Olivia cerca la strada di casa; Peter e Walter riprendono la loro vita ordinaria inconsapevoli della presenza dell’Olivia alternativa.

Vengono rivelate informazioni essenziali sul futuro, quando Walter e Nina si incontrano al Massive Dynamic per la toccante lettura del testamento di William Bell.

La tempistica è essenziale quando una serie di eventi anomali portano la Divisione Fringe ad indagare su incidenti mortali con coincidenze inimmaginabili.

Newton è costretto a chiamare all’azione un mutaforma addormentato. Walter e il resto della squadra trasferiscono l’indagine a Massive Dynamic e Olivia è in massima allerta.

I Fringe dell’universo alternativo indagano su una violazione della sicurezza; un gemello fa uscire il fratello da una zona Ambra sottoposta a quarantena.

La Divisione Fringe (di questa realtà) indaga sullo strano caso di 15 persone che soffrono tutte di amnesia retrograda, dopo aver ascoltato le loro radio a onde corte sulla stessa frequenza.

Quando un sequestratore seriale dell’altra realtà colpisce di nuovo, il caso risulta familiare al Colonnello Broyles che invia Olivia ad indagare sui rapimenti.

Peter deve affrontare le conseguenze di eventi recenti, e Olivia cerca disperatamente un alleato. Intanto, la Squadra scopre un dispositivo essenziale che comunica tra gli universi.

L‘estrazione del cuore di una vittima rappresenta soltanto l’inizio di una serie di eventi misteriosi di rianimazione. Nel frattempo, Peter deve affrontare la sua relazione con Olivia.

Nella puntata di metà stagione, un Osservatore contatta la Squadra per cercare di correggere un errore. Nel frattempo, Walter fa amicizia con uno dei suoi eroi musicali.

Quando la Squadra Fringe visita la Massive Dynamic durante l’assemblaggio di un dispositivo universale, Walter si preoccupa della sorte di Peter e si rivolge a Nina per ottenere aiuto.

La squadra Fringe indaga su un caso sensibile, quando uno scienziato muore dopo aver inghiottito una nuvola letale di polvere blu e quando le sue ossa si disintegrano all’interno del corpo.

La squadra Fringe alternativa indaga su un bioterrorista armato di un insetto che gradisce la carne umana. Walter alternativo scopre un confine che non è disposto a superare.

Una serie di eventi collaterali guida la squadra fino alla casa di una donna che piange la morte del marito; intanto Peter e Olivia cercano di riparare la crepa emotiva tra di loro.

Il team rivisita il passato in questo follow- up a "Peter" episodio flashback della scorsa stagione che rivela un periodo struggente di tempo sia per i Vescovi e Olivia .

La Squadra Fringe indaga su un gruppo di ladri in grado di violare la legge di gravità. Intanto, Walter cerca di ritardare i danni che ha causato al tessuto dell’universo.

Quando la Squadra Fringe indaga sulla vittima di un suicidio, viene alla luce una seconda serie di impronte digitali che conducono a una donna immortale con caratteristiche inspiegabili.

L’intensità della vita nell’altra dimensione accelera e Olivia corre pericoli mortali.

Usando un esperimento di laboratorio rompicapo, la squadra cerca disperatamente di rimuovere la coscienza di William Bell dal corpo di Olivia, prima di perdere definitivamente la donna.

L’inizio della fine viene scatenato quando il Walter alternativo trova il modo di provocare distruzione e caos nell’altra dimensione, mettendo a rischio entrambi gli universi.

Peter deve affrontare il suo destino e un membro della squadra incontra prematuramente la morte.