Nikita uma garota que mora na rua é acusada de assassinato e sentenciada a prisão perpétua por um crime que não cometeu. Após um suicídio simulado pelo governo Nikita acorda na Divisão Um uma agência ultra-secreta que planeja transformá-la em uma agente antiterrorista. Deverá realizar o treinamento se deseja continuar vivendo.

A Divisão Um tem a missão de proteger Jovan Mijovich um político que tenta negociar a paz entre os grupos opositores de sua região de origem. Durante sua missão Nikita é reconhecida por Julie uma amiga da infância que a partir desse momento corre perigo de vida.

Glass Curtain é uma organização terrorista que atrai novos membros pela Internet. Nikita consegue se infiltrar e entrar ao quartel geral de Glass Curtain. Lá ela descobre que Simone a mulher de Michael não está morta como todos acreditavam mas é refém da organização.

Nikita deve se aproximar de um homem que lava dinheiro para roubar seus arquivos. Quando Nikita descobre o sucesso obtido pelo trabalho solidário deste homem começa a se apaixonar por ele mas nem tudo é o que aparenta e o amor pode virar ódio.

Um casal de terroristas que assassinou uma equipe inteira da Divisão Um rouba uma arma nuclear. Para recuperá-la Nikita simula ser a filha perdida do casal entregue em adoção há muito tempo. O vínculo traz conseqüências para ambas mãe e filha.

Por ordem da CIA a Divisão Um deve deportar clandestinamente Suba um antiterrorista estrangeiro que está levando para fora do país resíduos de urânio em benefício próprio. A primeira tentativa de capturá-lo acaba mal Nikita é considerada responsável e deverá investigar quem a traiu.

Um misterioso agente da Divisão Um oferece a Nikita a chance de fugir enquanto Michael se declara apaixonado por ela. Nikita fica desorientada e começa a suspeitar que tudo faz parte do mesmo plano para testar sua lealdade dentro da Divisão Um.

Há uma violação na segurança da Divisão Um e a informação de todos os agentes é roubada. Michael viaja a Praga para recuperar a lista de arquivos mas o homem que a roubou é assassinado e a informação chega por acaso até alguém chamado Gray. Nikita fica apaixonada por este homem e põe em risco a existência da Divisão.

A CIA suspeita que um de seus agentes é o responsável por uma chacina de traficantes de heroína. A Divisão Um é encarregada de fazer a limpeza discretamente. Nikita continua seu relacionamento com Gray mas deverá escolher entre a organização que controla sua vida e o homem que ama.

A destruição de uma fábrica de armamento químico é bem sucedida entretanto durante o processo Michael é ferido e fica para trás. Nikita deve liderar a missão que irá resgatá-lo.

Um grupo de terroristas consegue passar ilegalmente um dispositivo nuclear. Na Divisão Um descobrem que só existe uma esperança de localizá-lo mediante uma única testemunha: um esquisito entregador de pizzas.

Na primeira missão de Alex, ela e a equipe da Division terão que assassinar o Príncipe da Geórgia durante a celebração de um evento num museu. Alex informa Nikita da situação e ambas planejam evitar que ele seja morto.

Nikita terá que assumir uma antiga identidade para impedir que um poderoso e perigoso míssil entre nos Estados Unidos. Por outro lado, Michael interferirá na vida de Alex e Nathan.

Durante uma missão para a Divisão, Alex se encontra por acaso com Irina (atriz convidada KSENIA SOLO - Black Swan, Life Unexpected), uma mulher de seu passado.

A fim de acelerar sua recuperação, Amanda dá sedativos para Alex depois de sua última missão, e em seguida se aproveita da sedação de Alex para questioná-la sobre os segredos que Amanda acha que Alex tem.

A Red Cell faz Nikita e Michael reféns e os submete a um interrogatório cruel a fim de descobrir a atual localização da Divisão Um.

Em troca da sua liberdade Nikita aceita proteger um dos alvos da Divisão quem resultará ser um filho perdido de Operations.

Durante uma missão secreta Nikita é atacada por um estuprador em série. Ela deverá decidir se ajudará o policial a prender o criminoso ou se irá deixá-lo em liberdade para proteger sua identidade como agente da Divisão Um.

Enquanto indaga no apartamento de um possível terrorista Nikita descobre um capacete estranho que poderia ser um acessório para fazer lavagem cerebral. Nikita o utiliza com freqüência com a intenção de descobrir sua função até que ele começa a controlar sua mente.

Jovan Mijovich é escolhido presidente de sua nova nação mas tem alguém que pretende eliminá-lo. Michael Nikita e outros agentes da Divisão Um são enviados para protegê-lo e durante o ato inaugural acontece uma tomada de reféns inesperada.

A Divisão Um deve prender Tyler um perigoso terrorista que seqüestrara um jovem inventor de um explosivo impossível de ser detectado. Com o fracasso desta missão Nikita recebe a ordem de cancelar o inventor. Ela se recusa e isto a torna um problema para Operations que decidirá eliminar Nikita.