מייקל מגלה שמדלן "כיוונה מחדש" את ניקיטה כדי לחסל את רגשותיה ולגרום לה להיות תחת שליטתה, ומנסה למצוא את האדם שיצר את שטיפת המוח הזו.

בעוד אנשי המדור מנהלים אחריו מרדף, חודר מייקל למתקן המשרדים השמור וחוטף משם את האדם היחיד שיכול לעזור לו - וזו לא ניקיטה, המתקשה להשתחרר מצייתנותה למבצעים ולמדלן.

מייקל מגלה שאדריאן שונה משהוא חשב. יחד הם מנסים להציל את ג'ורג' מהנסיונות של מבצעים ומדלן להתנקש בו. בינתיים, מייקל חוטף את ניקיטה במאמץ חסר תועלת לדבר איתה בהיגיון.

מייקל חוטף את ניקיטה בעזרתו של וולטר ובירקוף ומצליח לשנות את התהליך של גלמן. יחד, הם מערימים על מדלן ומבצעים לחזור למדור.

ניקיטה ממשיכה במשימתה הקודמת ועומדת להינשא להלמוט ווקר, אדם עם כמה קשרים לתא האדום, אך היא מגלה שהיא לא היחידה עם סודות, מכיוון שגם לבעל המיועד יש סוד גדול משלו.

מבצעים מבקש טובה ממייקל וניקיטה, הוא פוקד עליהם להגן על יוצא צבא בשם וילי קין מפני בריונים ומסתבר כי יש לו עבר משותף עם מבצעים. בינתיים, בירקוף מפתח עניין פתאומי בחייו לפני המדור.

ניקיטה נקראת לפני מבצעים ומדלן ומקבלת חדשות נפלאות - היא תשוחרר ותחייה חיים רגילים, אלא שלאחר 6 שבועות בהן הייתה חופשיה מגיע גם התנאי - עליה לחזור למדור 1 כדי להרוג את מבצעים!

פלישה נוספת מתרחשת במדור 1, הפעם בצורת וירוס שהופך את חברי המדור לחולים בזה אחר זה. ג'ורג' לוקח על עצמו את הטיפול בחברי המדור, אך מבצעים חושד שלג'ורג' יש מניע נסתר.

בעת חיפושים אחר מכשיר פיקוד שהתגלגל לידיה של קבוצת טרוריסטים, מדור 1 חייבים לעבוד עם סוכן מיוחד ממדור 4 - מדור בו הסוכנים הם בעלי יכולות מיוחדות.

מבצעים מטיל על מייקל וניקיטה משימה בלתי אפשרית; עליהם להשיג חמישה מגויסים חדשים שיגיעו לרמת הכשרה מבצעית תוך זמן קצר כדי שיוכלו לצאת למשימה. אך הייתכן כי הם רק בשר תותחים?

מדור 1 פועל נגד התא האדום שלוכד את האסטרטג הראשי של התא אדום, אדם בשם ליאון, איתו מנהלת מדלן משחק מוחות מסוכן. בירקוף ממשיך לחקור את מקום הימצאו של אחיו התאום.

מייקל עוקב אחרי אלנה ואדם, והוא נעשה מודאג כאשר איש חדש נכנס לחייהם. ואכן, האיש מתברר כסוכן שנשלח על-ידי מבצעים ללכוד את הדוד של אלנה, שמנסה להשתלט על עסקי הטרור של אביה.

בירקוף נתקל בהזדמנות הגדולה ביותר של סעיף 1 עד כה, אפשרות לחטוף בכיר בתא האדום אשר חמק מהמדור במשך יותר מ-15 שנים. למרבה הצער, היריב הנצחי של בירקוף משוכנע שמדובר במלכודת.

בירקוף יוצר בינה מלאכותית - תוכנה שתשמש כתחליף שלו, כדי שיוכל לקחת הפסקה מהעבודה, אלא שמבצעים אינו מתיר זאת. העניינים יוצאים משליטה כשהתוכנה מציעה להרוג את כולם במדור 1.

לוויין מתרסק ליד עיירה קטנה בקנטקי. מייקל וניקיטה נשלחים לאתר כדי לאחזר את המידע שעליו לפני שהוא נופל לידיים הלא נכונות, אלא שהם מגלים כי הלוויין איננו בנמצא וכעת המשימה קשה הרבה יותר.

לאחר שתחנת משנה שלוש נהרסת על ידי השמדה עצמית, מדור 1 חוקר ומגלה כי התא האדום ספג מכות דומות. שתי הסוכנויות משלבות כוחות ושולחות את סוכניהם הטובים ביותר כדי לחקור.

ניקיטה נורית ונפצעת קשה. מייקל מגיע לזירת האירוע כדי לחפש אותה, אבל היא לא שם; אדם בשם הנרי שמזדהה כרופא, מוצא אותה ומטפל בה עד להחלמתה המלאה, אז היא תינשא לו בתמורה להצלת חייה.

לניקיטה מוזרקת תרופה פסיכוטית שגורמת לה לדמיין ולראות דברים. היא קיבלה את התרופה כדי לעזור לה להיכנס למוסד, שם נמצא בנו של קריסטל פרנץ'. מייקל מוציא אותה מהמשימה לפני שמשהו רע יקרה.

לאחר משימה שנגמרת בכשלון, מייקל מגיע לדירה של ניקיטה לארוחת ערב שנגמרת באסון - היא מוסרת אותו לתא האדום בתמורה לקבצים. היא מוחקת את עצמה ממאגרי המידע של המדור ובורחת.

מייקל בורח מהתא אדום ומוטלת עליו המשימה להיפגש עם ניקיטה ולהרוג אותה. צוות אלפא יוצא כדי לאתר אותה, ומייקל, שמוביל את הצוות שנשלח לאתר את ניקיטה, מגלה הזדמנות פז.

מייקל וניקיטה מצליחים לעבור ממקום למקום, תמיד צעד אחד לפני מדור 1. אך כאשר ג'ורג' יוצא מהתמונה, למבצעים יש יותר כוח בידיים והוא מצליח ללכוד את מייקל וניקיטה, שעומדים כעת בפני חיסול.