ある男が自分の上司がモンスターに見え、殴り殺すという不可解な事件が起こり、フリンジ・チームはシアトルの現場へ向かう。 謎の現象が次々と起こるなか、休む間もなく事件と“夢”との関係を調査するオリビアたち。 ブロイルズは、さらなる手がかりを求め、マッシブ・ダイナミック社の重役ニーナ・シャープに面会する。 そして、事件は思わぬ展開を見せるのだった。

ニューヨーク州の小さな町エダイナで、警官が顔の変形した人間に襲われるという奇妙な事件が起こった。フリンジ・チームは、この不可解な事件の手がかりを得るべく現場へ向かう。 やがて顔が変形するという秘密をずっと守り続けてきた人たちの存在が明らかになり、彼らは、その秘密を守るためなら手段を選ばなかった。 そして、捜査は意外な展開を見せる。

オリビアのもとを訪れたビショップ博士は、過去を回想し、息子ピーターと“もう１つの世界”の、ある秘密を打ち明ける。 すべては、1985年の出来事が過去を知る重要な鍵を握っていた。 ピーターの母親も登場し、ビショップ博士が禁断の領域へ足を踏み入れた経緯が語られていく。 “もう１つの世界”は、ただ同じように存在する以上の意味を持っていた。

10代のカップルが廃倉庫で殺害され、彼らの口の中には“シェイプシフター”との関わりを示す３つの点が残されていた。 フリンジ・チームは、残された手がかりを調査するとともに、事件の裏で糸を引く人物トーマス・ジェローム・ニュートンの本当の目的を突き止めようとしていた。 そして、真相を求めてマッシブ・ダイナミック社へ向かうオリビアとピーターだったが…。

２人の男が、ある民家の地下からの箱を掘り出す。興味本位で中を開けた途端に２人は失神しやがて死亡する。男たちに縛られていた民家の住人４人も、箱の影響で死亡。２人の男の共犯者ジョーは箱の影響を受けず、２人が掘り出した箱を民家から持ち去った。連絡を受けボリビアたちは６人の死体の見つかった民家へ向かう。

もう１つの世界。ジョシュアとウィルナーは、隔離で閉じ込められていたジョシュアの双子の兄弟マシューを取り出す。しかしマシューを取り出したことで、隔離に使われるガスが漏れて警報が鳴る。ジョシュアはウィルナーを見捨てて、マシューを背負って立ち去り、ウィルナーは閉じ込められる。警報を受けフリンジ・チームが現場へ駆けつけ、４年前の隔離の時にはいなかった男が、新たに閉じ込められていることを知る。

装置の研究が行われている格納庫にオリビアたちが向かう。装置は動力源が分からず動かないままだったが、ピーターが近づくと突如動き出し、ピーターは鼻血を出す。

金属倉庫からオスミウムが盗まれる。窃盗犯は2人で、1人は警備員に撃たれて死亡。もう1人は逃走した。撃たれた男は宙に浮いたまま死んでいた。男の足の筋肉が退化していたため、長期間無重力状態にいたことが原因と思われた。しかし腕や胸の筋肉は正常だった。男の遺留品にキーカードがあり、製造業者に確認したところ、オールストンにある倉庫のカギと判明、オリビアとピーターは倉庫へ向かう。

向こうの世界。ウォルターネイトは、ボリビアの息子ヘンリーの血液サンプルから、ピーターの遺伝情報を取り出し、破壊装置を作動させ、もう1つの世界の破壊に乗り出す。