Kad u bostonsku zračnu luku Logan sleti međunarodni let s mrtvim putnicima, specijalna agentica FBI-a Olivia Dunham (Anna Torv) dolazi istražiti slučaj u ime međuagencijske radne skupine. Nakon što njezin partner specijalni agent John Scott (Mark Valley) umalo ne strada u istrazi, očajna Olivia, panično tražeći pomoć, dolazi do dr. Waltera Bishopa (John Noble), Einsteina naše generacije. No postoji problem. On je već 17 godina u umobolnici, a jedini način da ga izvuče jest uz pomoć njegova sina Petera (Joshua Jackson) koji nije u dobrim odnosima s ocem. Kad istraga Oliviju dovede do multimilijarderske korporacije Massive Dynamic i njezine manipulativne direktorice Nine Sharp (Blair Brown), naš neobični trojac, zajedno s istražiteljem Agencije za domovinsku sigurnost Phillipom Broylesom (Lance Reddick) te agentima FBI-a Charliem Francisom (Kirk Acevedo) i Astrid Farnsworth (Jasika Nicole), otkrit će da su događaji koji su se odigrali na tom fatalnom letu samo djelić veće, šokantnije istine... U ovoj epizodi kao gostujući glumac pojavljuje se Jason Butler Harner (Pogled u budućnost, Završni udarac i Zamjena) u ulozi Richarda Steiga.

Neobično partnerstvo neočekivanog trija započinje prilikom istrage misteriozne smrti žene koja u samo nekoliko sati začne i rodi, a njezino dijete ostari 80 godina u nekoliko minuta. Dok osebujni dr. Bishop istražuje ovu bizarnu i naizgled neobjašnjivu pojavu te izvodi opsežna testiranja u svom laboratoriju, njegov sin Peter nevoljko podnosi svoju novu ulogu očevog skrbnika. Za to vrijeme Olivia se obraća upraviteljici Massive Dynamica Nini Sharp za pomoć.

Proučavajući i dalje nejasnu granicu između mogućeg i nezamislivog, naš neobični trojac istražuje zastrašujuću autobusnu nesreću u kojoj su sva mrtva tijela putnika u autobusu zamrznuta poput kukaca u jantaru. Pod vodstvom osebujnog dr. Bishopa, koji zatraži klavir u laboratoriju za pomoć u obradi podataka, tim nailazi na čovjeka koji ima vizije strukturalnih poremećaja i prije njihove pojave. Počinje utrka s vremenom kako bi dešifrirali njegove misli i spriječili pojavu novih strahota.

Nakon što strašna eksplozija potrese građevinsku lokaciju u New Yorku, Broyles zamoli neobični trojac da istraži misteriozni cilindar pronađen na mjestu nesreće. Potpuno je neoštećen unatoč okolnom razaranju. Nakon što Olivia otkrije neobičnu povezanost između uznemirujućih događaja, dr. Bishop uzima stvar u svoje ruke i Peter je prisiljen istražiti mjesto događaja. Čini se da tajanstveni predmet pokreće neobično ponašanje...

Kad se otkrije da prilično običan čovjek ima mogućnost iskorištavanja elektriciteta, dolazi do opasnih i smrtonosnih događaja. Naš neobični trojac dobiva zadatak istražiti ovu naelektriziranu pojavu. Olivia ima visokonaponski susret s događajem iz svoje prošlosti, a dr. Bishop potraži pomoć svojih pernatih prijatelja i angažira golubove pismonoše u rješavanje slučaja.

Tjednima nakon nestanaka žena s rijetkom bolešću pojavljuje se u predgrađu u državi Massachusetts. Svatko s kime dođe u kontakt neobjašnjivo umire u nepodnošljivoj boli. Istragom strašnog mjesta događaja otkrivena je opasno visoka razina radijacije, a neobične okolnosti koje okružuju slučaj upućuju na nelegalno testiranje lijekova na ljudima i mogućnost nečeg još zlokobnijeg. U međuvremenu Waltera zaokuplja šećerna vata, Peter sklapa dogovor s Ninom Sharp, a otkrivamo i šokantan djelić Olivijine prošlosti.

Svaka je sekunda važna kad se neobičan, gotovo izvanzemaljski parazit tajanstveno prikvači za unutrašnje organe umirućeg agenta FBI-a. Sumnjajući na povezanost sa Strukturom i u pokušaju da spasi agenta čiji život visi o niti, agentica Dunham žuri se u Njemačku na susret sa zatvorenikom koji joj otkriva uznemirujuće detalje o još većoj opasnosti. Peter i Walter pokušavaju pomoći Oliviji prisluškujući moždane valove mrtvaca.

Nakon što serijski otmičar otme glazbeno čudo od djeteta, istraga otkriva da se prilikom otmice pojavio niz bliještećih svjetala koje Walter povezuje sa svojim kolegom iz bolnice St. Claire. Unatoč Peterovu protivljenju, Olivia potiče Waltera da posjeti bolnicu. Walterova odlučnost da pomogne dovede do neugodnih posljedica za njega.

Tim istražuje smrt zaposlenika Massive Dynamica koji je, u uvjerenju da ga napadaju leptiri, skočio kroz prozor kako bi pobjegao. Iako Olivijina neobjašnjiva interakcija s agentom Scottom dovodi do pomaka u slučaju, u očajnoj želji da se riješi svake pomisli na njega ona zahtijeva da se vrati u spremnik. Peter je u nevolji kada nekadašnji prijatelj, ali i nekolicina sadašnjih neprijatelja, saznaju da se vratio u Boston.

Istražujući niz pljački banaka, Olivia, Walter i Peter šokirani su kada nađu osumnjičenika zarobljenog u zidu trezora. Čini se da se zid stvrdnuo oko njega. Walter dolazi do zaključka da su provalnici, uz pomoć visoke tehnologije, pronašli način da prkose zakonima fizike i da, što mu se nimalo ne sviđa, žele nešto njegovo. Kako istraga odmiče, a misterij se produbljuje, pogibeljna situacija eskalira kad jednog od članova trojca napadnu iz zasjede.

Nakon što podmukli agent FBI-a Mitchell Loeb organizira neobjašnjiv bijeg Davida Roberta Jonesa iz njemačkog zatvora kao i uznemirujuću Olivijinu otmicu, na vidjelo izlaze upozorenja o još strašnijoj opasnosti. Kao da to nije dovoljno, Olivijina starog protivnika postavila je Unutrašnja kontrola kako bi ocijenio rad njezina odjela. Istodobno Oliviji u posjet dolazi njezina sestra Rachel (Ari Graynor). Trenutak nije mogao biti gori za Oliviju, Waltera i Petera koji u utrci s vremenom pokušavaju riješiti groteskno ubojstvo priznatog epidemiologa, čija je smrt možda povezana s Olivijinom otmicom, i spriječiti katastrofalnu epidemiju.

Olivia, Walter i Peter istražuju smrt trgovca automobilima pronađenog u ljepljivoj masi, u identičnim okolnostima kao još jedan čovjek na drugom kraju zemlje. Kad Walter otkrije da je ta masa moždana tvar, trojac pokušava otkriti kako ubojica pretvara ljudski mozak u tekućinu. Dok se trupla gomilaju, istraga otkriva neočekivanu vezu među žrtvama. U međuvremenu, Olivia doživi šok kada se njoj draga osoba nađe u nevolji.

Kad specijalni odjel za slučajeve na rubu znanosti naiđe na još jedan bizaran događaj na međunarodnom letu, na mjestu nesreće nalaze zastrašujuće ostatke. Zahvaljujući sjećanju, dolaze do obećavajućih tragova, ali ne uspijevaju otkriti tajanstvenu prijetnju i njezin smisao. Ograničene mogućnosti i nedovoljni dokazi prisiljavaju Oliviju i Petera na tajni zadatak.

Njemački agenti ispituju Oliviju o vezi s Davidom Robertom Jonesom, odbjeglim zatvorenikom kojeg su ispitali prije nekoliko mjeseci, a koji sada živi u SAD-u. U međuvremenu, specijalna jedinica istražuje opasan slučaj u kojemu žrtve ostaju bez lica dok im se zatvaraju svi otvori na njemu.

Samo nekoliko sekunda prije rušenja zgrade radnici nađu tajanstveno nijemo dijete (Spencer List) koje živi samo u podzemlju. Dječak prilikom istrage uspostavi snažnu vezu s agenticom Olivijom Dunham. U međuvremenu, okrutni serijski ubojica (Jeremy Shamos) ponovno se pojavljuje i izlaže svoje umjetničko djelo u javnosti. Dok se dječak polako navikava na novu okolinu, Olivia i tim u utrci s vremenom pokušavaju spriječiti nove strahote luđaka.

Borci za prava životinja napadnu laboratorij i dobiju mnogo više nego što su očekivali kad se jednoj od "životinja" iz kaveza otvori apetit. Umjetno stvorena zvijer s tijelom lava, pandžama orla, kožom nosoroga te zmijskim repom i očnjacima za sobom ostavi stravično unakažena tijela i napada Charlieja (Kirk Acevedo). Dok je Charliejev život na kocki, Walter se istodobno suočava sa zvijeri i sa svojom prošlosti.

Na poznatom željezničkom kolodvoru Grand Central u New Yorku dogodi se ubojstvo kojem u snu svjedoči i agentica Dunham spavajući u Bostonu. Zbunjeni neobičnom slučajnošću, Olivia, Peter i Walter provode istragu, ali bez rezultata. Dok se nasilni događaji nižu i pogoršavaju, Oliviju istraga dovodi do nevjerojatnih otkrića i šokantnih pojedinosti o Z.F.T.-ovu proglasu, eksperimentalnom lijeku Cortexiphanu i vlastitom djetinjstvu.

Odjel za istraživanje slučajeva na rubu znanosti istražuje slučaj niza unakaženih tijela iz kojih je izvađena leđna moždina. Kad ih istraga dovede do znanstvenika (Jefferson Mays) koji bi mogao biti povezan s bioterorističkom ćelijom Z.F.T., šokira ih otkriće ubojičina identiteta i motiva. Ubojstva se sve brže gomilaju, a Olivia, Peter i Walter očajnički ih pokušavaju zaustaviti.

Olivia halucinira i ima uvjerljive vizije nepostojećih događaja. Dok istražuje slučaj žene, žrtve spontanog samozapaljenja, Olivia odbacuje oprez i nastavlja istraživati svoje neobjašnjive vizije. Walter razmatra ključne informacije iz Z.F.T.-ova proglasa, a Peter otkriva tajnu koja baca novo svjetlo na slučaj.

Posljednja epizoda sezone donosi nam iznenadan i neočekivan napad na osobu usko povezanu s Odjelom za istraživanje događaja na rubu znanosti. Ponovno se susrećemo s bioteroristom Davidom Robertom Jonesom (Jared Harris), a Walter nestaje bez objašnjenja. Otkrijte više o tajanstvenim događajima u koje je upleten naš trojac. Saznajte odgovore na pitanja, otkrijte nove dijelove priče dok je odanost naših junaka na kušnji i napokon upoznajte neuhvatljivog Williama Bella (Leonard Nemoy).