מבצעים ומדלן מתכננים להרוג את ניקיטה משום ששיתפה פעולה עם אדריאן. ניקיטה פוגשת את אישתו ובנו של מייקל.

ניקיטה עוברת לגור עם מייקל ומשפחתו כדי לעוזר למדור למצוא ולהרוג את אביה של אלנה - הטרוריסט העשיר ביותר בעולם.

יתכן ויצטרכו להקריב את חייה של אלנה כדי ללכוד את אביה, הטרוריסט הבינלאומי סאלה וצ'ק.

ניקיטה מנסה לתת משמעות לחייו של מייקל שהפך מריר ואיבד עניין בכל, מרגע שהבין כי לא יוכל עוד לראות את בנו. בירקוף מגלה קובץ סודי שיכול לגרום נזק למבצעים.

כשרופא ידוע נרצח ואשתו נאנסת, חוקרים הבלשים שני חשודים: בנו המוזר של המנוח מנישואים קודמים ומטופל מתוסכל.

"מבצעים" מורה להרוס דמות פוליטית, שאישתו הייתה בעבר אשת "מבצעים".

לאחר שניקיטה נחטפת על-ידי טרוריסט המתמחה בנשק כימי, חודרת כפילה שלה למדור. ניקיטה נאלצת לעזור לה, כדי שתוכל להגן על מייקל.

כאשר המדור חוטף אדם עם זיכרון צילומי כדי להיעזר בו לביצוע משימה, מתחילה ניקיטה לתהות האם המאסר שלה בעקבות רצח, בויים בכוונה תחילה.

מייקל מסמם את "מבצעים" ומשתלט על המדור.

ניקיטה מתחזה לאישתו של טרוריסט סאדיסט, בזמן שהמדור מנסה לאתר טילי אנתראקס שהוא ואחיו גנבו.

ניקיטה מזהה מגויס, שמבטיח לגלות לה היכן תוכל למצוא את אמה.

ניקיטה ושני סוכנים נלכדים ע"י שני טרוריסטים רצחניים, ולאחר שהם ניצלים בעור שיניהם, מוצאת ניקיטה את עצמה במאבק של הבדלי גירסאות מול סוכן אחר.

ניקיטה חודרת, בגיבויו של מייקל, לרשת עבדים מזרח אירופית, ומגלה שמדובר במשהו שונה ואכזרי לגמרי. בינתיים מנסה "מבצעים" לעורר את קינאתה של מדלן.

מדור 1 מגייס לשורותיו חולה סופנית בנסיון לחדור לשורות ארגון טרור קיצוני בצורה מתוחכמת. ניקיטה ומייקל נקראים להכשיר את המתנדבת החדשה, המגלה כי משורות הארגון איש אינו יוצא בחיים.

קבוצת טרור קיצונית מצליחה לחשוף את מיקומה של מפקדת "מדור 1" ומבצעים נאלץ לפוצץ את המקום כדי למנוע נזק נוסף. כעת פריז הופכת למעון החדש של המפקדה.

כאשר מבצעים עוזב באופן זמני את המדור מייקל תופס פיקוד מלא. אבל האם עמדת הכוח החדשה של מייקל תשנה את הרגשות של ניקיטה.

מייקל וניקיטה מנסים להחליט כיצד לפעול כשמבצעים ומדלן מורים להם להפסיק את הרומן שלהם.

מבצעים שולח את בירקוף למשימה מיוחדת - עליו לחדור לקבוצת טרור הפועלת באמצעות מחשב. הצרות מתחילות לאחר שהוא מצליח לחדור לארגון ומתחיל להזדהות עם מטרותיו.

האם מבצעים עולה בסולם ההיררכיה של החברה?

מבצעים ומדלן מגלים שמייקל וניקיטה ממשיכים להפגש בחשאי, במהלך מבצעים מסווגים, ומחליטים לשים לכך קץ. האם יצליחו?

פרק אחרון לעונה. מדלן ומבצעים משקיעים מאמץ אדיר כדי להעניש את ניקיטה ומייקל על חוסר צייתנותם. האם יסכימו השניים לשלם בחייהם על אהבתם?