もう１つの世界の医療施設に閉じ込められたオリビアは、国防長官ウォルターネイトの指示の下、ある「治療」を受けていた。その治療とは、もう１つの世界のオリビアであるボリビアの記憶をオリビアに転送し、自分はボリビアだと思い込ませるというものだった。

２人の男が、ある民家の地下からの箱を掘り出す。興味本位で中を開けた途端に２人は失神しやがて死亡する。男たちに縛られていた民家の住人４人も、箱の影響で死亡。２人の男の共犯者ジョーは箱の影響を受けず、２人が掘り出した箱を民家から持ち去った。連絡を受けボリビアたちは６人の死体の見つかった民家へ向かう。

もうひとつの世界でオリビアは仕事に復帰する。ウォルターネイトはオリビアの様子を見て、思い込ませ作戦がうまくいっていることに満足するが、ブロイルズ大佐は偽物をチームに入れることの危険性を訴える。ウォルターネイトは思い込ませ作戦の目的は、オリビアから世界を行き来する方法を聞き出すことによって自分たちの世界を守ることだと伝える。

ヴァン・ホーン議員が自動車事故で重傷を負い、病院に運ばれる。その直後、ニュートンが病院に現れ、ヴァン・ホーン議員を運び出そうとする。だが、駆けつけたブロイルズに阻まれ、ニュートンはヴァン・ホーンを撃ち逃走する。

アマチュア無線の愛好家15人が同じ時刻にそろって記憶喪失になるという事件が起こる。彼らはみな、乱数放送を聞いていた。かつてマッシブ・ダイナミックも調査したが、誰が何の目的で乱数放送を流しているのかは解明されなかった。さっそく調査に乗り出すフリンジ・チーム。その矢先、放送を流していた電波塔を発見する。

もうひとつの世界。少年マックスが自宅の寝室からさらわれる。寝室から見つかった指紋にスクロースが付着していたことから、キャンディマンの仕業と思われた。キャンディマンは２年おきに子供をさらっている誘拐犯で、子供を誘拐したあと２日後に解放。戻って来た子供たちは全員、健康状態が悪化していた。ブロイルズ大佐の息子クリストファーもキャンディマンの被害者だった。

こちら側の世界。ベッドでボリビアと映画を見ていると、ピーターの電話が鳴る。電話に出ると、ニューヨークからかけているという見知らぬ女性がさっき目の前で女性が消えたと言う。そしてその女性の名前はオリビアで、向こうの世界に閉じ込められていると伝えるように頼まれたと言うのだった。横で寝ているのは向こうのオリビアではないかと疑ったピーターはベッドから出て、その手がかりを探し始める。

ある日、通報を受けた救急隊員が現場に駆けつけると、心臓を切り取られた男性が横たわっていた。男性はその状態から、意識を取り戻し、数分後に死亡。この不可解な事件の捜査にフリンジ・チームが召集される。そこにはもうひとつの世界から戻ったばかりのオリビアの姿もあった。

ある養護施設の入居者ロスコー・ジョイスが夜中に徘徊中に、息子と話す姿が監視カメラに映る。息子のボビーは1985年に死んだのだが、ロスコーはボビーと会って話したという。しかしボビーが何を言ったのかは思い出せなかった。監視カメラには、ボビーと一緒に監視人のセプテンバーも映っていた。

装置の研究が行われている格納庫にオリビアたちが向かう。装置は動力源が分からず動かないままだったが、ピーターが近づくと突如動き出し、ピーターは鼻血を出す。

製薬会社で研究開発に携わるウォーレン・ブレイクという男性のもとに、誕生日プレゼントの人形が送られてくる。ブレイクは人形から噴射された青い粉を吸い込んだあと、骨がなくなり死亡する。

向こう側の世界。空港ビルのトイレで、乗客の一人が虫に体を食い荒らされた姿で発見される。早速捜査を始めるフリンジ・チーム。チームはリンカーンが率いることとなっていた。捜査を進めていくうちに、１人の男が容疑者として浮上する。

ローゼンクランツ・ビルで７階のバルコニーにいたパーティー客６人が落下して死亡する。ローゼンクランツ・ビルには幽霊が出るとの噂があった。ウォルターは向こうの世界と同じように、こちらの世界にも亀裂ができ始めていて、まさにローゼンクランツ・ビルがその発端だと考える。

1985年、向こうの世界から幼いピーターを連れて来てから半年が経っていた。ピーターの体はすっかり良くなったが、ウォルターとエリザベスは、これ以上彼に嘘はつけないと感じていた。また、ウォルターはピーターを向こうの世界へ帰すための方法を研究していたが、世界に亀裂を入れることになるため、再び装置を使うことはできなかった。そのため……。

金属倉庫からオスミウムが盗まれる。窃盗犯は2人で、1人は警備員に撃たれて死亡。もう1人は逃走した。撃たれた男は宙に浮いたまま死んでいた。男の足の筋肉が退化していたため、長期間無重力状態にいたことが原因と思われた。しかし腕や胸の筋肉は正常だった。男の遺留品にキーカードがあり、製造業者に確認したところ、オールストンにある倉庫のカギと判明、オリビアとピーターは倉庫へ向かう。

ロクスベリーで飛び降り自殺を図った2人のうち1人のみが死亡し1人は現場から立ち去るという事件が起こる。その映像を見たウォルターはその場所がソフトスポットだからではないかと不安を覚え、フリンジ・チームは現場に向かう。

向こう側の世界。ボリビアは産婦人科での検査で、ウイルス増殖子癇の保因者であることが分かる。ウイルス増殖子癇は出産で死ぬ可能性があるため、堕胎を考えるボリビアだったが、帰宅したところ2人組の男にさらわれてしまう。

オリビアの体に乗り移ったベルの意識を、別の体に移す実験が行われたが、脳死患者の体を使ったその実験は失敗に終わる。オリビアを心配するピーターは苛立ちを募らせる。そんな矢先、電球が割れたはずみにオリビアの意識が戻り、ピーターに助けを求める。

向こうの世界。ウォルターネイトは、ボリビアの息子ヘンリーの血液サンプルから、ピーターの遺伝情報を取り出し、破壊装置を作動させ、もう1つの世界の破壊に乗り出す。

装置にはね飛ばされたピーターは意識が戻らぬまま。その間に、各地で異常な落雷が発生していた。ウォルターはピーターを心配しつつも、異常現象を解明するためにハーバードのラボに戻る。

15年後の2026年にタイムスリップしたピーターは、「世界終焉軍団」という組織が仕掛けたテロで負傷し病院に運ばれる。しかし最先端医療ですぐに回復して仕事に復帰する。現場に残されていたエレクトリライトという世界終焉軍団の爆弾解明のため、ブロイルズ議員に頼んで、刑務所に収監されているウォルターを一時出所させてもらう。