Die zu Unrecht des Polizistenmordes beschuldigte Nikita wird von dem Agenten Michael unter Druck gesetzt: Entweder sie arbeitet für Sektion Eins, oder ihr von der Organisation vorgetäuschter Tod wird Realität.

Bei einem Einsatz wird Nikita von ihrer alten Schulfreundin Julie erkannt und spricht Nikita an. Natürlich will Michael sie aus dem Weg räumen, aber Nikita kann dies verhindern, in dem sie Julie bei sich versteckt.

Als Computerspezialistin getarnt nimmt Nikita Kontakt zu einer gefährlichen Terroristengruppe auf. Diese wollen per Computerkontrolle der Luftüberwachung zwei Flugzeuge kollidieren lassen. Ihr Versteck ist ein alter Militärischer Bunker. Nachdem Nikita dort eingescheust wurde, findet sie heraus, dass sich Michaels totgeglaubte Frau Simone bei den Terroristen gefangengehalten und gefoltert wird...

Während eines Routineeinsatzes rettet Nikita dem gutaussehenden Alec das Leben. Erst später findet sie heraus, dass die ganze Sache von Sektion Eins inszeniert wurde. Trotzdem verliebt sie sich in den so feinfühlig wirkenden Fremden, bis sie miterlebt, wie er auf Grund eines bloßen Verdachts seinen Bodyguard kaltblütig erschießt. Schließlich kommt Nikita dahinter womit Alec sein Geld verdient: Er ist ein Menschenhändler, und verkauft Streetkids...

Um die Waffenhändler John und Helen Wicke zu überführen und an einen Atomaren Trigger zu gelangen, gibt sich Nikita als Helens vermisste Tochter aus. Die wahre Tochter wurde Hellen direkt nach der Geburt im Gefängnis weggenommen, und seitdem sucht die Frau nach ihrem Kind.

Nikita erfährt von Madeline, dass sie ihre "Probezeit" überstanden hätte.

Sektion Eins ist unterdies hinter einem Mann namens Suba her, einem Uranschmuggler, der auf langbeinige Blondienen steht - perfekt um Nikita auf ihn anzusetzen.

Doch Suba kann den Häschern der Organisation entwischen, scheinbar verfügt er über Insider-Informationen. Er bringt Nikita und Michael fast bei einem MG-Angriff aus einem Hubschrauber auf sie ums Leben.

Nikita findet den Verräter innerhalb der Sektion Eins : Roger. Suba hat seinen 8 jährigen Sohn entführt und erpresst nun den verzweifelten Vater, seinen Sohn zu töten, falls er nicht genau das tut, was Suba will.

Also hilfe Nikita ihrem verzweifelten "Kollegen", und geht seinen Sohn retten...

Nikita soll zwei Marine Offiziere befreien, aber eigendlich kann sie sich gar nicht so recht auf ihren neusten Auftrag konzentrieren, denn sie schmiedet gemeinsam mit Eric, einem anderen Sektion Eins Mitarbeiter, Fluchtpläne.

Eric könne ihre Daten aus dem Sektions-Computer löschen und bietet ihr an, sie bei seiner Flucht zu begleiten.

Sie denkt aber auch darüber nach, was es für Gründe geben könnte, bei der Organisation zu bleiben...

Als eine Liste aller Mitarbeiter von Sektion Eins gestohlen wird, gerät die geheime Organisation in Gefahr. Der Dieb bietet die Unterlagen zum Verkauf an. Michael macht sich auf den Weg nach Prag, um mit dem Erpresser zu verhandeln. Doch auch jemand anderes ist bereit, alles zu tun, um die Liste zu bekommen...

Natürlich nimmt Sektion Eins keine Rücksicht auf Nikitas und Garys Verliebtheit. Nikita kann sich nicht auf ihre Arbeit konzentrieren. Es fällt ihr schwer, die beiden Seiten ihrer Existenz unter einen Hut zu bringen.

Sie muß entscheiden, was ihr wichtiger ist: die Organistion, die ihr Leben kontrolliert oder der Mann, den sie liebt...

Sektion Eins ist es gelungen, eine Chemiewaffenfabrik in Osteuropa zu zerstören. Allerdings wurde Michael dabei verletzt und hilflos zurückgelassen. Er versteckt sich im Haus der Krankenschwester Angie.

Nikita und Madeline machen sich auf den Weg, um ihn zu retten. Sie geben sich als Kosmetik-Verkäuferinnen aus, und Madeline täuscht durch Medikamente einen Herzinfakt vor, um in die Klinik eingeliefert zu werden, in der sie Michael vermuten...

Eine terroistische Vereinigung hat eine Atombombe in die USA geschmuggelt und droht damit, eine Großstadt in die Luft zu jagen. Durch einen Zufall wird der harmlose Pizzabote Rudy Zeuge der Aktion.

Sektion Eins glaubt jedoch, daß er zu den Terroristen gehört. Um sein Leben zu retten, versucht Nikita zu beweisen, daß er wirklich nur zum falschen Zeitpunkt am falschen Ort war.

Sie ist überzeugt davon, daß er sehr nützlich dabei sein kann, die Terroristen unschädlich zu machen...

Karyn steht am Ende ihres zweijährigen Trainings. Nikita erhält den Auftrag, sie zu testen.

Während der Mission, bei der ein Terrorist gefangengenommen werden soll, erschießt Karyn kaltblütig ihren Trainer, streitet dies jedoch später ab.

Nikita konfrontiert sie mit ihrer Lüge. Karyn gesteht die Tat, behauptet nun aber, ihr Lehrer habe sie mehrfach vergewaltigt. Nikita ist unsicher, ob sie Karyn trauen kann, sie hat eher ein ungutes Gefühl, aber alle anderen in der Sektion Eins scheinen Karyn zu mögen...

Sektion Eins hat den gefährlichen Terroristen George Kessler im Visier, der einen Kanister Kobalt 60 entwendet hat. Es gelingt ihnen zwar, den Verbrecher zu schnappen, aber das Kobalt ist verschwunden.

Madeline soll ihn verhören, um herauszufinden, wo er das Kobalt versteckt hat. Die Befragung entwickelt sich zu einem Machtkampf, denn Kessler nutzt sein Wissen über Madeline geschickt aus. Doch auch Madeline hat einen Trumpf im Ärmel...

Es gibt einen Auftragskiller, gegen den selbst die mächtige Sektion Eins nichts ausrichten kann, denn der Mann namens David Fanning verfügt über ein Buch mit brisanten Informationen, die einige westliche Regierungen in große Schwierigkeiten bringen könnten, wenn sie veröffentlicht würden. Genau damit droht der Gangster.

Der einzige Weg an ihn heranzukommen scheint Fannings Frau zu sein...

Bei einem Einsatz wird der Transporter der Sektion angegriffen, und Birkoff gerät erstmals selbst in unmittelbare Gefahr und währe ohne das Eingreifen von Nikita getötet worden.

Diese Erfahrung zehrt an ihm: Er kann mit seiner Angst nicht umgehen, und dadurch läßt seine Leistung nach. Nikita versucht alles, um ihm zu helfen. Er muß lernen, seine Ängste zu beherrschen - sonst sind seine Tage in der Sektion gezählt.

Dann wird auch noch Michael im Herzen des Feindgebietes niedergeschossen...

Die verschwundene Liste der Sektion Eins Mitarbeiter ist wieder aufgetaucht: in den Händen einer Gruppe, die sich Rote Zelle nennt.

Überall auf der Welt werden Sektions-Agenten ermordet. Nikita und Michael wollen Birkoffs Gegenspieler bei der Roten Zelle gefangen nehmen, doch sie werden geschnappt und gefoltert. Sie sollen verraten, wo sich Sektion Eins befindet.

Beide Schweigen - bis Michael gesteht, dass er Nikita liebt. Die toughe Kämpferin kann nun nicht mehr mit ansehen wie der Mann, der sie liebt, gequält wird und gibt ihren Peinigern die gewünschten Informationen.

Steht Sektion Eins jetzt kurz vor dem Aus, oder war wieder alles nur ein Trick und man gab etwa Nikita absichtlich falschen Informationen, um die Gangster in eine Falle zu locken?

Eine Gruppe Krimineller hat sich darauf spezialisiert, geheime Informationen und Material an den Meistbietensten zu verkaufen. Einer von ihnen ist Operations' verschollen geglaubter Sohn Steven.

Als Nikita auf die Truppe angesetzt wird - sie soll den Verkauf eines Computerchips verhindern - bittet sie Operations, in jedem Fall dafür zu sorgen, dass Steven nichts passiert.

Nikita willigt unter der Bedingung ein, dass, wenn sie ihn verschont, sie die Sektion für immer verlassen kann. Operations stimmt zu und Nikita macht ihm klar, dass sie nicht davor zurückschrecken würde, seinen Sohn zu töten, falls er sein Versprechen nicht halten sollte...

Während einer Undercover-Mission macht sich ein Vergewaltiger über Nikita her. Natürlich ist es für sie ein leichtes, den Mann zu überwältigen. Sie verpaßt ihm eine gehörige Abreibung.

Das läßt Detective O'Brien, der dem Frauenschänder wegen weiterer Vergehen auf den Fersen ist, stutzig werden. Schnell wird ihm klar, dass Nikita kein normales Opfer ist. Er beginnt nachzuforschen und kommt hinter ihr Geheimnis.

Er ahnt nicht, dass er sich damit in Lebensgefahr gebracht hat, denn die Sektion Eins läßt sowas nicht auf sich beruhen...

Nikita befragt einen Barmann, der verdächtigt wird, Mittelsmann für eine Terrorgruppe zu sein. Statt sich aber dem Verhör zu stellen, springt der Mann aus dem fünfundsechzigsten Stockwerk in den sicheren Tod. Bei der Durchsuchung seiner Wohnung findet sich eine Art Helm. Der ist jedoch nicht als Schutz für Motorradfahrer gedacht, sondern zur Gehirnwäsche.

Das entdecken die Leute von Sektion Eins leider etwas zu spät, denn Nikita hat sich das Ding bereits aufgesetzt, um herauszufinden was man damit machen kann. Als sie kurz darauf abkommandiert wird, um das chinesische Oberhaupt vor einem Anschlag zu schützen, ahnen ihre Vorgesetzen nicht, dass gerade von Nikita die größte Gefahr für den Politiker ausgeht, denn der Helm hat sie auf ihn programmiert

Nikita, Michael und andere Sektionsmitarbeiter sollen bei der Antrittsfeier von Jovan Mijovich, der zum Premierminister seines Landes gewählt wurde, für Sicherheit sorgen, denn er wird von einem Attentäter bedroht. Der kann während der Feierlichkeiten überwältigt werden, doch dann kommt es zu einer Geiselnahme:

Ein Mann namens Bruner behauptet, Mijovich habe während des Bürgerkriegs seine Tochter vergewaltigt und erblinden lassen. Nun droht er, den Peiniger seines Kindes zu töten.

Nikita gelingt es, die brentlige Situation zu entschärfen. Nun liegt es an Bruners Tochter: Sie erzählt ihre Version der Geschichte und kann damit über Krieg und Frieden für ihr Volk entscheiden...

Wieder einmal verfolgt die Sektion einen gefährlichen Terroristen. Sein Name ist Tyler. Er hat den Angestellten eines seiner Kontaktmänner entführt, der einen Sprengstoff entwickelt hat, bei dem die herkömmlichen Suchgeräte nicht anschlagen.

Nun soll Nikita den gekidnappten jungen Mann befreien. Als die Befreiungsaktion fehlschlägt, bekommt sie den Auftrag ihn zu töten. Als sie sich weigert, dies zu tun, ist für Operations das Maß endgültig voll: Er schickt sie und andere Sektionsmitglieder, die ebenfalls beseitigt werden sollen, auf ein Selbstmordkommando.

Doch Michael gibt Nikita die Möglichkeit zur Flucht. Ein Schritt, der ihr beider Leben für immer verändert...

In der Abschlußszene fährt sie mit dem Zug weg, im wissen, dass die Sektion sie für Tod hält.