2つの世界が衝突し、どちらかが消滅してしまう危機が迫っていた。 その悲劇を食い止めるため、ビショップ博士とオリビアは“もう１つの世界”へ行こうとする。 彼らは、マッシブ・ダイナミック社のニーナ・シャープに協力を要請し、特殊なパワーを使って“もう１つの世界”へ行く方法を模索する。 そして、ついにウィリアム・ベルと直接、対決する時がきた。

“もうひとつの世界”で離ればなれになったオリビアとビショップ博士は、ある病院で間一髪の再会を果たす。 ビショップ博士とウィリアム・ベルに、ある場所で落ち合う約束をし、ピーターの行方を捜すオリビア。 二人は無事、出会えるのだろうか？ そして、２つの世界が消滅するのを食い止めようとして、犠牲になった人物とは？ はたして世界はもう二度と元には戻らないのか？

もう１つの世界の医療施設に閉じ込められたオリビアは、国防長官ウォルターネイトの指示の下、ある「治療」を受けていた。その治療とは、もう１つの世界のオリビアであるボリビアの記憶をオリビアに転送し、自分はボリビアだと思い込ませるというものだった。

もうひとつの世界でオリビアは仕事に復帰する。ウォルターネイトはオリビアの様子を見て、思い込ませ作戦がうまくいっていることに満足するが、ブロイルズ大佐は偽物をチームに入れることの危険性を訴える。ウォルターネイトは思い込ませ作戦の目的は、オリビアから世界を行き来する方法を聞き出すことによって自分たちの世界を守ることだと伝える。

もう１つの世界。ジョシュアとウィルナーは、隔離で閉じ込められていたジョシュアの双子の兄弟マシューを取り出す。しかしマシューを取り出したことで、隔離に使われるガスが漏れて警報が鳴る。ジョシュアはウィルナーを見捨てて、マシューを背負って立ち去り、ウィルナーは閉じ込められる。警報を受けフリンジ・チームが現場へ駆けつけ、４年前の隔離の時にはいなかった男が、新たに閉じ込められていることを知る。

もうひとつの世界。少年マックスが自宅の寝室からさらわれる。寝室から見つかった指紋にスクロースが付着していたことから、キャンディマンの仕業と思われた。キャンディマンは２年おきに子供をさらっている誘拐犯で、子供を誘拐したあと２日後に解放。戻って来た子供たちは全員、健康状態が悪化していた。ブロイルズ大佐の息子クリストファーもキャンディマンの被害者だった。

向こう側の世界。空港ビルのトイレで、乗客の一人が虫に体を食い荒らされた姿で発見される。早速捜査を始めるフリンジ・チーム。チームはリンカーンが率いることとなっていた。捜査を進めていくうちに、１人の男が容疑者として浮上する。

向こう側の世界。ボリビアは産婦人科での検査で、ウイルス増殖子癇の保因者であることが分かる。ウイルス増殖子癇は出産で死ぬ可能性があるため、堕胎を考えるボリビアだったが、帰宅したところ2人組の男にさらわれてしまう。