Egy repülőgépen az összes utas meghal, pedig a robotpilóta a gépet épségben lehozza Boston repterén. Biológiai terrorizmusra gyanakszanak. A helyszínre érkező Olivia Dunham fiatal FBI-ügynöknő társa is megbetegszik, Olivia pedig mindent megtesz, hogy megmentse. Nyomozásba kezd, és így jut el dr. Walter Bishophoz, egy zseniális, de elmegyógyintézetben élő tudóshoz, aki segíthet Olivia társán. Mivel csak családtag látogathatja a tudóst, ezért felkutatják annak fiát, Peter Bishopot. Mivel Olivia társa épp kómában van, természetesen az apjától örökölt szuper aggyal megáldott Peter Bishoppal nyomoz tovább, és már az első, dupla epizódban rájönnek, hogy a gépen történt furcsa események csak a jéghegy csúcsát jelentik, egy óriási összeesküvés fenyegeti a világot.

Olivia Dunham elvállalja a különleges megbízatást, így a zseniális tudós, Walter Bishop kimenője az elmegyógyintézetből határozatlan időre meghosszabbodik. Fiára, Peter Bishop rendkívüli intelligenciájára is igényt tart az ügynökség, aki képes apja kutatásait értelmezni és kontrollálni. Erre szükség is van, amikor egy négyórás újszülött nyolcvan évesnek megfelelő holttestéhez hívják a csapatot az egyik kórházba.

Terrortámadás ér egy buszt a város legforgalmasabb pontján. Több mint húsz áldozat van, mindegyik mozdulatlanná dermedve, mintha jégbe fagytak volna. Az esettel különös módon összefügg egy fiatal férfi látnoki képessége, aki néhány hónapja képes előre látni a katasztrófákat. A professzor úgy véli, a szellemhálózat működőképes, és egy csoport nem a szokványos csatornákon, hanem mentálisan kommunikál egymással. Nincs más lehetőség, az újdonsült látnok fejébe bele kell nézni.

Egy rejtélyes henger kerül felszínre a Föld alól New York Cityben, úgyhogy Broyles megbízza Olíviát, Dr. Bishop-ot és Petert, hogy vizsgálja a tárgy jelentőségét. Mindazonáltal mások is próbálnak a tárgy közelébe férkőzni. Köztük egy férfi, akit Observerként ismernek. Bishop elrejti a hengert a csapat elől. Olivia pedig váratlan találkozásban részesül, hiszen egy nemrég elvesztett ismerős bukkan fel a lakásában.

Egy toronyház liftje a 26. emeletről lezuhan, annak ellenére, hogy a csúcstechnológiájú személyszállítónak minden olyan biztonsági berendezése működött, aminek meg kellett volna akadályoznia a balesetet. Walter Bishop is megvizsgálja a helyszínt, miközben Olivia és Peter kiderítik, hogy egy személy sértetlenül távozott a liftből. A férfi egy tehetséggondozóban járt, ahol a kiszolgáltatott páciensek rejtett képességeit manipulálják.

A gyógyíthatatlan betegségben szenvedő Emily Kramert két hét után, szinte teljesen meggyógyulva kidobják egy járműből. Az összezavarodott lány a Holly' étterembe tér be, ahol a rendőri beavatkozást követően, Emily reakciójának hatására az összes vendég pokoli kínokat él át, végül pedig mind elvéreznek. Az esetet követően egy másik, ugyanabban a betegségben szenvedő nő tűnik el.

Mitchell Loeb, a taktikai csapat vezetője egy sikertelen akció után két órával később a kórházban köt ki szívroham gyanújával. Broyles, Olivia főnöke arra kéri Walter Bishopot, hogy mindent tegyen meg haldokló barátjáért, akinek a szívét egy ismeretlen eredetű parazita öleli körbe. A nyomok a frankfurti börtön egyik cellájába vezetnek, a ZFT-csoport vezetőjéhez, a tudományos kísérleteket végző Dr. Jones-hoz.

A Massive Dynamic egyik vezetője váratlanul öngyilkos lesz. A nyomozás során kiderül, hogy erős hallucinogén anyaggal mérgezték meg. Olivia agyában újra feltűnik John, aki nyomra vezeti, ám az ügy megértéséhez kénytelen visszamenni a tartályba, hogy előhívja magából John még megmaradó emlékeit. El is jutnak egy gyanúsítotthoz, aki vádalku ellenében hajlandó mindent elmondani a Massive Dynamicról, de mielőtt beszélhetne, megölik.

Bankrablások sorozata történik, amik valamilyen módon kapcsolódnak egymáshoz. Rejtélyes módon minden pénzintézetből csak egyetlen széfet visznek el. Peter rájön, hogy a Fibonacci-számsor a megoldás, amit apja mormol minden éjjel. Hamarosan ki is derül, hogy az ellopott széfekben Walter időgépének gondosan elrejtett részei voltakA börtönben raboskodó Jones a szerkezet segítségével kijut a börtönből, és elraboltatja Oliviát.

Olivia megszökik a fogságból, de nem nyomozhat a saját ügyében, mert az általa korábban nemi erőszakkal vádolt Harris, a belső ügyosztály vezetője letiltja az ügyről. Közben két tudóst is megölnek az influenza vírus óriási mutációjával. A nyomozások során Olivia rájön, hogy valaki kettős ügynök a cégnél, és egy véletlen folytán fel is ismeri az elrablói közül közvetlen munkatársát, Loeböt, aki feleségére bízza Olivia likvidálását.

Valaki egy számítógépes program segítségével öl embereket. Az esetre még Walter sem tud igazán magyarázatot, csak annyit, hogy valamiféle hipnózis hatására, akik ezt a programot, illetve képek sorozatát megnézik, meghalnak. Olivia a nyomozás során megtalálja a kapcsolatot az áldozatok között.

Lezuhan egy utasokkal teli repülőgép. Az áldozatok között felismerhetetlen, állatszerű tetemet találnak. Mint kiderül, vírus fertőzte meg a férfit, ami fokozott izgalom hatására szörnyeteggé változtatta, hogy elpusztítson maga körül mindent. Olivia emlékéből az ügy kapcsán újabb képek villannak elő. John által ismerősnek találja a férfit, akit megmérgeztek. Így hamar ráakad annak üzlettársára is, akit egy alku folytán rávesz, hogy működjön együtt.

Miután David Jones megszökött a börtönből Walter rejtélyes gépének segítségével, rögtön halálesetekkel hívja fel magára a figyelmet Bostonban. Mígnem egy nap besétál az FBI-hoz és feladja magát. De csak Oliviával hajlandó beszélni, akit egy furcsa feladattal bíz meg: egy teszt elvégzésével, melynek segítségével később a nő hatástalanítani tudna egy bombát.

Egy bontás során egy rejtett alagútban találnak egy 10 év körüli gyermeket. Az orvosi vizsgálatok szerint a fiú talán egész életét a föld alatt élte le, ezért a külső elváltozások mellett, belső képességekkel is rendelkezik. Olivia épp egy sorozatgyilkos után nyomoz, és a kisfiú ebben úgy segít neki, hogy megérzi a gyilkos jelenlétét, és miután nem beszél, leírja Oliviának a helyszínt, ahol a gyilkos megfordult, vagy megfordul majd. A gyermek után azonban a CIA is érdeklődik, és ki szeretnék őt módszeresen vizsgálni, aminek Olivia nem örül. Mégis alkut köt velük, amíg kézre nem kerítik a gyilkost, addig a gyerek náluk marad.

Fiatal állatvédő aktivisták betörnek egy laboratóriumba, ahol állatkísérleteket végeznek, hogy kiszabadítsák az ott fogva tartott állatokat, ám a zárt ajtó mögött valami mást is találnak. Egy hibrid fajt, amit a tudósok kísérleteztek ki. A szörny rögtön pusztításba kezd, Charlie-t is megsebzi, olyannyira, hogy utódokat fecskendez belé. Oliviáék a különös lény nyomába erednek, mert szükség van a vérére, nem csak azért, hogy elpusztítsák, hanem ahhoz is, hogy megmentsék Charlie-t.

Olivia különös gyilkosságokat lát, melyeknek ő a főszereplője. Ártatlan embereket öl álmában, akik a valóságban is meghalnak. Noha az ügy nem lehetne a hatásköre, miután maga is érintett benne, Broyles engedélyt ad neki a nyomozásban. A felvételek során Oliviának feltűnik egy fiatalember, Nick Lane, aki rendre megjelenik a gyilkosságok helyszínén, és meggyőződése, hogy az a férfi lesz a kulcs a megoldáshoz. Meg is találja őt, és kiderül, hogy gyermekként ő is kapott az ún. Cortexiphan nevű szerből, ami a megérzésekre és az érzések fejlesztésére hat.

Újabb sorozatgyilkos garázdálkodik Bostonban. A nő, kíméletlen módon végez áldozataival. Gyakorlatilag szétmarcangolja őket, és kiszívja gerincvelejüket. A nyomozás során Olivia eljut Dr Boone-hoz, aki elmondja, hogy kísérleteket végzett a ZFT számára, és ennek egyik "végterméke" a most felbukkant gyilkos, aki, mint kiderül a saját felesége. A nőt egy szerrel oltották be, melynek hatására létfontosságúvá lép nála elő a gerincfolyadék- mint táplálék megszerzése. Boone már megkezdte az ellenszer kidolgozását, de eddig sikertelenül. Ennek tudatában Boone kipakol az FBI-nak, elmond mindent, amit a ZFT-ről és annak vezetőiről tud. Állítása szerint az egész szervezet motorja az a William Bell, aki a Massive Dynamics alapítója is, és aki eddig feddhetetlennek számított.

Egy bostoni nő az utca közepén minden ok nélkül felgyullad, majd felrobban. Walter a spontán öngyulladással magyarázza az esetet. Minden jel arra mutat, hogy Bell régebbi gyógyszerkísérleteivel függ össze az eset, amelyekben Olivia is részt vett. A hatóságok vizsgálatot indítanak Bell és a Massive Dynamic ellen, Nina Sharp azonban felhívja a figyelmüket a Figyelők gyakoribb feltűnésére, amiért az életével fizet. Walterhez is beállít egy ilyen Figyelő, és magával hívja.

A Nina Sharp elleni merénylet végül is nem sikerül. A nő túléli a támadást, de állítása szerint Jones ellopott tőle egy nagyon fontos tárgyat. Egy olyan energiacellát, aminek a segítségével a párhuzamos világokban utazhat. Olivia és a csapat is talál egy energiacellát, aminek a segítségével meggátolja, hogy Jones átjusson, és ott William Bell után vadásszon. Walter ismételten eltűnik, ám ezúttal üzenetet is hagy fiának, aki mint kiderül, talán nem is a fia.