Nikita Samuelle est une belle jeune femme. Elle est repérée par la police et accusée à tort de meurtre par des officiers qui la harcèlent et tentent de la corrompre. Refusant de céder à leur chantage, Nikita sait qu'elle risque de passer le reste de sa vie en prison. Mais au dernier moment, elle se retrouve embrigadée par une section gouvernementale top-secrète : la Section Une.

La Section Une infiltre une organisation terroriste d'un genre particulier : ses membres utilisent un radar pirate pour interférer sur les faisceaux de transports aériens et causer ainsi un tas de collisions et accidents entre les avions.

Lors d'une mission de routine, Nikita sauve la vie d'un charmant jeune homme, Alec Chandler. Lorsqu'il l'invite à sortir, Nikita se sent obligée de refuser mais elle accepte de lui laisser l'adresse de son lieu de travail...

Helen est toujours à la recherche d'un enfant qu'elle a abandonné très jeune et qui aujourd'hui serait en prison. La Section Une charge Nikita de se faire passer pour la fille d'Helen.

La Section Une intercepte un couple de gardes du corps opérant pour le compte d'un terroriste à la renommée internationale, Perry Bauer. Afin d'obtenir plus d'informations sur les prochaines attaques qu'organise Bauer, la Section Une charge Nikita et Michael de se faire passer pour le couple de gardes du corps et d'infiltrer l'organisation.

Nikita et d'autres agents de la Section Une se retrouvent pris au piège lors d'une mission qui tourne mal. Plusieurs d'entre eux sont tués...

Eric Webber, un agent de la Section Une, propose à Nikita de s'enfuir de la Cellule avec lui. Mais Nikita, malgré une envie dévorante de partir, ne sait si elle peut avoir confiance en cet homme qu'elle connaît peu.

La Section Une est victime de piratage : les données de son système informatique et le dossier secret de la Direction concernant chaque agent sont dérobées par un hacker qui se fait appeler Harding. Celui-ci utilise en fait ces informations et arrange des enchères entre la Cellule et un autre grand criminel, afin de vendre son piratage au plus offrant. Il ne tarde pas à être retrouvé mort. Heureusement, Harding a eu le temps de confier ses informations à un dénommé Gray avant de mourir...

Une transaction entre des dealers tourne mal et plusieurs morts sont à déplorer. La Section Une est chargée de mener l'enquête sur une éventuelle guerre des gangs.

Nikita est désespérée : elle ne retrouve pas Michael alors que celui-ci est porté disparu depuis une mission qui consistait à détruire une arme chimique. Elle sait qu'en plus il a été blessé lors de cette intervention. Une seule interrogation : où est-il ?

L'homme que la Section Une suppose être la clé d'une menace terroriste serait en réalité une innocente victime se trouvant au mauvais endroit au mauvais moment.

Nikita s'occupe d'une nouvelle recrue, Karyn, qui se révèle très violente. Elle s'intéresse donc à son passé et tente de découvrir d'où provient cette hargne.

La Section Une capture un homme qu'elle suppose être un terroriste. Mais celui-ci révèle détenir de très nombreuses informations sur le passé et l'enfance de Madeline qui commence à s'angoisser.

Michael séduit la femme d'un criminel afin d'avoir accès à l'ordinateur et aux informations secrètes de son mari. Mais Nikita se sent trahie et pleine de compassion pour la jeune femme abusée.

Un agent spécialisé dans les opérations délicates, met en péril le secret de Nikita. Pendant ce temps, un membre de la ligue pour la liberté est capturé par la section

Un groupe d'extrémistes baptisés "Cellule Rouge" a dérobé à la Section Une le répertoire contenant les adresses top secrètes de ses agents. Maintenant que leurs identités sont connues par les malfrats, les malheureux agents sont exterminés les uns après les autres.

En échange de sa liberté, Nikita accepté de protéger un dealer d'armes... qui s'avère être le fils disparu depuis longtemps de Operations.

Un tueur en série se trompe de victime en s'en prenant à Nikita. Mais elle parvient à se défendre et la police l'arrête. Seulement, l'un des policiers veut absolument que Nikita vienne témoigner.

La Section Une découvre, dans l'appartement d'un suicidé, une étrange machine, savant mécanisme de réalité virtuelle. Tous les membres de la Section sont perplexes, car personne ne sait à quoi sert le fameux engin.

Jovan Mijovich a été élu chef de sa nouvelle nation, mais un tueur à gage a reçu la mission de l'assassiner. Nikita, Michael et le reste de la Section Une se répartissent pour assurer la protection de Mijovich. Pendant la célébration d'inauguration, le tueur à gage est maîtrisé mais sans que personne ne s'y attende, des gens sont pris en otage.

La Section Une est sur le point d'arrêter Tyler, l'un des plus dangereux terroristes au monde. Après que celui-ci a kidnappé un jeune inventeur qui a créé un nouvel explosif indétectable, Nikita doit aller le sauver et empêcher Tyler de mettre la main sur son savoir.