統合局捜査官アンジェリカ・バーンズは、極秘任務でサンドウィル刑務所を訪れる。昨晩、男の声で匿名の電話があったのだという。「サンドウィル刑務所に『ミスター』現れる。」そんな時、刑務所に『爆弾を仕掛けた』との電話が入って…。

サンドウィル刑務所爆破事件後、アンジェリカは、10日で釈放される予定だったミスターが、あえて脱獄したのには何か差し迫った理由があると思案していた。一方、作戦を成功させたミスター達の乗るコヨーテ号は一路、ならず者のあつまる『海賊亭』と向かう…。

亡き父、海賊王ブルースのペンダントを胸に、フランカはコヨーテの一員となった。ペンダントは＜ブルースの遺産＞の謎を解く鍵。意気揚々と遺産を求め、宇宙の海原を航行していたが…。

航行中のコヨーテ号の中で、ミスターはペンダントの秘密をメンバーに説明し始める。ブルースが愛娘フランカに残したペンダント。その中身は彼の義眼に埋め込まれた記憶チップ。その記憶チップの中の映像には、信じられない光景が映し出された…。

アンジェリカとチェルシィは、マルチアーノ12姉妹のメイを捕らえ事情聴取をしていた。一方、コヨーテ号の中では平穏な時間が流れていた。遺産を求めるこの旅が終わったら、また一人ぼっちに戻ることに、寂しい気分になるフランカ。泣いても笑っても後5日で、＜ブルースの遺産＞と共にグレイスランドは消滅するのだ…。

突如、マルチアーノ艦隊から攻撃を受けるコヨーテ達。応戦すべく、カタナとミスターがコヨーテ号に乗り込む。一方、12姉妹それぞれが乗り込む戦闘機＜ギルドスカイ＞が発進！ 容赦ない12姉妹の攻撃がコヨーテ達に迫る!!

マルチアーノ艦の砲撃を辛くもかわしてワープゲートを抜けたコヨーテ号だったが、グレイスランドから遠く離れた地点に出てしまう。途方に暮れるコヨーテ達。しかしミスターは、深手を負いながらも一分の望みに賭けて再び出発する！

惑星グレイスランドへの光子爆弾投下残り3日を切った。このままでは、隠されたブルースの遺産も粉々になってしまう。コヨーテ達はその光子爆弾の発射を引き延ばし、遺産回収計画を練る。一方、ペンダントを手にしたマルチアーノ達が、ついに惑星グレイスランドに降り立ってしまった!!

マルチアーノ12姉妹は二手に分かれ、遺産が眠る金庫＜ギガバンクス＞探索、そしてジュピターでの光子爆弾発射阻止に動いていた。その頃、アンジェリカとチェルシィ、12姉妹の1人であるメイはコヨーテ達を追って、惑星グレイスランドをさまよっていたが…。

ゴッドウイングの地下深くには、本物の光子爆弾が不気味に潜伏している。そしてギガバンクスも…。そうとは知らないマルチアーノ艦はゴッドウイングに停泊し、アンジェリカとチェルシィを捕獲していた。そんな中、着々とコヨーテたちはギガバンクスに向け、進路を進めていた！

ついにミスターとマルチアーノの一騎打ちが始まった。激しい戦いを繰り広げる中、光子爆弾の発動まで残り2時間を切ってしまった。果たして、惑星グレイスランドの崩壊を阻止できるのか?! ブルースの遺産はいったい誰の手に!? そしてコヨーテ達の運命は…?!