כשטיסה מסחרית נוחתת בשדה התעופה בלי אף נוסע או חבר צוות חי, סוכנת האף-בי-איי אוליביה דנהם יוצאת לחקור. וכששותפה סובל מכוויות כימיות חמורות, אוליביה מבקשת עזרה מפרופסור מנוסה בתחום.

הצוות חוקר את מותה של אישה שנכנסה להריון וילדה תוך מספר שעות, בזמן שהתינוק הנולד התפתח באופן מלא והגיע לגיל 80 תוך דקות ספורות. אוליביה מבקשת מנינה שארפ את עזרת "מאסיב דיינמיקס".

רוי מק'קומב, איש שטוען שרואה חזיונות מאלוהים, חוזה נוסעים באוטובוס שנתקפים ע"י גז שהופך את האוויר למוצק וחונק אותם. עכשיו הצוות צריך להיעזר בחזיונותיו של רוי כדי למצוא את האחראי.

הצוות חוקר צילינדר מוזר שנמצא בפיצוץ קטלני באתר בנייה בניו יורק. הצילינדר היה במרכז הפיצוץ אבל לא נגרם לו כל נזק. אוליביה חושפת את הקשר בין כמה אירועים שונים ומטרידים.

התרסקות מעלית ההורגת מספר אנשים מובילה את אוליביה והבישופים למקרה של אדם בעל יכולת להטעין מכשירים חשמליים ואותו אדם אחראי לכמה תאונות קטלניות נוספות שבהם מעורבים מכשירים חשמליים.

הצוות חוקר את הופעתה של אישה שחזרה לאחר שבועות שבהם הייתה נעדרת. בינתיים, וולטר נהפך אובססיבי לגבי צמר גפן, פיטר עושה עסקה עם נינה שארפ והאמת לגבי אוליביה נחשפת.

טפיל שהונדס גנטית נצמד באופן מיסתורי לליבו של סוכן אף-בי-איי. הסוכנת דאנהם ממהרת לגרמניה כדי לפגוש אסיר בעל מידע על האיום שאיתו הם מתמודדים.

שותפו לחדר לשעבר של וולטר במוסד לחולי נפש מעורב בחטיפה של ילד פלא מוזיקלי בידי חוטפת סדרתית. פיטר מודאג כאשר וולטר מחליט לחזור למוסד לחולי נפש כדי לפתור את המקרה.

עובד ב-"מאסיב דיינמיקס" קופץ מחלון תוך כדי שהוא הוזה שנחיל פרפרים תוקף אותו. בינתיים, לאוליביה נמאס מהחזיונות שלה על ג'ון סקוט ומחליטה לחזור אל תוך המיכל ולהיפטר מהם לתמיד.

הצוות נקרא לחקור שוד בנק כאשר אחד השודדים נמצא תקוע בקיר מוצק. וולטר מאמין שהמקרה כזה הוא אחד מהדברים שהוא חוקר, אבל העניינים משתבשים כאשר השודדים חוטפים אחד מהם.

אוליביה נחטפת וברוילס ממנה את מיטשל לוב, אחד החוטפים, על החקירה.

מוחם של שני אנשים שונים עומס, והקשר היחידי שנמצא הוא ששניהם הורידו קובץ גדול לפני מותם.

לאחר שמטוס ובתוכו מפלצת שהייתה אדם מתרסק , אוליביה ופיטר יוצאים לחפש אחר אדם שמתכנן נשקים ביולוגיים ומפיצם בשוק השחור. אוליביה פוגשת את ג'ון בזיכרונותיה ומגלה שהוא לא היה בוגד.

השלטון הגרמני חוקר את אוליביה בניסיון לאתר את מר ג'ונס. בינתיים, הצוות חוקר סדרה של אירועים מוזרים שבהם פתחי הפנים של הקורבנות נסגרים, ומשאירים אותם כגופות חסרי פנים.

אוליביה יוצרת קשר עם ילד מסתורי שחי לבדו במחתרת. בינתיים, רוצח סדרתי מופיע מחדש.

קבוצה של פעילים למען זכויות בעלי חיים נהרגת כשהיא מנסה לברוח מחיית מעבדה שלא קיימת בטבע.

כשקורבן עם חבלות בעורף מתגלה לאחר שכל נוזל עמוד השדרה נוקז, מחלקת פרינג' נקראת לחקור ומגלה כי הפציעות נגרמו על ידי שיניי אדם; כעת הצוות במירוץ נגד הזמן לאתר רוצח עם התמכרות מסוכנת.

כשאישה עולה בלהבות ומתפוצצת, אוליביה ופיטר מתחילים לבחון את המקרה. אוליביה מתחילה לראות דברים שוולטר מבין כיקום חלופי. החקירה מובילה חזרה לניסוי בו אוליביה השתתפה בילדותה.

פרק סיום העונה. מר ג'ונס יוצא ממקום מחבואו לאחר תקיפתה של נינה שארפ. וולטר עוזב מלווה על ידי הצופה המסתורי.