Operations croit que Nikita est une menace pour la Section Une et veut la tuer pendant une mission. Elle survit au complot et quand elle revient, elle enquête sur la disparition de Michael et découvre quelque chose qu'elle n'imaginait pas.

Nikita a une nouvelle mission : capturer David Henderson Williams, l'associé de Vacek. Elle en apprend davantage sur le passé de Michael avec Elena et Simone. Elena propose à Nikita de rester avec elle et Michael. Celle-ci accepte, mais elle est mal à l'aise. Les choses se compliquent encore plus quand Vacek manque un rendez-vous.

Pour débusquer Vacek, Operations et Madeline ordonnent à Michael d'empoisonner Elena mais celui-ci ne parvient pas à s'y résoudre. Alors la Section Une empoisonne Elena de toute façon, pendant que Michael est en mission, et sa survie dépend de si Vacek a une conscience morale assez développée pour venir voir sa fille quand elle a besoin de lui.

Après la perte définitive de sa femme et de son fils, les performances de Michael commencent à s'en trouver très affectées. Alors que Nikita tente de l'aider à retrouver le goût de la vie et de le protéger contre le dernier ennemi en date de la Section Une, Operations et Madeline se disputent à propos de la meilleure stratégie pour gérer la situation. Pendant ce temps, Birkoff va voir Walter au sujet d'un fichier qu'il vient de trouver et qui contient des preuves accablantes contre Operations.

Ivan Chernov, un cocaïnomane, kidnappe des enfants dans les rues, leur fait subir un entraînement intensif durant des années, et, une fois devenus des bombes humaines qui ne reculent devant rien, il les cède aux organisations terroristes les plus offrantes... Le responsable de la Section Une charge Michael et Nikita d'entrer en contact avec Chernov, en se faisant passer pour des dealers

La Section Une poursuit Nikolai Markali, un homme politique dont Operations pense qu'il est lié à une organisation terroriste, Badenhein, bien que les soupçons apparaissent au départ infondés. Outre les soupçons, il semble que son seul défaut soit d'être marié à la "veuve" d'Operations, Corinne. Madeline, qui se fait passer pour une psychologue et reprend le dossier de Corinne, et Michael, qui prétend aussi être un psy, rendent Corinne folle en lui administrant des médicaments au fort pouvoir addictif.

Nikita ne se comporte pas comme d'habitude. Michael remarque qu'elle est préoccupée, et quand une mission tourne au cauchemar, et que l'ennemi évite de lui tirer dessus, il croit qu'elle travaille pour la "Cellule Rouge".

Lorsque la Section Une enlève un physionomiste pour l'aider dans une mission, Nikita se demande si sa propre arrestation n'a pas été, elle aussi, planifiée

Michael verse une fiole contenant un agent psychotrope dans le café d'Operations. Alors que celui-ci perd son jugement et est assailli par des visions paranoïaques, il envoie des agents en mission pour capturer un homme supposé mort depuis quatre ans.

Nikita se fait passer pour la femme d'un terroriste sadique, alors que la Section tente de localiser des missiles chargés d'anthrax que son "mari" et son frère ont volés. Madeline ment pour protéger Operations quand celui-ci tue le meurtrier de son fils, un terroriste sous la protection de la Section.

Une nouvelle recrue, qui appartient au passé de Nikita, sait où celle-ci peut trouver sa mère. Nikita demande l'aide de Michael lorsqu'elle réalise que sa mère, qui n'a jamais cru en sa mort, a loué les services d'un détective privé.

Chargés de démanteler une organisation terroriste dirigée par Caroline et Crachek, Nikita et deux agents de la Section Une, Angela et Mark, sont kidnappés. Caroline se charge de torturer Nikita tandis que Crachek prend un malin plaisir à torturer Angela, devant Mark, impuissant. Ne pouvant plus supporter ce spectacle, ce dernier révèle aux kidnappeurs ce qu'ils veulent savoir. Lorsque la Section assaille le QG de l'organisation terroriste, Crachek tue Angela et parvient à prendre la fuite avec Caroline. Michael se porte au secours de Nikita et Mark. Elle supplie Mark de ne pas raconter à ses supérieurs qu'il a fait des révélations aux terroristes

Après enquête, les membres de la Section Une découvrent que les plastiquages meurtriers, perpétrés dernièrement, ont été financés par Charles Meyer, un industriel philanthrope qui fournit du matériel aux terroristes. Les agents de la section sont chargés d'éliminer ce personnage néfaste, mais le seul moyen d'entrer en contact avec lui est de passer par Emlen Anagar, un ami du sombre individu. C'est à Nikita que l'on confie cette délicate mission.

La Section Une doit récupérer un équipement du nom de l'Alliance, et le moyen de l'obtenir est un messager psychotique, Jan Bailin. Celle-ci a d'autres projets et se suicide avant que la section ne puisse l'utiliser. Alors, la Section Une embauche un sosie de la jeune femme, gravement malade, en phase terminale, Sarah Gerrard. Tandis qu'elle l'entraîne, Nikita commence à avoir quelques soupçons : est-ce que la Section Une ne rendrait pas Sarah malade exprès pour qu'il soit plus facile de la convaincre de travailler pour eux ?

Après une opération contre un groupe terroriste, Michael ramène un des terroristes à la Section Une pour l'interroger. La "capture" est une plante, et il assomme Madeline pendant l'interrogation avant de courir frénétiquement dans le QG. Il parvient à envoyer à son groupe des dossiers cruciaux, puis Michael le retrouve et l'élimine. Operations ordonne alors l'évacuation et la destruction du QG de la Section Une.

Comme la situation dans les Balkans atteint un nouveau point critique, Operations est rappelé pour un travail de consultant sur le terrain par "Le Centre", et il remet la direction de la Section Une entre les mains de Michael. Il lui adresse une recommandation : George d'Oversight veut une campagne à grande échelle contre le terroriste financier Luigi Bergomi, mais il doit résister car Bergomi est trop solide et ruinerait les forces de la Section.

Madeline a décidé que la liaison de Michael avec Nikita affecte ses performances, alors elle fait pression sur lui pour qu'il y mette un terme. Bien vite, Michael perd la direction de l'équipe Oversight ; il perd aussi son bureau et ne conduit plus de mission. Il est remplacé par Davenport. Michael peut-il renoncer à tout le pouvoir qu'il a gagné dans la Section Une pour Nikita ?

Après avoir manqué de faire échouer une opération, Birkoff est remplacé à son poste par Greg Hillinger. Operations réassigne Birkoff à son premier champ d'action. Sa mission est d'infiltrer et d'aller en reconnaissance au sein d'une organisation terroriste "Soldat de la Liberté", dirigée par un homme du nom de Jean-Marc Rousseau qui utilise le lavage de cerveau sur les jeunes gens pour remplir ses rangs.

Lors d'une opération, la gaffe de Hillinger coûte la vie à un agent, et il supplie Birkoff de le couvrir, ce que fait celui-ci, bizarrement. Hillinger ne lui rend pas la pareille, toutefois, lorsqu'il est envoyé sur le terrain pour diriger une mission. Hillinger fait tout pour que son rival soit tué une bonne fois pour toute. Birkoff révèle alors ce qu'a fait celui-ci, et Operations suspend Hillinger de ses fonctions.

En jouant littéralement avec le feu, Michael et Nikita organisent des rendez-vous clandestins lors de missions de Section One pour continuer de se voir malgré l'interdiction d'Operations et Madeline. Ceux-ci les soupçonnent tout de même de se retrouver à l'extérieur, alors Madeline commence à envoyer Davenport avec Michael et Nikita en mission.

Michael et Nikita sont envoyés en mission pour récupérer une plante pharmaceutique qui se trouve en la possession d'une entreprise appelée Genefex et d'un revendeur de la "Cellule Rouge" qui vend également une arme biologique, Gandieum. A l'insu de Michael et Nikita, l'opération a un objectif secondaire : mettre un terme définitif à leur relation. Après avoir mis la main sur la plante, Nikita est envoyée vers une autre partie, où Madeline l'attend pour la reprogrammer et éliminer ses sentiments envers Michael.