Nikita se cache de la Section Une depuis qu'elle a survécu à la destruction de la cachette d'une Ligue de Libération. Alors qu'elle travaille comme serveuse, elle est capturée par la Ligue et utilisée comme appât pour piéger la Section Une. Lors d'un raid de l'unité mené par Michael, Nikita sauve la vie de celui-ci et ils parviennent à s'enfuir ensemble.

Tandis que Nikita est réassignée à Jurgen, la Section Une est contactée par l'un des agents de Ligue de Libération pour vérifier son histoire concernant sa capture.

Nikita retrouve son vrai statut d'agent quand Birkoff découvre qu'une équipe terroriste de six hommes perpètrent plusieurs attaques au hasard.

La Section Une croit que des terroristes cherchent à s'emparer d'une source d'énergie nucléaire d'un satellite abattu. Ils découvrent plus tard que les terroristes le veulent parce qu'il s'agit d'un satellite militaire qui leur donnera accès au Pentagone s'ils parviennent à le pirater.

Egram Petrosian, un ancien agent sous couverture sauvé par la Section Une reprend les commandes et promeut Nikita sous-chef quand Operations est sérieusement blessé par un agent perturbé.

La mission de Michael, qui consiste à tuer Dorian Enquist, un terroriste un peu en marge, tourne mal, et celui-ci prend Madeline en otage. Operations décide d'échanger la vie de Michael contre celle de Madeline, ce qui pousse Nikita à tenter de la sauver.

La loyauté de Michael est partagée lorsque Nikita découvre que son ami est un bombardier et que Operations lui ordonne de le trahir.

Nikita et Michael sont envoyés en mission pour éliminer quelqu'un dans les Balkans. Toutefois, Nikita doit obliger Michael à protéger deux enfants, bien que cela l'empêche de toucher sa cible et qu'ils doivent risquer leur vie pour l'abattre.

Lors d'une mission pour capturer un agent de la "Cellule Rouge" connu sous le nom de Jenna, Nikita est arrêtée et mise en prison pour purger sa peine, où Jenna elle-même est enfermée. Mais elle doit trahir la confiance que celle-ci a en elle quand elles s'échappent ensemble. Dès leur sortie, Jenna est à son tour capturée et interrogée.

Nikita est promue au statut de chef d'équipe et envoyée sur une mission beaucoup plus dangereuse que prévue avec un agent désobéissant.

Nikita et Michael se font passer pour un couple marié, dans le but d'obtenir des informations au sujet d'un groupe terroriste, par l'intermédiaire de leur avocat, Roland Armel. Nikita se fait passer pour un médium pour appuyer sur le point faible d'Armel. Celui-ci est accablé par la mort de son fils et désire lui parler au-delà de la mort.

Terry, un agent de longue date, enceinte, tente d'échapper à la Section Une pour sauver son bébé. Afin de protéger son futur enfant, elle est prête à tout, même à trahir la Section. Dans le même temps, Michael doit prouver qu'il est toujours opérationnel.

Michael est capturé et interrogé par des terroristes, puis il perd la mémoire et ne sait plus qui il est.

Michael et Nikita sont envoyés en mission avec l'ancien tueur à gage David Fanning, mais pendant la mission, il prend Nikita en otage et exige que Michael lui rende son ex-femme, sous peine de tuer la jeune espionne.

La Section Une capture un mathématicien pour qu'il déchiffre un code qui aide les terroristes dans leurs attaques.

La Section Une essaie d'empêcher un groupe terroriste de perpétrer des attaques kamikazes et Nikita reçoit la mission d'obtenir des informations d'un agent autrefois connu sous le nom de Formitz, qui est en réalité un serial killer.

La Section Une tombe dans un piège lorsqu'une mission de détruire la réserve de munitions de "Cellule Rouge" permet à un virus de se propager à travers la section.

Une nouvelle recrue du nom d'Andrea tombe sous le charme de Michael. Quand elle apprend que tout n'était qu'un coup monté pour que la Section Une gagne sa confiance, elle veut que Nikita l'aide pour se venger. Comme celle-ci refuse, Andrea s'avère dangereuse à l'encontre de Nikita et Michael quand leur mission se termine dans un laboratoire dangereux qui contient des virus.

La Section Une ordonne la capture d'un chef terroriste, qui se révèle être un ordinateur sensoriel.

Grâce à ses importantes ressources financières, Abel Goellner déstabilise les pays du Tiers Monde pour placer à leurs têtes des gouvernements hostiles au régime de l'Ouest. Se faisant passer pour des courtiers, Nikita et Michael rencontrent Goellner et son bras droit, Karel Gilardi.

L'ancienne voisine de Nikita, Carla, et son petit ami Steven, kidnappent Nikita pour la présenter devant Adrian, fondatrice de la Section Une, et seule personne à l'avoir quittée avec succès.

Avec l'aide d'Adrian, Nikita parvient à infiltrer la partie la plus sensible de Section One et à récupérer un document, Gemstone, qui contient des preuves capables de détruire la cellule. Pendant ce temps, Michael doit identifier l'agent suceptible de travailler avec Adrian pour comploter contre Section One, Nikita.