È trascorsa una settimana da quando Peter Bishop ha evitato un disastro; la tregua tra i due mondi rimane intatta e le due realtà sono costrette a lavorare insieme.

Un killer seriale dell’“altro universo” costringe le due squadre Fringe a collaborare, e il doppelganger del killer di “questo universo” viene coinvolto per fornirgli assistenza.

La squadra Fringe indaga sul misterioso caso di un assassinio e di una rapida decomposizione, e scopre una figura amorfa che cerca di fare altre vittime. Walter soffre di allucinazioni.

Olivia scopre una forza misteriosa connessa al passato di Walter, e lo costringe a lasciare il laboratorio per la prima volta in anni e ad affrontare i demoni del suo passato.

A seguito dei recenti eventi drammatici, le cose peggiorano quando i mutaforma traslucidi ritornano. Quando la minaccia cresce, un ex-scienziato di Massive Dynamic si unisce alla squadra.

Una coppia di scienziati che aiuta la squadra Fringe a scoprire un pattern nelle anomalie mortali della sequenza temporale.

Mentre indaga sulla morte di un uomo per mano di una forza invisibile, la squadra scopre un pattern seriale e le prove che collegano il predatore alla vittima di un disturbo genetico.

Mentre cerca di tornare a casa, Peter deve affrontare Walternate nell’altro universo, e l’impresa si rivela molto pericolosa. Olivia riceve un terribile avvertimento da un Osservatore.

La visita di Peter nell’altro universo si intensifica quando la divisione Fringe alternativa deve affrontare un formidabile nuovo nemico, in una corsa sconvolgente contro il tempo.

Olivia cerca di tener testa all’infausto avvertimento degli Osservatori; Peter e la squadra rintracciano una ragazza dotata della misteriosa capacità di vedere il futuro e predire la morte.

Astrid riceve la visita inattesa della sua “altra”, mentre Peter e Olivia sono sulle tracce di un killer che utilizza una tossina che deve ancora essere inventata.

Peter, Olivia e Walter devono affrontare un misterioso e terrificante evento criminale, quando rimangono intrappolati in una città da cui non si può fuggire.

Nel corso di un’indagine su un paziente malato di mente associato ad una serie di omicidi, Olivia scopre alcune spaventose connessioni e viene a conoscenza di spaventose rivelazioni.

Peter e la squadra Fringe prendono misure straordinarie nel tentativo di arrestare l’evolversi di minacciosi eventi.

Dopo le recenti rivelazioni spaventose e gli eventi emozionanti, Peter prende in considerazione le sue opzioni, mentre la squadra Fringe indaga su un assassino che ha come bersaglio l’amore.

La squadra Fringe deve affrontare un caso che Peter crede di conoscere. Stranamente, l’evento si verifica in questo mondo.

Lincoln viaggia fino all’altro universo per unire le sue forze a quelle di Bolivia e del suo proprio “altro”, alla ricerca di un vigilante collegato con i mutaforma in maniera inaspettata.

Walter si reca nell’Universo alternativo per aiutare con l’indagine su un evento criminale che riguarda entrambi i mondi; David Robert Jones rivela il suo prossimo obiettivo.

Le squadre Fringe di entrambi gli universi combattono per una causa comune, quando i bambini a cui è stato somministrato il Cortexiphan si presentano con nuovi fatti inquietanti.

Un caso di combustione spontanea costringe Walter a riesaminare il suo doloroso passato, mentre la squadra Fringe deve affrontare David Robert Jones per salvare il mondo, o i mondi.

La squadra Fringe viene spinta fino all’estremo, quando cerca disperatamente di impedire un evento catastrofico che minaccia le vite di tutti.