Michael (Roy Dupuis) otkriva da je Madeline (Alberta Watson) prilagodila Nikitu (Peta Wilson) kako bi je držala pod kontrolom. U strahu da i ostali operativci ne budu podvrgnuti istom tretmanu, Michael pokušava naći zagonetnog Gelmana (Colin Fox) koji je osmislio program.

Madeline (Alberta Watson) naredi Nikiti (Peta Wilson)da ubije Michaela (Roy Dupuis). Nakon što se fizički obračuna s Nikitom, Michael uz Birkoffovu (Matthew Ferguson) pomoć otima Adrianu (Siân Phillips).

Michael (Roy Dupuis) pokušava uz Adrianinu (Siân Phillips) pomoć promijeniti učinak Gelmanova (Colin Fox) tretmana na Nikiti (Peta Wilson). Operativni (Eugene Robert Glazer) i Madeline (Alberta Watson) pošalju Nikitu da ubije Michaela, no on je otme. Operativni odluči ubiti Georgea. Michael se vraća u Odjel.

Nikita (Peta Wilson) i dalje pati zbog svog stanja koje će za nekoliko dana postati trajno. Uz Birkoffovu (Matthew Ferguson) i Walterovu (Don Francks) pomoć, Michael (Roy Dupuis) otme Nikitu kako bi je reprogramirao. Nakon toga, Nikita se vraća na Odjel i laže Madeline (Alberta Watson) o svojim osjećajima prema Michaelu.

Nikita (Peta Wilson) i Michael (Roy Dupuis) glume dilere heroina kako bi se približili dileru i trgovcu oružjem koji je povezan s Crvenom Ćelijom. Kada on zaprosi Nikitu, Operativni (Eugene Robert Glazer) joj naredi da pristane.

Nikitin (Peta Wilson) novi suprug Helmut (Maxwell Caulfield) otkriva da je agent Interpola. Njegov mlađi brat, Kristoff Helmut, unajmi Crvenu Ćeliju da ga ubije, ali Odjel ga ubije…

Operativni (Eugene Robert Glazer) pošalje Nikitu (Peta Wilson) i Michaela (Roy Dupuis) da spase njegova prijatelja, vijetnamskog junaka Willija Kanea (Stephen McHattie). Kada sazna da je ubijen, Operativni okrivi mafiju i želi se osvetiti. No Kaneov ubojica zapravo je Walter (Don Francks) koji nije htio da Operativni sazna istinu o svom idolu. Birkoff (Matthew Ferguson) otkriva da ima brata blizanca.

Madeline (Alberta Watson) i Operativni (Eugene Robert Glazer) ponude Nikiti (Peta Wilson) slobodu uz uvjet da prekine sve veze s Odjelom i bivšim životom. Nikita se uplaši da će je poništiti. George (David Hemblen) kaže Nikiti da joj je Operativni ubio oca i naređuje joj da se osveti. Madeline otkriva identitet njezina pravog oca.

Zagonetni plin truje operativce u Odjelu pa George (David Hemblen) pošalje dva stručnjaka da ih izliječe i spriječe širenje virusa. No dvojac nema namjeru spasiti Odjel. Michael (Roy Dupuis) otruje Georgea.

Desetogodišnji dječak koji može čitati misli pomaže Odjelu vratiti ukradeni paket. No mogu li se dječakove moći kontrolirati?

Madeline (Alberta Watson) se zaljubi u Leona (Colm Feore), suparnika iz Crvene ćelije. Operativni (Eugene Robert Glazer) joj naredi da ga ubije i ona mu se odluči suprotstaviti. No s pomoću čipa ugrađena u Madeline, Operativni dolazi do Leonova skrovišta i ubije ga. Birkoff (Matthew Ferguson) nađe brata.

Michael (Roy Dupuis) otkriva da je njegova supruga Elena u vezi s operativcem iz Odjela. Njezin ujak Stefan Vacek vođa je terorističke organizacije koja želi ubiti Elenu i Michaelova sina Adama, i operativac je štiti. No Elena i Adam ubrzo nestanu i Michael ne zna jesu li živi ili mrtvi.

Birkoff (Matthew Ferguson) otkriva tajnu bazu u kojoj se skriva vođa Crvene Ćelije kojeg Odjel traži već skoro dvadeset godina. No kada propadne akcija i Odjel ga ne uspije uhvatiti, Operativni (Eugene Robert Glazer) odluči ubiti Birkoffa. Michael (Roy Dupuis) spašava situaciju i dokaže da je zadatak bio sabotiran.

Birkoff (Matthew Ferguson) izumi oblik umjetne inteligencije koja može održavati sustav tijekom njegova dvomjesečna odmora. No kada računalo počne ubijati operativce, Birkoff će se morati žrtvovati kako bi ga zaustavio.

Kako bi locirali komunikacijski satelit koji se srušio u južnom dijelu SAD-a, Nikita (Peta Wilson) i Michael (Roy Dupuis) odlaze u neobičan ruralni gradić koji je zapravo baza terorističke organizacije. Birkoffova (Matthew Ferguson) zamjena, Corman (Joel S. Keller), smatra da je netko namjerno srušio satelit. Operativni (Eugene Robert Glazer) šalje Davenporta da sabotira Michaelov i Nikitin zadatak

Odjel i Crvena Ćelija zajedno pokušavaju otkriti tko sabotira njihove instalacije. Madeline (Alberta Watson) se zamijeni sa Satin Tate (Emily Hampshire), ključnom operativkom Crvene ćelije. Nikita (Peta Wilson) se brine da je Satin bacila oko na Michaela (Roy Dupuis), ali Michael je samo iskorištava kako bi uništio Crvenu ćeliju

Nakon njezina ranjavanja tijekom akcije i otmice, Odjel proglasi Nikitu (Peta Wilson) mrtvom. Michael (Roy Dupuis) je ne smije tražiti. Nikita uspije pobjeći otmičaru, no uhvati je njegova poremećena majka.

Da bi zaustavila prodaju opasnog oružja, Nikita (Peta Wilson) ulazi u umobolnicu u kojoj se liječi sin muškarca koji je napravio oružje. Hoće li Nikita unatoč lijekovima i elektrošokovima uspjeti izvršiti zadatak?

Operativni (Eugene Robert Glazer) pošalje Michaela (Roy Dupuis) i njegov tim da ubiju Mauricea Greneta, novog vođu Crvene ćelije. Nikita (Peta Wilson) pobjegne iz Odjela i Michael otkriva njezinu vezu s njihovim najvećim neprijateljem. Madeline (Alberta Watson) i Operativni otimaju Jasonovu djevojku kako bi ga prisilili na suradnju

Nikita (Peta Wilson) se preruši u Kate Quinn i zajedno s Michaelom (Roy Dupuis) bježi iz Odjela. Pri tom ubije Davenporta. Operativni (Eugene Robert Glazer) naredi Madeline (Alberta Watson) da ih uhvati. Madeline naredi Jasonu da provjeri Georgeov dosje koji otkriva veze s Crvenom Ćelijom. Operativni ubije Georgea

Odjel uhvati Nikitu (Peta Wilson) i Michaela (Roy Dupuis) i vrati ih u bazu. Operativni (Eugene Robert Glazer) i Madeline (Alberta Watson) odluče ubiti Nikitu. G. Jones (Carlo Rota) želi poništiti Madeline, no ona počini samoubojstvo. Nikita spasi Michaelu život, ali ne može s njim pobjeći iz Odjela