배경은 다시 이쪽 세계. 프린지 팀은 사람을 무아지경에 빠뜨리고 끝내 죽게 하는 기묘한 상자를 조사한다.

이례적인 사건이 연이어 발생한다. 프린지 부서는 놀라운 우연이 불러온 사망 사고를 해결해야 한다. 조사의 성패는 타이밍에 달렸다.

한 고위 관료가 불행한 사고에 휘말린다. 뉴턴은 그 뒤처리를 위해 잠복 중인 모습 변환자에게 지시를 내린다.

한 사내가 앰버 격리 구역에서 자신의 쌍둥이 형제를 구출하는 충격적인 침입 사건이 발생하고, 평행 세계의 프린지 부서가 조사에 나선다.

무대는 다시 이쪽 세계. 미국 동해안 전역에서 같은 단파 방송을 듣던 15명이 역행성 기억 상실을 겪는 기묘한 사건이 발생하고, 프린지 부서가 조사에 나선다.

저쪽 세계의 연쇄 유괴범이 활동을 재개한다. 브로일스 대령은 익숙하고도 개인적인 사건에 몹시 심란해하고, 올리비아는 열정적으로 유괴 사건의 비밀을 파헤친다.

피터는 최근 사건들의 뒤처리로 바쁘고 올리비아는 간절히 아군을 찾는다. 한편 프린지 팀은 차원 간 통신에 쓰이는 중요 장치를 발견한다.

심장이 적출된 피해자가 발견되고 프린지 팀이 조사에 나선다. 뒤이어 일어난 의문스러운 사건들의 목적은 누군가의 부활이다.

관찰자는 실수를 바로잡고자 프린지 팀과 접촉한다. 한편 월터는 자신의 음악적 우상인 1970년대의 밴드 '바이올렛 세단 체어'의 키보디스트 로스코 조이스와 친해진다.

두 가지 사건이 발생하고 대대적인 조사가 시작된다. 프린지 팀은 매시브 다이내믹의 종말 병기 제작 현장을 참관한다. 월터는 피터의 건강이 걱정이다.

한 과학자가 치명적인 파란 가루를 흡입한 후 시신의 뼈가 모두 분해된 채 사망하고 만다. 질병통제센터는 생화학 공격을 의심한다.

이야기의 중심은 다시 평행 세계로 돌아간다. 프린지 팀은 인육을 먹어치우는 곤충으로 무장한 생물학 테러리스트의 수사를 시작하지만, 브로일스 대령의 부재이 팀에 미치는 영향은 상당했다.

일련의 사건은 프린지 팀을 한 집으로 인도한다. 이곳에는 남편을 떠나보낸 슬픔에 잠긴 여성이 사는데... 한편, 피터와 올리비아는 두 사람 사이의 감정적인 균열을 메꾸고자 노력한다.

프린지 이번 화는 지난 시즌에서 다룬 피터의 과거 에피소드 후속편으로, 비숍 일가와 올리비아가 겪었던 고통 시기를 그린다.

하늘로 올라간 게 늘 내려오는 건 아니다. 프린지팀은 중력의 법칙을 거스를 수 있는 범죄자들의 수사를 시작한다. 한편, 월터는 자기 때문에 손상된 차원의 막이 더 약해지는 걸 막으려고 노력한다.

답을 구하면 새로운 의문이 생겨난다는 프린지팀은 자살 사건의 피해자를 수사한다. 현장에서 발견한 지문을 분석하자, 죽을 수 없다는 불가사의한 특징을 지닌 여성의 존재가 드러난다.

올리비아의 생명이 위협받자, 저편에서의 삶이 숨가쁘게 돌아가기 시작한다.

올리비아의 의식이 영원히 사라질지도 모를 상황에 처하자, 프린지팀은 올리비아의 육신에서 윌리엄 벨의 의식을 떼어내기 위해 지푸라기라도 잡는 심정으로 기상천외한 실험법을 시행한다.

월터네이트가 '이곳'에 대혼란을 일으킬 방법을 찾아내면서 종말이 시작되고, 두 세계 모두 큰 위험에 빠진다

올리비아는 의문의 사내인 샘 와이스와 힘을 합치고, 시시각각 조여오는 위험에서 벗어나고자 필사적으로 몸부림친다.

박진감 넘치는 세 번째 시즌이 절정에 달하며 막을 내린다. 피터가 자신의 운명과 마주하고 때 이른 죽음을 맞이하면서 마침내 쌓였던 의문이 풀린다.