Odjel za rubne slučajeve poprima novi oblik zbog posljedica Peterove junačke odluke. Tjedan dana nakon što je Peter Bishop spasio svjetove i sam nestao traje primirje između dvaju svjetova i dvije su strane prisiljene surađivati. Lincoln Lee pridružuje se timu u istrazi slučaja s metamorfom koji za njega ima osobnu notu.

Sve je više žrtava vrlo inteligentnog ubojice s druge strane. Odjel za rubne slučajeve s ove strane pozvan je u pomoć. Dvije se strane isprepleću i nevini su ugroženi. U sve uključjuju dvojnika sumnjivca s ove strane, profesora forenzičke psihologije.

Dvojica 12-godišnjaka maltretiraju dječaka i poslije ih nađu mrtve. Tek nekoliko sati poslije smrti njihova su tijela šokantno raspadnuta. Odjel za rubne slučajeve istražuje tajanstveni slučaj. Waltera sve više ometaju halucinacije.

Olivia otkriva opasnu silu koja je možda povezana s Walterovim starim pokusima s Cortexiphanom. Zbog istrage Walter mora izaći iz laboratorija prvi put u puno godina. On i Olivia odlaze u Massive Dynamic u New Yorku istražiti stare slučajeve. Walteru nije lako izvan laboratorija, suočava se s demonima iz prošlosti.

U neke stvari ne treba dirati. Poslije nedavnih šokantnih događaja sve eskalira kad se vrati prozirni metamorf. Opasnost se pojačava i u sve se uključuje bivši znanstvenik Massive Dynamica Malcolm Truss. Nina Sharp posjećuje Waltera u laboratoriju.

Tim mora otkriti poveznicu između tragičnih anomalija, vremenskih petlji. Tijekom istrage priključe se električar Raymond i njegova žena Kate, profesorica teorijske fizike. Vrijeme postaje pitanje života ili smrti.

Čovjeka tajanstveno ubije nevidljiva sila i njegovo tijelo naglo pobjeljuje. Tim doznaje da to nije izolirani incident. Postoje dokazi koji predatora povezuju s nekim tko je umro od nepoznatoga genskog poremećaja. Olivia pati od neobjašnjivih migrena.

Došlo je vrijeme za biranje strane. Da bi našao put kući, Peter odlazi na drugu stranu suočiti se s Walternatom, što se pokaže opasnijim nego što je očekivao. Olivija od Promatrača primi zlokobno predviđanje.

Peterov posjet drugoj strani intenzivira se kad se drugi Odjel za rubne slučajeve suoči s opakim novim neprijateljem u jezivoj utrci s vremenom.

Olivia se i dalje nosi sa zlokobnim Promatračevim upozorenjem, a Peter i tim traže djevojku koja može vidjeti budućnost i predvidjeti smrt.

Našu Astrid neočekivano posjeti druga Astrid, a Peter i Olivia traže ubojicu koji ubija otrovom koji još nije izmišljen. Oba svemira sastaju se u slučaju koji rasteže granice mogućega.

Peter, Olivia i Walter suoče se s tajanstvenim i strašnim rubnim događajem kad zapnu u gradu iz kojega nema bijega.

Tim istražuje psihički bolesnog pacijenta koji je, čini se, povezan s nizom ubojstava i otkrivaju strašne stvari i poveznice kojima Olivia dođe do šokantnih spoznaja.

Umirući posmatrač dolazi da vidi Waltera i Petera. Peter i tim poduzimaju izvanredne mjere da bi spriječili po život opasne događaje.

Poslije nedavnih šokantnih otkrića i emcionalnih događaja Peter važe svoje opcije. Tim istražuje ubojicu koji napada ljubav.

Lincoln putuje na drugu stranu udružiti se sa drugom Olivijom i svojim dvojnikom. Traže osvetnika koji je u čudnoj vezi s metamorfima.

Walter putuje u alternativni svemir pomoći u istrazi rubnog događaja povezanog s oba svijeta. David Robert Jones otkriva svoju iduću metu.

Tim odlazi u budućnost, ravno u 2036. Tim i Promatrači sukobe se u bici koja mijenja sve.

Timovi s obje strane bore se za isti cilj kad se kod korteksifanske djece počinju događati šokantne nove stvari.

Tajanstveni rubni događaj izaziva spontano izgaranje ljudi. Walter se prisjeća bolne prošlosti, a tim se bori protiv Davida Roberta Jonesa da bi spasio svijet. Ili svjetove.

U posljednjoj epizodi sezone tim ide do svojih granica u očajničkom pokušaju da spriječe katastrofu koja svima prijeti.