Olivia különös balesetet szenved. Karambolozik az autójával, de a kiérkező helyszínelők nem találják sehol. Mintha nem is ült volna az autóban senki. Majd helyszínelés közben váratlanul kiesik a szélvédőn. Mivel Amy Jessup, az intézkedő ügynök is szemtanúja lesz az esetnek, Peter kénytelen beavatni őt is a rejtélyes ügyekbe. Olivia a kórházban tér magához, de csak arra emlékszik, hogy bántani akarják. Hamarosan a kórházban is megtámadják. Walter egy korábbi áldozatot vizsgál, és megállapítja, hogy az illető egy alakváltó prédája lett. Valószínűleg annak az alakváltóénak, akit valamilyen felsőbb utasításra azzal bíztak meg, hogy ölje meg Oliviát.

Egy pennsylvaniai kisvárosban hét embernek veszett nyoma. A helyi hatóságok az eseteket lezáratlan ügyként könyvelik el, mígnem Olivia és az FBI önkényesen elő nem veszi az aktákat az ügynöknő korábbi eltűnése miatt. Összefüggéseket keresnek, de a megoldás helyett újabb rejtélyes ügybe keverednek. Kiderül, hogy egy mutánssal van dolguk, akinek a létéről addig senki sem tudott.

Egy vasútállomáson látszólag minden ok nélkül felrobban egy ember. A dolog furcsasága az, hogy a robbanás után semmilyen maradványt, illetve robbanószerre utaló nyomot nem találnak. Az áldozatot Walter vizsgálni kezdi, és idővel rájön, hogy maga az ember volt a robbanószer, miután olyan anyag került a szervezetébe, ami szétroncsolta. Olivia összefüggést talál egy régi katonai program és a mostani események között. Olyan kísérletre derül fény, amelyben Irakban állomásozó katonákat kezeltek mérgezések ellen. A helyszínen Peter és Oliviai megtudja egy orvostól, hogy ki lehet a következő öngyilkos merénylő, és kiderül az is, hogy ezeket az embereket a háttérből irányítják.

Bell újabb térugrással magához rendeli Oliviát, hogy figyelmeztesse, nagy veszély fenyegeti mindkét világot. Olyan vihartól, háborútól tart, amely az egyik univerzumot biztosan elpusztítja. Az alakváltóknak azonban csak akkor sikerül megnyitniuk a tér-kaput a világok között, ha megtalálják az ehhez szükséges adatokat birtokló személyt. Bell azt tanácsolja Oliviának, hogy mindenképpen az alakváltók előtt találja meg az illetőt, különben a katasztrófát nem lehet elkerülni. Charlie azonban kiszedi Oliviából az információt, mielőtt a nő rájönne, hogy ő is alakváltó.

Természetfeletti lény garázdálkodik Bostonban. A gyilkosságok Broyles egy négy évvel ezelőtti ügyére utalnak, amit azóta sem tudott lezárni. Egy orosz férfi testvérét furcsa organizmus fertőzte meg, a lény az emberek sugárzásából táplálkozik és tartja fenn magát. Molekuláris összetételét azóta sem fejtette meg senki, így Walterre hárul a feladat, remélve, hogy ezáltal véget vethetnek a gyilkosságoknak.

A Massive Dynamic újabb tudományos kísérlete szedi áldozatait. A tudósok robotpilóta-programnak álcázott kísérletsorozatot folytattak, melynek során elérték, hogy alanyaik mások agyát irányíthassák. Ezúttal egy kamasz fiú és felnőtt elrablói tartják rettegésben Broyles-t és az osztályt, miután nyomukban több áldozatot is hagynak, minden különösebb indíték nélkül. Az akciócsoport kézre is keríti az elkövetőket, ám a fiú megszökik, és Petert teszi meg új kísérőjének. Ekkor válik világossá, hogy a fiú irányítja az eseményeket és most már Petert használja fel céljai eléréséhez.

A Figyelők egyike fényes nappal elrabol egy lányt. Oliviáék értetlenül állnak az eset előtt, hiszen eddig abban a tudatban éltek, hogy a Figyelők csak passzív résztvevői a mindennapjainknak és nem avatkoznak bele a történésekbe. Mint kiderül, Christine-nek egy repülőgépen kellett volna lennie, ami hamarosan a tengerbe zuhan. A Figyelők maguk csodálkoznak társuk lépése miatt, ám úgy döntenek, az események folyamatát nem szakíthatják meg, ezért a lánynak mindenképpen meg kell halnia. August azonban továbbra is védelmébe veszi a lányt, és akár saját élete árán is, de megmenti őt.

Boston egyik kikötőjében tucatnyi hullára bukkannak. Csupán egyetlen túlélőt találnak, akinek egy ismeretlen szer hatására bélféreg fejlődött ki a szervezetében, ahogy a többi áldozat testében is. Olivia először arra gyanakszik, hogy újfajta kábítószert próbálnak becsempészni az országba, hiszen a hajó és annak szállítmánya egyértelműen kapcsolatban állt a Triaddal. A kifizetések alapján eljutnak egy magánszemélyhez, aki tetemes összeggel támogatott egy pekingi építőipari céget, amiről persze kiderül, hogy nem is létezik. A nyomok ezek után egy kínai orvoshoz vezetnek, aki kísérleteihez használta fel az elhunyt embereket.

Olivia és az FBI három rejtélyes esetre lesz figyelmes. Három beteg, akiket valamikor Dr. Paris kezelt, egyik pillanatról a másikra felgyógyul a hosszú éveken át tartó betegségéből. Mindhármuk koponyáján különös vágás található, ami arra utal, hogy kiemeltek valamit az agyukból. A sorozatos vizsgálatok szerint abból az állományból, amely az emlékekért is felelős. Walter fején is találnak heget, ami arra utal, hogy talán ő is meggyógyulhat.

Lisát egy rosszullét után kórházba szállítják, ahol az agyhalál beállta után épp a szerveit operálnák ki, mikor váratlanul magához tér. Számára ismeretlen dolgokról kezd beszélni többek között szigorúan titkos katonai kódokról. Lisa emellett oroszul is beszél, így az FBI eljut egy férfihoz, aki a haditengerészetnél szolgált azon a tengeralattjárón, melyen sugárfertőzés volt.

Egy kisvárosban megölnek három rendőrt. Az eset kapcsán készült egy fénykép, ami egy torzszülött gyermeket ábrázol. Kiderül, hogy a város közelében lévő katonai bázison valamikor a hetvenes években titkos kísérleteket folytattak és ennek hatására az összes lakó génmanipulált lett. Szörnyű titkukat hosszú éveken át sikerült megőrizniük, és a lakók bármire képesek, hogy az igazság soha ne derüljön ki.

Egy férfi váratlanul rosszul lesz egy hatalmas irodaház liftjében. Mire az információs pulthoz ér, holtan esik össze, vérével megfertőzve az ott tartózkodókat. Félórával később a közelében lévő futár is hasonló módon hal meg. Az FBI hermetikusan lezárja az épületet, csak azokat engedik ki, akikről bebizonyosodik, hogy egészségesek. A teszteléskor kiderül, hogy Peter megfertőződött, és ha Walter nem találja meg az ellenszert, rövid időn belül meghal.

Egy esküvőn szörnyű tragédia történik, ismeretlen fertőzés miatt a násznép fele meghal. A vizsgálatok kiderítik, hogy a tömeges halált olyan méreg okozta, amellyel az elkövető tetszés szerinti génállományokat támad meg. Walter bevallja, hogy az édesapja valamikor részt vett a náci Németország tudományos kísérleteiben. A szer összetételét viszont csak ő ismerte, ezért Walter nem érti, hogy kerülhettek az adatok más kezébe.

Egy New York-i épület váratlanul összeomlik. Az ott dolgozók nagy része meghal, de akad egy túlélő, aki valamilyen módon összenőtt egy másik áldozattal. Walter tudja, bekövetkezett az, amire William Bell Oliviát figyelmeztette: megnyílt az átjáró az univerzumok között. Az incidens során a sérült épület helyére a másvilág egyik épülete kerül, de cserébe ebből a világból is át kell mennie egy hasonló épületnek, hogy megmaradjon az univerzumok közötti egyensúly. Olivia feladata ezt az épületet megtalálni.

Olivia a dimenzióváltás során felfedi Walter egyik titkát, és visszaszerzett képességével rájön Peter valódi kilétére. Walter, annak reményében, hogy Olivia nem jelenti az FBI-nak, teljesen beavatja Peter múltjába, és beismeri, hogy fia iránt érzett szeretete sodorta veszélybe a két világot. Peter semmit sem sejt, ám csak idő kérdése, hogy rájöjjön az igazságra.

Valaki képes rákos daganatokat átadni az embereknek, noha a rák nem fertőző. Olivia rájön, hogy az áldozatok egykor mind ugyanannak a kísérletnek a résztvevői voltak, amelyben ő is részt vett, így ő maga is veszélyben van. Hamarosan egykori osztálytársa meg is jelenik a lakásán, és miután ártalmatlanítja, megtudja a férfitól, hogy képességével véletlenül megölte hajdan a húgát. Olivia nem tudja eldönteni, elmondja-e Peternek az igazságot a kilétével kapcsolatban.

Allister Peck, a nagynevű tudós lehetővé teszi az időutazást. Ám ezek az időugrások számos áldozattal járnak. Olivia és Bishop sikeresen a nyomára akadnak, de képtelenek elkapni. A férfi a menyasszonyát szeretné megmenteni, aki évekkel ezelőtt autóbalesetben halt meg. Walter igyekszik lebeszélni erről, de Peck hajthatatlan. Ám az utolsó ugrás olyan energiákat szabadíthat fel, ami rengeteg áldozattal járhat.

A másvilágról érkező alakváltók egy egész sereget próbálnak áthozni a párhuzamos univerzumból. A csapat Walter újabb régi tapasztalatából kiindulva azt feltételezi, hogy hanghullámok és rezgések segítségével nyitják majd a kaput, de miután a két világ közti időegyenlőség gyorsan közeledik, Oliviáéknak is sürgősen lépniük kell. A szerkezettel sikerül meggátolni az átjáró megnyílását, Peter azonban ennek következtében rájön, hogy ő is a Másvilágról származik.

Peter hirtelen eltűnése után, Walter egyre sürgeti Oliviát, hogy próbálja fiát felkutatni, de a nőnek más feladatai is vannak, ráadásul a húga kislányára is neki kell felügyelnie. A munkája miatt viszont arra kényszerül, hogy Astridre bízza Ellát, ezért beviszi a laborba. Ella addig nyaggatja Walter, míg a tudós mesélni kezd neki saját, hátborzongató tapasztalataiból.

Miután világossá válik Peter számára, hogy Walter nem az apja, elhagyja a csapatot. Akaratlanul is belecsöppen egy gyilkossági nyomozásba, ahol egy korábbi esethez hasonlóan végeztek az áldozatokkal. Peter rájön, hogy az alakváltók a nyomában járnak. Közben Walter sajátos módszerrel próbál fia nyomára bukkanni. Olivia azonban megelőzi, és megtalálja Petert.

Walter vezetésével Olivia és egy csapat cortexifanos gyermek a párhuzamos univerzumba készül, hogy visszahozzák onnan Petert, akit előzőleg az ottani apja juttatott át azzal a szándékkal, hogy segítsen neki megépíteni egy fegyvert, amivel mindkét világot elpusztíthatják. A Másvilágon a miénkhez hasonlóan zajlik az élet, az emberek alteregói ugyanúgy élnek és teszik a dolgukat. Peter odaát találkozik a valódi édesanyjával és igyekszik megérteni azt a tervet, amiben édesapja a segítségét kérte.

Miután a csapat átjutott a párhuzamos univerzumba, Petert kell megkeresniük. Walter azonban megsebesül, ezért kórházba kerül. Olivia Bell segítségével megtalálja a tudóst és megszökteti onnan. Walter másik énje ekkor kiadja a parancsot az utazók felkutatására. Peter egy tervrajzot kap, melynek segítségével egy különleges szerkezetet kellene beindítania. Apja szerint ezzel megmenthetné a világot, ám mint kiderül a gép inkább elpusztítaná a másikat. A csapat, ha megfogyatkozva is, de visszajut a saját világába, ám Olivia helyett az ő hasonmása jön át Peterrel és Walterrel.