Nikita continue de montrer des preuves d'une "reprogrammation", notamment à travers l'ordre d'éliminer un agent capturé de la Section, la mise en danger d'enfants pendant une mission et la torture d'un prisonnier. Michael est décidé à retourner la reprogrammation de Nikita et il se rend bientôt compte que l'ancien agent de la Section qui a inventé le processus, Ross Gelman, pourrait être la clé. Pendant ce temps, Operations est extrêmement fier de cette "nouvelle" Nikita mais Madeline s'inquiète toujours.

Après que Michael a échappé au premier essai d'élimination d'Operations, celui-ci suspend toutes les missions et envoie une équipe pour le tuer. Michael parvient à nouveau à éviter une mort certaine, mais cette fois-ci, il revient pour infiltrer la Section Une. Décidé à trouver les fichiers qui renferment la formule pour déprogrammer Nikita, Michael est étonné de découvrir que la première cible de la Section était Adrian, sa fondatrice.

Michael découvre que la tête d'Adrian n'est pas vide, comme il le pensait. Ensemble, ils essaient de sauver George des tentatives de meurtre d'Operations et Madeline. Pendant ce temps, Michael kidnappe Nikita pour la raisonner...

Michael kidnappe Nikita avec l'aide de Birkoff et Walter, et parvient à retourner le processus de Gelman. Ensemble, ils se montrent plus intelligents que Madeline et Operations, ce qui leur permet de revenir à la Section.

La nouvelle cible de la Section est le fils d'un puissant industriel, Helmut Volker, qui fournit de la drogue à ses soirées et des armes à la "Cellule Rouge". Le seul problème, c'est que Operations et Madeline ont compris que Michael avait "déprogrammé" Nikita, alors Operations utilise cette mission pour les séparer à nouveau. Helmit Volker doit se marrier s'il veut hériter de l'affaire de son père, alors Operations ordonne à Nikita d'accepter quand il lui proposera de l'épouser.

Nikita continue sa mission, à savoir épouser Helmut Bolker, un homme aux multiples relations avec la "Cellule Rouge", mais elle découvre qu'elle n'est pas la seule à avoir des secrets. Son nouveau mari aussi en cache un de taille.

Operations demande à Michael et Nikita de lui rendre un service : ils doivent protéger un vétérinaire vietnamien du nom de Willie Cain des malfrats qui sont après lui parce qu'une affaire a mal tourné. Operations croit qu'il n'aurait pas survécu à la capture et la torture sans l'aide de Willie, quand il était au Vietnam. Ce que Nikita et Michael ne savent pas, c'est qu'ils s'embarquent dans une mission qui va les mettre en rapport avec les bourreaux vietnamiens d'Operations, Fan Van Lin, Carlo Bonaventure le chef d'une famille mafieuse.

L'incroyable arrive. Nikita est appelée par Operations et Madeline, qui lui annoncent une grande nouvelle : elle est libre, si elle ne contacte plus jamais personne de la Section Une, et si elle accepte d'être évaluée régulièrement. Au début, elle est sceptique, mais au bout de six semaines de liberté, elle commence à croire que tout ceci pourrait être vrai.

Une autre incursion se déroule à la Section une, cette fois sous la forme d'un virus qui rend les membres malades, les uns après les autres. George prend les choses en main et ordonne à sa propre Equipe Bio de les soigner. Mais à la sortie de leur examens médicaux, ceux-ci ressortent comme des légumes. Il semblerait que George lobotomise les membres de la Section.

En cherchant un clone de commande perdu (un appareil informatique qui permet à l'utilisateur de commander une Section sans aide extérieure) qui a apparemment été capturé par la "Cellule Rouge" puis volé par un autre groupe terroriste, George et Oversight ordonne à la Section de travailler avec un agent de la Section Quatre pour le récupérer. Qu'est-ce que la Section Quatre ? Visiblement, c'est celle qui est composée d'agents dotés de capacités extrasensorielles.

Operations donne à Michael et Nikita une mission presque impossible. Ils doivent trouver cinq nouvelles recrues et les entraîner pour être opérationnels en très peu de temps, afin de combattre un groupe terroriste, Crystal Sky. Nikita pense qu'ils n'y arriveront pas.

La Section Une mène enfin une vraie attaque contre la "Cellule Rouge". Leur but est de capturer le Chef de la stratégie, au nom de code Leon. Une fois prisonnier, Leon se lance dans un jeu dangereux de chat et souris mental avec Madeline. Celle-ci commence-t-elle à développer un attachement émotionnel avec lui, ce qui interfèrerait dans ses objectifs ?

Michael garde la trace d'Elena et Adam, et il commence à s'inquiéter quand un homme fait irruption dans leur vie. Il s'avère que celui-ci est un agent de la Section Une, Robert Corliss, qu'Operations a envoyé voir l'oncle d'Elena, Stefan Vacek. Ce dernier semble avoir repris les vieilles affaires terroristes du père d'Elena.

Birkoff a peut-être trouvé l'un des plus gros coups de la Section Une : une chance de choper un des principaux agents de la "Cellule Rouge", le Cardinal, qui a échappé à la section pendant plus de 15 ans. Malheureusement, son bras droit, Greg Hillinger, est convaincu qu'il se trompe, et il convainc George qu'Operations et la Section Une foncent droit dans un piège.

Birkoff crée un programme d'Intelligence Artificielle pour le remplacer pendant qu'il est absent. En fait, il veut prendre des vacances, quand une situation critique survient, et Operations annule ses congés. Le programme d'Intelligence Artificielle, qui est un peu trop attaché au vieux Seymour, ne prend pas la nouvelle de gaieté de coeur, et commence à prendre les choses en main. Sa solution au problème de Birkoff est de tuer tout le monde à la Section Une, sauf Nikita, pour qu'il puisse s'échapper avec elle.

Un satellite important du Centre appelé Comstat Alpha s'écrase près d'une petite ville du Kentucky, Dingman's Hollow. Michael et Nikita sont envoyés en mission pour le récupérer. Il s'agit là de la première mission ordonnée par le remplaçant de Birkoff, Corman. Quand Michael et Nikita arrivent sur place, ils découvrent que le satellite a disparu, et que des choses bizarres surviennent, dans la ville.

Après que la Sous-Station trois s'est auto-détruite, la Section Une enquête pour trouver une trace de la "Cellule Rouge". Ce qu'ils découvrent aussi, c'est que la "Cellule Rouge" a reçu des coups similaires. Operations décide de s'allier avec eux pour que chacun envoie d'excellents agents. Operations envoie Madeline.

Sur une mission, Nikita est touchée par balle, grièvement blessée. Michael va à l'endroit où elle est tombée du toit du bâtiment, mais elle n'est pas là. Un homme du nom de Henry retire la balle de son corps, déclarant qu'il est docteur. Il ne veut pas la laisser partir parce qu'il pense qu'elle voudrait rester avec lui après qu'il l'a soignée. Elle tente de s'échapper, mais il la capture à nouveau avec l'aide de sa mère. Michael décide de la retrouver.

Nikita reçoit une dose de drogue. Cela l'amène à penser et voir des choses qui n'ont pas lieu. Par exemple, quand elle mange dans un restaurant, elle voit un homme s'approcher d'un autre homme avec un couteau, alors que ça ne se produit pas. Elle voit du sang sur ses mains, et quelques secondes plus tard, il n'y en a plus. Nikita a reçu cette injection pour l'aider à entrer dans un institut psychiâtrique, où se trouve le fils de Crystal French, David. Elle a encore de la drogue dans son corps, alors Michael va la sortir de cette mission avant que quelque chose de mal arrive.

Quand Nikita échoue dans sa mission d'assassiner Grenet, un agent de la "Cellule Rouge", et est blessée sans que personne ne le sache, Michael va à son appartement pour qu'ils dînent ensemble. Cela tourne au désastre lorsque son eau est empoisonnée et que Nikita le livre à la "Cellule Rouge" en échange de ses fichiers. Elle s'enlève de la base de données de la section et s'enfuit pour qu'ils ne puissent pas la retrouver.

Michael s'échappe de la "Cellule Rouge" et reçoit la mission de rencontrer Nikita et de la tuer, mais elle ne vient pas au rendez-vous, et l'Equipe Alpha doit la retrouver. Michael dirige l'équipe avec Kate Quinn. Avant la mission, Michael convainc Quinn qu'elle pourrait quitter la Section. L'équipe Alpha est dispersée et Michael s'enfuit avec Nikita.

Michael et Nikita ont voyagé d'un endroit à l'autre, gardant toujours de l'avance sur la Section Une. Quand George est éliminé du tableau après avoir fourni des informations à la "Cellule Rouge" pour discréditer la section, Operation et Madeline parviennent à retrouver Michael et Nikita. Ils les ramènent à la section. Mais quand ils sont sur le point d'être éliminés, tous les systèmes de la Section s'arrêtent brutalement.