לאחר האירועים המדהימים אשר השאירו את אוליביה תקועה ביקום המקביל, היא עושה מאמצים לחזור לעולמה. בו בזמן פיטר וולטר חוזרים לחייהם מבלי לדעת שלצידם אוליביה מהעולם האחר.

הצוות בעולם המקביל חוקר תעלומה בה אנשים מתגלים במצב טראנס אשר בסופו של דבר מוביל למותם. מידע חשוב מתגלה כאשר נינה וולטר נפגשים לרגל קריאת צוואתו האחורנה של ויליאם בל.

הצוות חוקר סדרה של אירועים אנומליים הגורמים לתקלות קטלניות. כאשר הקטל המוזר ממשיך להתרחש. המזכיר בישופ משתף את תוכניתו האסטרטגית עם קולונל ברוילס בעוד אוליביה נאבקת בחזון עוצר נשימה.

ניוטון נאלץ לקרוא לעזרה למשנה צורה חבוי. כשוולטר ושאר הצוות אוספים ראיות, הם מעבירים את החקירה למאסיב דינאמיק, שם אוליביה מכניסה את עצמה לערנות גבוהה כשוולטר מוצא עצמו במצב מסוכן.

צוות פרינג' של היקום החלופי חוקר מקרה של פירצת אבטחה באזור אמבר, דרכה אדם הבריח את אחיו התאום. וולטרנייט ממשיך בניסויו על אוליביה, וזו ממשיכה לחוות חיזיונות על שובו של פיטר ל-'צד השני'.

ביקום החלופי, הצוות חוקר תקרית חריגה בה 15 אנשים סובלים משיכחה בעת שהם מאזינים לאותו תדר. פיטר ממשיך בניסיונותיו להרכיב מחדש את מכשיר ההרס.

ביקום המקביל, אוליביה מנסה להתמודד עם סדרה של חטיפות. היא חוברת להנרי ומגייסת אותו למשימה סמויה לחזור הביתה.

אוליביה מנסה למצוא בעל ברית שיעזור לה. בינתיים מתגלה מכשיר חדש המאפשר תקשורת בין העולמות.

'צופה' מאחד את המוסיקאי רוסקו ג'ויס עם בנו המת ויוצר סדרת אירועים שמגיעה לשיאה במבחן של חיים או מוות המערבים את וולטר ופיטר.

גילוי גופה מעורר חקירה אינטנסיבטית. וולטר שואל את נינה אם היא יכולה לפענח את הקשר בין פיטר לבין מכשיר יום הדין.

הצוות חוקר את מותו של מדען שעצמותיו התפרקו מענן כחול מסתורי. מישהו מהעבר של וולטר מסכים לסייע לצוות בחוסר רצון.

בעולם המקביל נערכים ניסויים בחיפושיות בטעם בשר אדם. וולטרנייט מגלה שיש קווים מסויימים שהוא לא מוכן לחצות.

צוות פרינג' מגיעים לביתה של אלמנה הקשורה לאירוע מסתורי. פיטר ואוליביה מנסים לתקן את הקרע הרגשי ביניהם.

הפרק מתאר פלאשבק אחורה בזמן, אל חייו של פיטר וסודותיה של אוליביה.

בעוד וולטר מנסה למצוא דרך לעצור התפשטות של מערבולת, הצוות רודף אחר גנבים שכוח המשיכה לא חל עליהם.

טביעות אצבע בזירת התאבדות מובילות את הצוות אל אישה עם מאפיינים מסתוריים של אלמוות.

האינטנסיביות בעולם המקביל גוברת ואוליביה מוצאת את עצמה בסכנת חיים.

נוכחות התודעה של ווילאם בל בגופה של אוליביה מאיימת לעוות את דעתה לצמיתות אלא אם וולטר ופיטר ינקטו בצעדים קיצוניים.

מכונת הרס מהעולם המקביל מופעלת ומאיימת על כדור הארץ. פיטר מנסה להיכנס לתוך המכונה על מנת לעצור אותה.

במירוץ נואש נגד הזמן וולטר ואוליביה מאחדים כוחות עם סם ווייס המסתורי, על מנת למנוע את ההרס המתפשט "בצד הזה".

בפרק סיום העונה, פיטר מצליח להיכנס למכונה ולהגיע לעתיד הקרוב, בו היקום של וולטרנייט הוא זה שהושמד.