Monk est à la maison et se plaint à Natalie du morceau de piano que joue inlassablement sa voisine. Il traverse une mauvaise période, n’arrive pas à dormir et, pire encore, ne peut plus compter sur la sagesse du Docteur Kroger, récemment décédé. Désespéré, Monk se rend à la police pour qu’on lui remette le dossier d’une enquête, n’importe laquelle, pourvu que cette pénible musique ne lui trotte plus dans la tête.

Linda Kloster – la femme de Patrick Kloster, célèbre joueur d’échecs – se présente à la porte de Monk pour lui demander de l’aide. Elle sait que son génie de mari s’apprête à commettre le meurtre parfait, et qu’elle en sera la victime. Résignée car persuadée qu’elle va mourir, Linda demande à Monk de lui promettre que son mari ne restera pas impuni. Patrick Kloster se trouve pour l’instant au Canada où il participe à un tournoi important, et donc aucune menace immédiate ne semble peser sur la vie de Linda. Elle rentre chez elle et demande à sa domestique de lui apporter une tasse de thé, mais lorsque celle-ci revient, Linda Kloster est étendue sur son lit, morte !

Après une journée harassante passée à annoncer les numéros gagnants au loto, Marissa Kessler, présentatrice télé, quitte le studio lorsque surgit brusquement un homme qui la prend en chasse. L’ombre de l’assaillant la poursuit à travers le parking sombre. Elle essaie de s’enfuir mais en vain, l’agresseur la rattrape et la tue.

Monk apprend qu’il doit passer un test de forme physique s’il souhaite continuer à travailler comme consultant pour la police de San Francisco. Monk et Natalie se rendent alors sur une piste d’entraînement où il s’avère que Monk n’est pas au meilleur de sa forme. Mais leur séance d’entraînement est interrompue par un appel, une explosion a eu lieu dans un club de boxe local et Stottlemeyer a besoin de l’aide de Monk.

Monk est chez Natalie lorsqu’on frappe à la porte. Il s’agit du Lieutenant Steven Albright de la Marine américaine. Albright est un vieil ami de Mitch Teeger et a besoin de l’aide de Monk. L’un des amis d’Albright, Jason Pierce, vient de se suicider mais Albright penche plutôt pour la thèse du crime et demande à Monk de mener l’enquête. Monk accepte mais lorsqu’il arrive sur la scène du présumé crime, il constate avec stupeur qu’il s’agit d’un sous-marin. Ce n’est qu’à contrec'ur qu’il monte à bord pour mener l’enquête.

Après avoir sauté dans un taxi, le lieutenant Disher constate avec stupeur que le chauffeur a été poignardé avec une vieille épingle à chapeau. Le jour suivant, Monk est appelé à mener l’enquête. Stottlemeyer lui dresse un récapitulatif des indices trouvés dans le taxi. Entre autres l’épingle à chapeau, qui semblerait indiquer que l’assassin est une femme. La police a également trouvé un morceau de papier déchiré, avec un dessin dessus, ainsi qu’un bracelet à breloques probablement porté par le tueur. Monk et son équipe dressent le profil du suspect.

Un magazine télévisé d’actualité appelé « In Focus » diffuse un portrait de Monk. Ce dernier est invité chez le présentateur de l’émission, James Novak, pour fêter l’événement. Natalie, Stottlemeyer et Disher sont tous là pour célébrer les débuts de Monk à la télévision. « In Focus » suit Monk pas à pas en train de mener sa centième enquête. L’émission est entrecoupée d’interviews des amis de Monk, de sa famille ainsi que de quelques criminels dont il a permis l’arrestation au fil des dernières années.

Monk consulte un hypnotiseur qui le replonge en enfance. Retrouvera-t-il assez rapidement ses esprits pour mener l’enquête sur une célèbre actrice récemment kidnappée ?

C’est Noël et trois sans-abri frappent à la porte de Monk, mais contrairement aux apparences ils ne veulent pas l’aumône. Leur ami Willie a été retrouvé mort et la police a conclu à un accident. Eux pensent cependant qu’il y a eu meurtre et souhaitent que Monk enquête sur ce dossier. Lui est plutôt réticent mais Natalie parvient finalement, en évoquant la situation difficile des sans-abri, à le convaincre de leur venir en aide en cette période de fêtes.

C’est le matin, Monk est seul dans son appartement et prend son petit-déjeuner en regardant les informations. Passe alors un reportage sur un détenu qui s’est échappé d’un établissement correctionnel la nuit précédente en tuant une femme. Monk entend alors un bruit, quelqu’un s’est introduit dans son appartement ! Il affronte l’intrus qui s’avère finalement être le fugitif dont il vient d’être question à la télévision. Monk veut appeler la police mais le fugitif le supplie de n’en rien faire, en arguant être son demi-frère, Jack Monk Jr. Monk se déclare prêt à ne pas alerter les autorités avant d’avoir écouté son histoire.

Monk et Natalie sont en ville lorsqu’un homme vole un vélo devant un immeuble de bureaux voisin. En s’enfuyant, il roule sur un nid-de-poule et chute. Natalie, ne sachant pas qu’il s’agit d’un voleur, aide l’escroc à se remettre sur pieds. Quelques secondes après, le propriétaire légitime du vélo, Dean Berry, se précipite hors de l’immeuble mais il est trop tard. Le voleur est déjà loin.

Nous sommes dans le célèbre Guinness World Record Museum, en pleine nuit. Un agent de sécurité fait sa ronde et parcourt les différentes salles du musée remplies de pièces d’exposition diverses et variées. Il entend un grincement et pointe sa lampe de poche sur un intrus en train de pousser un chariot. Avant que le gardien ne puisse se saisir de son talkie-walkie, l’intrus se jette sur lui et le pousse violemment – il chute et s’empale sur un espadon géant exposé juste à côté.

Roderick Brody, un homme qui n’a eu cesse de martyriser Monk alors qu’ils étaient enfants, engage le détective pour qu’il suive sa femme qu’il soupçonne d’infidélité. Monk accepte volontiers en espérant que Marilyn le trompe effectivement. Ce qui lui donnerait le plaisir d’annoncer la mauvaise nouvelle à celui qui l’a tourmenté pendant toute son enfance.

Kevin Dorfman, le voisin de Monk, travaille comme comptable pour un magicien nommé Great Torini. Kevin relève des incohérences dans les livres comptables et se rend au théâtre où Torini répète en compagnie de son assistante, Tanya. Kevin lui explique que depuis des années les compagnies aériennes le surfacturent lors de ses tournées - son équipement semble effectivement toujours peser plus au retour qu’à l’aller. Torini enjoint Kevin d’oublier cette histoire et lui demande de le remplacer dans le prochain spectacle, date à laquelle Torini devra s’absenter de la ville. Kevin, magicien amateur, se réjouit à la perspective de donner une représentation et acquiesce sans plus tarder.

C’est le jour de démolition pour un parking souterrain dans le centre-ville de San Francisco. La ville a prévu de construire une nouvelle aire de jeux sur le site, et tout le monde s’en réjouit, sauf Adrian Monk. En signe de protestation, il s’enchaîne à l’un des piliers du garage. Eileen Hill, une conseillère de la ville responsable de la démolition, s’approche de Monk qui lui explique que ce garage est sacré pour lui car sa femme y a été assassinée. Eileen accepte d’interrompre la démolition et d’organiser un nouveau vote, ce dont Monk se réjouit.