, Walter nem kis bosszúságára.. Eközben a figyelők újra felbukkannak.

Egy kisváros felett elhaladó repülőgép valamilyen mágneses interferencia miatt lezuhan. Ugyanebben az időben a közeli autópályán elhaladó kocsik áramellátása megszűnik. Olivia, Walter és Peter a helyszínre érkeznek, és hamarosan azt tapasztalják, hogy a városka lakosai megbolondultak, egymást gyilkolják. Oliviáék csapdába esnek, mertl Westfieldből lehetetlennek tűnik kijutni.

Peter nagyon megzavarodik, amikor Olivia olyan emlékekről számol be neki, amiket a másik Olivia élt át. Közben a csapat egy újságíró meggyilkolása ügyében nyomoz, mivel egy elmegyógyintézet skizofrénnek titulált páciense pontosan beszámolt a gyilkosság részleteiről, azt állítva, hogy hallja a gyilkosok gondolatait. Walter úgy véli, rájött, mi történik Oliviával, ezért meglátogatja Nina Sharpot.

Walter elmélete szerint Oliviának az utóbbi időben Cortexiphant adagolnak; Broyles kihallgatja Nina Sharpot, aki azonban tagadja, hogy köze lenne az ügyhöz. Eközben David Robert Jones a foglyul ejtett Oliviát zsarolja, hogy kiaknázhassa különleges képességeit. Peter, Walter és Astrid közben különös látogatót kap: az egyik figyelő, Szeptember jelenik meg a laborban.

Oliviát és a csapatot egy olyan esethez hívják, amely sorozatgyilkosra enged következtetni: már a második özvegyasszonnyal végeznek úgy, hogy az áldozaton rajta hagyják nemrég, gyanús körülmények között elhunyt férje feromonjait. Eközben Walter rájön, hogy a figyelő ráírt egy lakcímet Peter szemgolyójára. Peter a címet követve különös tárgyat talál. Olivia megvallja Peter iránti szerelmét Ninának.

Oliviát mindenféle vizsgálatnak vetik alá, hogy bebizonyítsák: képes továbbra is a Rejtélyügynek dolgozni. A vizsgálatok idejére azonban Broyles szabadságolja, ezért a korábban Peter egy másik idősíkjában felmerülő, ismét napvilágra kerülő Bowman-ügyet most Lincoln vezetésével igyekeznek megoldani. Azonban egy furcsa lény által Lincoln megfertőződik egy vírussal, és amikor Walter elkezdi vizsgálni, összefüggésbe hozza az esetet David Robert Jones-szal.

Lincoln ragaszkodik hozzá, hogy mivel a Rejtélyügy csapatból mindenkinek valamilyen elfoglaltsága van, ő menjen át a túloldalra, hogy segítsen felderíteni egy titokzatos gyilkosság-sorozatot, amelyben csupa bűnözők az áldozatok. Lincoln nem érti, miért nem örül Broyles a jelenlétének, ráadásul ő az, aki az alakváltókról meglévő tudásával segít a gyanúsított elfogásában. Azonban Broyles árulásának katasztrofális következménye van.

Olivia eltökélte, hogy kiszedi Ninából, ki David Robert Jones téglája a minisztériumban, de az asszony kemény ellenfélnek bizonyul. Lincoln a történtek ellenére úgy dönt, odaát marad és támaszt nyújt Oliviának. Walter mint konzultáns vesz részt egy olyan ügyben, amely alapján minden jel arra utal, hogy az egyik univerzumban megtörtént halálesetek tükröződnek a másikban. Broylesnak váratlan látogatója akad az otthonában.

2036-ban járunk. A Figyelők húsz évvel ezelőtt átvették az irányítást a Földön és mostanra már teljesen ők felügyelik a bolygót. Az eredeti Rejtély-ügy tagokról úgy hírlik, meghaltak még a kezdeti ellenállás során. Azonban egy fiatal ügynöknő, Henrietta megtalálja a borostyánba zárt Walter-t és harcedzett főnöke, Simon segítségével kiszabadítja. Walter elmeállapota azonban nem tökéletes, ráadásul nem tudja, hol lehetnek a társai.

Miután a világ több pontján ugyanabban az időben földrengés következik be, a Rejtélyügynél hamarosan rájönnek, hogy ismét David Robert Jones a tettes, aki ütköztetni akarja a két világot, hogy egy harmadikat hozzon létre. Peter hajmeresztő ötlettel áll elő a helyzet megoldására, ami azonban talán örökre elvágja egymástól a két oldalt. Lincoln-t felkeresi egy Nick nevű fiatalember és azt állítja, hogy látomása volt a földrengésekről, mielőtt azok bekövetkeztek. Olivia azonban rájön, hogy ismeri Nick-et.

Egy bontás során egy rejtett alagútban találnak egy 10 év körüli gyermeket. Az orvosi vizsgálatok szerint a fiú talán egész életét a föld alatt élte le.

Walter mindent megpróbál, hogy megakadályozza William Bell-t ördögi terve végrehajtásában: hogy ütköztesse a két világot és létrehozzon egy harmadikat, amihez már csak egy erős energiaforrásra van szüksége. Olivia telefonhívást kap Jessicától, a fiatal nő a segítségét kéri, úgy érzi, követik. Azonban amikor Peter és Olivia a sebesült Astrid segítségével eljut a raktárba, ahonnan Walter-t elrabolták, váratlanul szembetalálják magukat egy Figyelővel és Jessicával. Olivia rájön, hogy ő maga milyen kulcsszerepet játszik az eseményekben.