Nel primo episodio, l’Agente speciale Olivia Dunham indaga su un volo internazionale fatale, e chiede aiuto al Dott. Walter Bishop e a suo figlio.

L’improbabile trio collabora per indagare sul legame tra una gravidanza stranamente accelerata e un neonato “vecchio”.

Dopo un orribile incidente d’autobus, Olivia, Peter e Bishop scoprono un uomo che riesce ad avere visioni relative al Pattern di certi accadimenti prima che questi si verifichino.

Dopo un’esplosione mortale a New York, il nostro improbabile trio indaga su uno strano cilindro trovato sulla scena, che è rimasto immune alla devastazione circostante.

Quando si scopre un uomo semplice che ha la capacità di controllare l’elettricità, si verificano eventi pericolosi e il nostro improbabile trio indaga su questa stranezza super-carica.

Quando una donna con una rara malattia provoca dolori terribili e la morte delle persone che incontra, le circostanze indicano sperimentazioni farmacologiche illecite… o cause peggiori.

Quando uno strano parassita si attacca agli organi interni di un agente, Dunham si precipita in Germania per incontrare un prigioniero che rivela dettagli su una minaccia molto più grande.

Quando un prodigio della musica viene sequestrato, la sequenza di luci lampeggianti comparsa sul luogo del rapimento ricorda a Walter il suo compagno di stanza all’ospedale St. Claire.

Durante l’indagine su un incidente sconcertante a Massive Dynamic, Olivia cerca di liberare la sua mente dalle visioni dell’Agente Scott e il passato di Peter lo persegue.

Durante l’indagine su una serie di rapine in banca che sfuggono alle leggi della fisica, Walter si rende conto che i ladri ad alta tecnologia vogliono qualcosa che gli appartiene.

Dopo che l’intraprendente Agente dell’FBI Loeb ha orchestrato la fuga del Sig. Jones da una prigione tedesca e il rapimento di Olivia, si presentano i segni di una minaccia più grande.

Uno scienziato informatico, trasformatosi in serial killer, ha scoperto una maniera non tradizionale di uccidere le persone liquefacendo il loro cervello.

Quando un altro misterioso virus compare su un volo internazionale e lascia residui mostruosi, Peter e Olivia sono costretti a svolgere indagini sotto copertura sulla più recente minaccia.

Gli agenti tedeschi rivolgono domande ad Olivia quando ritorna il Sig. Jones, e viene rilasciata una tossina letale che causa la chiusura degli orifizi e la morte delle vittime senza volto.

La Divisione Fringe dell’FBI indaga su un ragazzo muto e misterioso che instaura un rapporto con l’Agente Olivia Dunham. Nel frattempo, ricompare un sinistro serial killer.

Il Pattern assume un aspetto elettrizzante quando l’Agente Dunham non può smettere di sognare eventi violenti, che si verificano contemporaneamente nel mondo reale.

Quando si accumulano vari corpi mutilati cui sono stati aspirati i fluidi spinali, la Divisione Fringe indaga su uno scienziato possibilmente collegato al gruppo terrorista ZFT.

Durante un’indagine sull’inquietante caso di una donna che sembra prendere fuoco spontaneamente, Olivia è tormentata da alcune visioni elaborate che le fanno vedere cose che non esistono.

La Divisione Fringe viene attaccata, il Sig. Jones ritorna, Walter scompare e viene finalmente introdotto lo sfuggente William Bell di Massive Dynamics.