Ekipa Fringe ma wyjaśnić sprawę ludzi odnajdywanych w transie powodującym śmierć. Walter i Nina spotykają się w Massive Dynamic, aby odczytać testament Williama Bella.

Zespół Fringe wyjaśnia przypadki zgonów, do których dochodzi w wyniku zbiegów okoliczności. Członkowie ekipy walczą z czasem. Sekretarz Bishop zapoznaje pułkownika Broylesa ze swoim planem.

Konsekwencje wydarzeń, w które zamieszany był wysoki rangą urzędnik, budzą niepokój Newtona. Członkowie ekipy Fringe zbierają dowody w tej sprawie. Przenoszą śledztwo do Massive Dynamic.

Wydział Fringe rozpoczyna dochodzenie dotyczące skandalicznego naruszenia zasad bezpieczeństwa. Doszło do niego, gdy jeden z bliźniaków uwolnił brata z objętej kwarantanną strefy Amber.

Piętnaście osób traci pamięć podczas słuchania radia na falach o tej samej częstotliwości. Wydział Fringe próbuje wyjaśnić to tajemnicze zjawisko.

Porywacz atakuje po raz kolejny w alternatywnym świecie. Płk Broyles wysyła Olivię, by zdobyła informacje o uprowadzeniach. Agentka nawiązuje kontakt z Henrym, by pomógł jej wrócić do domu.

Po ostatnich dramatycznych wydarzeniach Olivia próbuje znaleźć sobie sojusznika. Tymczasem ekipa Fringe odkrywa urządzenie, które umożliwia komunikację pomiędzy światami.

Członkowie ekipy Fringe prowadzą śledztwo w sprawie makabrycznej zbrodni. Okazuje się, że jest to początek serii przerażających zdarzeń. Peter zastanawia się nad swoim związkiem z Olivią.

Obserwator kontaktuje się z członkami ekipy Fringe. Walter zaprzyjaźnia się z Roscoe Joycem. W latach 70. muzyk grał w jego ulubionym zespole. Poznaje prawdziwą przyczynę rozpadu kapeli.

Ekipa Fringe odwiedza montownię Massive Dynamic. Walter zaczyna poważnie niepokoić się o Petera. Prosi Ninę o pomoc. Chce zrozumieć, co się dzieje w umyśle syna.

Toksyczna chmura niebieskiego proszku zabija naukowca. Istnieje podejrzenie ataku bronią biologiczną. Ktoś z przeszłości Waltera i powiązany z Olivią zgadza się pomóc ekipie Fringe.

Nieobecność pułkownika Broylesa powoduje zmiany w funkcjonowaniu ekipy Fringe, która prowadzi śledztwo w sprawie terrorysty. Bronią zamachowca jest owad wnikający w ludzkie ciało.

Peter i Olivia próbują naprawić swoje relacje. Tymczasem szereg niezwykłych wydarzeń doprowadza ekipę Fringe do domu pewnej kobiety, która jest pogrążona w żałobie po śmierci męża.

Rok 1985. Elisabeth zabiera Petera do Jacksonville. Walter uznaje, że Olivia jest zdolna przenieść się do równoległego świata.

Zespół Fringe bada grupę złodziei, którzy potrafią łamać prawa grawitacji. W międzyczasie Walter próbuje opóźnić szkody, jakie wyrządził strukturze wszechświata.

Ekipa Fringe bada sprawę rzekomego samobójstwa pewnej osoby. Nowo odkryte fakty wskazują na to, że mają do czynienia ze zbrodnią. Odciski palców naprowadzają na trop tajemniczej kobiety.

W alternatywnej rzeczywistości Olivia zostaje porwana przez agentów pracujących dla Walternate'a. Kobieta jest poddawana eksperymentom, które mają przyspieszyć narodziny jej dziecka.

W laboratorium ekipa próbuje wymazać z umysłu Olivii świadomość Williama Bella. Wykorzystuje do tego eksperymenty wywołujące halucynacje.

W równoległym wszechświecie Walternate znajduje sposób na zniszczenie pierwotnej rzeczywistości poprzez uruchomienie specjalnej maszyny. Skutkuje to wieloma nietypowymi wydarzeniami.

W obliczu rozpadu jednej z rzeczywistości Olivia łączy siły z niejakim Samem Weissem. Rozpoczyna się dramatyczny wyścig z czasem. Peter w maszynie zniszczenia przenosi się w inny wymiar.

Peter z pomocą Olivii wchodzi do maszyny i doświadcza wizji przyszłości. Odkrywa, jak rzeczywistość równoległa zostanie zniszczona. Ginie jeden z członków zespołu Fringe.