A Másvilágban rekedt Olivia megszökik az intézetből, ahol őrzik. Szökésében egy taxis segíti, akit először megfenyeget, ám végül jó viszonyba kerülnek. Eljut a szülei házához, ahol édesanyja fogadja. Olivia értetlenül áll az események előtt, hiszen abban a tudatban élt, hogy az anyját egész fiatalon elveszítette.

A másvilágiak egy fegyvert akarnak előállítani, amelynek a részeit keresik már mindkét univerzumban. Újabb darabja kerül elő egy ultrahangos szerkezet formájában, amely az impulzusok segítségével képes ölni. A dobozt, amelyben megtalálják, Peter viszi magával, hogy tüzetesebben is megvizsgálja. A majdani fegyvert ugyanis elméletben ő tudja majd csak üzembe helyezni.

Egy bostoni szenátorról kiderül, hogy alakváltó. Walter a Massive Dynamic új tulajdonosaként, az ott berendezett laborjában vizsgálja az áldozatot azzal a céllal, hogy információt kapjon. A félig ember félig gép alakváltóknak ugyanis van egy adattáruk. Az információk kinyerését azonban nem tudták eddig megvalósítani. A Másvilág ügynökei természetesen szintén tudomást szereznek a balesetről, és hogy a kényes adatok ne kerüljenek az emberiség birtokába, megszerzik a laborból a lemezt, és a védett információkat.

Kimentenek egy bankrablót, aki a borostyán-karantén fogságába esett. Kiderül, hogy a férfi a valódi tettes ikertestvére, ami némileg bonyolítja az ügyet, hiszen hasonlóságuk megtévesztő. Megkezdik a kísérleteket Oliviával, amelyeknek az a célja, hogy megvizsgálják képes-e a világok közötti átjárásra.

Egy rádióadás hatására több amatőr rádiós hirtelen amnéziás lesz. Walter a sugárzás frekvenciájának tudja be az esetet, de az adás során számokat is hallanak, melyeket nem tudnak mire vélni. A tudomány előtt nem volt eddig sem ismeretlen az ún. szám-adók fogalma, csak éppen eredetüket és miértjüket nem tudták meghatározni. Egy könyvnek és egy szerencsés véletlennek köszönhetően Walteréknek lehetőségük nyílik, hogy megfejtsék ezt a több millió éves rejtélyt, amely a Föld első lakóihoz kapcsolódik.

A másik világban egy régi bűnöző újra színre lép. A gyermekrabló fiatal gyerekek hormonjait gyűjti, hogy fiatalító szert készítsen belőlük. Korábban Broyles kisfiát is elrabolta, aki azóta súlyos beteg. Oliviának sikerül néhány percre visszatérni a saját világába, s a taxis Henrytől segítséget kérve üzen Peternek.

Oliviának nem sikerült visszaszökni a saját világába, fogságba került azzal a nem titkolt szándékkal, hogy további kísérleteket végezzenek rajta. Utolsó kétségbeesésében Broyles-hoz fordul segítségért. Ezalatt a másik világban Peter rájön, hogy Olivia a másik oldalról jött, majd miután a nő elszökik, megindul a hajtóvadászat Peter után is.

Az FBI egy szervtolvaj után nyomoz. Az elkövető élő emberekből operálja ki a beültetett szerveiket. A szervek ugyanis mind ugyanattól a donortól származnak, egy 17 éves lánytól, aki öngyilkos lett, és aki fontos volt a szervtolvaj számára. Olyannyira, hogy Frankenstein módjára újra akarja éleszteni a lányt. Peter elmondja Oliviának, hogy egészen közel került a párhuzamos világ Oliviájához.

Újra megjelennek a Figyelők. Miután korábban egyikük megbontotta az egyensúlyt az Univerzumban, most azt a feladatot kapja, hogy állítsa azt helyre. A Figyelő Walterhez fordul segítségért, aki elbizonytalanodik, mert tudja, ennek az lenne az ára, hogy Petert újra elveszíti. Eközben az FBI egy újabb rejtélyügyben is nyomoz. Egy idősek otthonában az egyik beteg 25 éve elhunyt fiát vélte látni, de nem emlékszik pontosan a találkozásra. Walter segít neki visszanyerni az emlékeit, miközben rájön, hogy a Figyelők jelenléte és a halott fiú megjelenése szorosan összefügg.

Sorra áldozatul esnek az Alakváltók, de az FBI nem tudja utolérni a gyilkost. Tudják, hogy a megoldást az ál Olivia adatai között kell keresni, de képtelenek rájönni a kódra, mely az összefüggést adhatja. Mígnem Olivia megfejti, ám addigra késő. Az utolsó Alakváltót is megölik. A tettes Peter, s Walter attól tart, hogy a gép melyet a másik univerzumból is keresnek, és amelynek Peter nélkülözhetetlen eleme, megváltoztatta a fiát.

Egy veszélyes méreganyaggal követnek el több merényletet. Az áldozatok egy korábbi kutatás résztvevői. Az egyik elkövetőt elkapják, de kómába esik, így Oliviáék Walter egy régebbi kísérleti alanyától kérnek segítséget. Egy férfitól, aki a gondolatolvasás képességével bír. A feladat, felismerni a kómában lévő férfi gondolatait, és így megtalálni a másik két gyanúsítottat.

A párhuzamos univerzumban furcsa halálesetek történnek. Egy az ottani világból már kipusztult rovarfaj szedi áldozatait, egy velük kísérletező tudós, Armand Silva miatt. A tudós egy korszakalkotó gyógymódot akar kifejleszteni, ám ahhoz, hogy sikerrel járjon, ennek a kihalt fajú rovarnak egy enzime szükséges. A rovarok életük során csak a juhfélékkel tudtak szimbiózisban élni, s mivel abban a világban ez az állatfaj is kihalt már, Silva embereken folytatja a kísérleteit.

Egy épületben furcsa események történnek. Tucatnyi fiatal zuhan le egy erkélyről, és hal szörnyet anélkül, hogy a balkon megrongálódott volna. A hatóságok előbb tömeges öngyilkosságra gondolnak, ám Walterék hamar cáfolják az elméletet. A házról régóta furcsa történeket keringenek szellemekről, kísértetetekről, amiért többen elköltöztek már onnan. Mint bebizonyosodik a jelenségek és a halálesetek a párhuzamos univerzummal függenek össze, azon belül is egy idős asszonnyal, aki elvesztette férjét, aki állítása szerint rendre meglátogatja őt.

Olivia és Peter gyermekkorában kezdődik az epizód története. Amikor Petert elrabolták a másik univerzumból, a fiú sejti, hogy nem az igazi szülei veszik körül, de kénytelen ebbe belenyugodni, míg a valódi szülők lázasan keresik őt a másik világban. Olivia először szembesül a Másvilággal, Walter pedig azzal a ténnyel, hogy a lányt a félelme képes a párhuzamos világba juttatni.

Újabb furcsa esemény történik Bostonban. Egy betörés után a rendőrség egy levegőben lógó férfit talál a helyszínen. Walter is értetlenül áll az eset előtt, hiszen az emberi test magától lebeg. A nyomozás során Oliviáék pedig számos megcsonkított holttestet találnak. Walternek sehogy sem áll össze a kép, szerinte a lebegő testek az Univerzum összeomlásának egyik jele.

Peter nem kis aggodalmára William Bell tudata Oliviában ölt új testet. Közben a csapat egy nő után nyomoz, aki úgy tűnik, örök életű. Az asszony férjét és gyerekeit korábban meggyilkolták, de ő túlélte a támadást, és azóta bármivel is próbálkozik, életben marad. William Bell korábban azt ígérte, hogy csak néhány napig foglalja el Olivia testét, ám hamarosan kiderül, hogy komplikációk léptek fel a tudatvándorlás során.

A másvilági, állapotos Oliviát a születendő gyermekéért elrabolják. Olivia szervezete azonban egy vírussal fertőzött, olyan örökletes betegségben szenved, amely miatt a szülést sem ő, sem pedig a gyermeke nem éli túl. Oliviát fogságban tartják, ám röviddel a szülés megindulása előtt sikerül elszöknie. Lincoln és a taxisofőr Henry találnak rá.

Walterék azon fáradoznak, hogy William Bell tudatát kicsalják Olivia testéből. Többszöri sikertelen kísérlet után úgy döntenek, hogy Walter és Peter behatolnak Olivia tudatába. Ennek azonban nem várt következményei lesznek.

A világunk bomlásának jelei egyre erősödnek. A lakosság egyre több megmagyarázhatatlan természeti jelenségekkel szembesül, melynek okozója az a szerkezet, melynek darabjait Walterék megtalálták és összerakták. Csak míg eddig a tudós csapat abban a hitben élt, hogy egyedsül Peter tudja működésbe hozni, a gép egyszer csak beindult, és vele az események is felgyorsultak. Nina Sharp szerint csak egy ember segíthet, a titokzatos Sam Weiss, aki már William Bell idején is sokat segített a tudósoknak.

Tovább romlik a helyzet a világunkban. Peter első kísérlete, hogy leállítsa azt a szerkezetet, ami a változásokat generálja, kudarcba fullad. Olivia és Sam Weiss az Első Emberek nyomán találnak egy leírást, és egy rajzot, amely Oliviát ábrázolja. A rajz szerint a nő telekinetikus képességekkel is bír. Kiderül, hogy Peternek és Oliviának együttes erővel kell megfékezniük a világ pusztulását.

Peter, hogy megakadályozza a világ pusztulását, a gép segítségével a jövőbe utazik. Abba a korba, ahol a párhuzamos univerzum már elpusztult, és végveszély fenyegeti a sajátját is. Walter börtönbe kerül, mert őt vádolják a kialakult helyzetért, Walteregó pedig ebbe a világba átlépve akar bosszút állni sajátja megsemmisüléséért. Réseket robbant az univerzum falán, hogy felgyorsítsa a pusztulását. Az egyetlen megoldás, ha Peter valahogy vissza tud térni a múltba, hogy az egész folyamat meg se induljon.