インドで人間の潜在能力を研究するモヒンダーは、ニューヨークに住む父の死を知らされ、彼の死の原因を突き止め、父と自分の研究が無意味でなかったことを証明しようとニューヨークに渡る。一方ラスベガスで一人息子マイカを育てているニキは最近鏡を見ると別人格の自分がいるようで気になっている。テキサスに住む女子高生クレアは20〜25メートルの高さから飛び降りるがケガひとつしない。そして東京ではヒロが時計に念を送って1秒遅らせたと言って大喜びで同僚のアンドウに話す。世界各地で同時に特殊能力に目覚める者が現れ始めたのだ。

クレアは自分の能力を証明するテープが消えていることに気づく。モヒンダーが父チャンドラの留守電を確認すると「サイラー」という男の伝言が残っていた…。ニューヨークへのテレポートに成功したヒロは、売店の雑誌にふと目が止まる。そこには自分が描かれていた！ヒロは作者であるアイザック・メンデスのアパートへと向かう。ロサンゼルスの警官マットは交通整理中、突然「助けて」という少女の声を聞き、殺人事件の現場へ入っていく。無事に少女を保護した彼だったが逆にFBI捜査官に疑われ・・・。

ピーターは自分の力を試そうと公園の遊具の上から飛ぼうとするがうまくいかない。その夜、兄で下院議員に立候補しているネイサンの支援パーティで、シモーヌと再会、彼女を好きだという気持ちを伝える。クレアは、気になっていた男の子ブロディに誘われて喜ぶが・・・。東京に戻ったヒロは、世界を救うため、アメリカへの旅にアンドウを誘う。一方モヒンダーは、サイラーの住所とカギを見つけイーデンとともに訪れる。そのアパートの隠し部屋には地図があり、父のものより多くの地点がマークされていた…。

モヒンダーは父の残した「リスト」に名前のあったネイサンに警告に行くが、相手にされず追い払われる。モヒンダーをピーターの差し金だと思ったネイサンはピーターを訪ね、選挙までの間しばらく姿を消すようにと金を渡そうとする。だがピーターは兄を拒み、能力者の本の著者スレシュ教授のもとへ向かう。ニキはリンダーマンの部下サカモトから、借金を帳消しにするのと引き換えに、ある政治家を誘惑することを命じられる。一方マットは、自分の能力が効かない二人組に出会う。

マットは昨晩の記憶が全くない状態で家に戻る。ヒロとアンドウはラスベガスでケンカ別れし、途方に暮れるヒロの前に現れたのはなんと？！　一方クレアは父親に秘密を打ち明けようとする。ピーターは、あるメッセージを受け取る。それは彼の人生を変えてしまうものだった。自分の使命を確信した彼は、メッセージに従ってアイザックを訪ねる。そして、夫DLが刑務所を脱走したと警察に知らされたニキは・・・。

ピーターたちは、アイザックの連作の中の重要な1枚が消えていることに気づく。ヒロとアンドウは仲直りし、ニューヨークを目指そうとするが、またまたベガスで足止めに。クレアは自分の力の謎を知りたい一心で生みの親との再会に臨む。自分のこと、夫DLのことで不安にかられているニキを訪ねてきたのは意外な人物で・・・！？ 一方モヒンダーはインドへ戻ることを決心する。

選挙のためにイメージアップを図ろうと、ネイサンは母アンジェラのお膳立てで記者を家に招き、妻ハイディを紹介する。その取材中に、ピーターがアイザックの売られてしまった絵のことで相談しにやってきて・・・。マットのもとにFBI捜査官のオードリーが来てサイラーがまた人を殺したという。マットは捜査協力と言い、ケンカ中の妻ジャニスを残して出て行く。マイカを連れ出したDLは途中で事故に出くわし、車の中に取り残された女性を助けようとする。そこへ現れたのは…。一方、クレアはなくしたビデオテープを発見するが・・・。

インドに戻ったモヒンダーは、同じ夢を繰り返しみるようになる。それに疑問を抱いたモヒンダーは謎を解こうと･･･。ニューヨークを目指すヒロとアンドウは、テキサスのあるダイナーでチャーリーというすごい記憶力を持つウエイトレスと出会う。ヒロはチャーリーと意気投合するが・・・。ニキは自分の能力を自覚し始め・・・。普通の生活になじもうとするクレアはホームカミングの準備に専念する。一方ベネットはある能力者のパワーに注目していた･･･。

モヒンダーは自分の夢に関与する少年の存在を知る。ネイサンはアイザックの絵のコレクターでもある“リンダーマン”から、ピーターが見たがっていた絵を入手する。しかし、そこに描かれているのはピーターに関わる悲劇だった・・・。一方FBIと同様“サイラー”を追っていたベネットだったが、その居所をつかめずにおり、危険を察知したベネットはクレアに外出禁止を言い渡す。しかし、この日のホームカミングをずっと楽しみにしていたクレアは･･･。

チャーリーを救うため、昨日にテレポートしようとしたヒロだったが着いたところは半年前のチャーリーの誕生日だった・・・。ちょうどその頃、現在から半年前、モヒンダーの父チャンドラ・スレシュはNYに拠点を移し、能力を持つ人間にコンタクトをとっていた。そして、「特別」になりたがる男に出会う・・・。看護学校を卒業したばかりのピーターは、検事である兄ネイサンがペトレリ家を揺るがす事件を扱うことを知る・・・。ニキは長い間連絡をとっていなかった父親の訪問をうける。念願のチアリーダーになったクレアは、自分の体の異変に気づいたばかりだった・・・。

クレアは自分の秘密を父ベネットに話す。するとベネットはすべてを知っていたことを告げ、クレアの秘密を知っているライルとザック以外誰にも言わないように約束させる。次の日、クレアがザックに話しかけると、ザックは何も覚えていなかった･･･。ジェシカはDLを狙撃、しかしマイカを前にしてジェシカとニキが葛藤を始め･･･。アイザックはヒロと会い、改めて未来のヒントになる絵を描こうとするが、描き上げた絵は不可解なものだった。テキサスから帰ろうとしたピーターは突然倒れ･･･。

2週間後。昏睡状態のピーターを救おうと、ネイサンはシモーヌに助けを求める。プリマテック製紙の張り込みをしていたマットたちはついにＳＷＡＴを突入させるが、サイラーの姿はなくマットはオードリーからも見限られてしまい･･･。ヒロはニューヨークの博物館でアイザックが描いた刀を見つける。一方、投降したニキに反発するジェシカは、公選弁護人との面談の最中にジェシカとして現れ･･･。

ニューヨークの街角で透明人間のクロードを見かけたピーターは、力をコントロールする方法を教えてほしいと頼むが･･･。行方不明のピーターを探すネイサンは、モヒンダーを訪ねる。クレアは生みの母親の名前をつきとめる。ヒロとアンドウは謎の男たちに捕まりバンで運ばれ、連れて行かれた先で待っていたのは…。

クロードに力をコントロールする方法を教わろうとしているピーター。クロードはピーターがあるものすべてマネている状態であり、自分で意識して力を使わなくてはならず、それを邪魔しているのはまわりの人間への愛着でありそれを捨てるように言う。ヒロの父親、ヤマガト工業のＣＥＯであるカイトは、ヒロにバカらしいことはやめて会社に戻れば副社長にしてやろうと持ちかける。ヒロはさらに姉のキミコから自分のせいでカイトの立場がまずくなっていることを聞かされる。

家ではニキを装い続けるジェシカだが、外ではリンダーマンの殺し屋として暗躍。ジェシカに新たな仕事の話が入る。ところが、そのジェシカの狙うターゲットのボディガードについたのはマットだった。やがてジェシカの心の声を聞いたマットは危機を察知、クライアントを守ろうと懸命になるが・・・。ラスベガスに戻ったヒロとアンドウは途方にくれているホープという女に出会う。彼女はある男の部屋に荷物を置いてきてしまって困っているという。それを聞いたアンドウは彼女のために、荷物を取ってくるのを引き受けるが、ヒロはホープの素性に気付き・・・。

ベネットはアイザックの知らせを受け、ピーターとクロードの居場所へ向かう。そして彼を狙撃しようとするが・・・。一方倉庫に閉じこめられたヒロはなんとか外に出ることはできたものの、ある決断を下すことに・・・。 マットはテッドと、そして”ワイヤレス”ハナと出会う。クレアは父ベネットへの疑惑を母サンドラにぶつけようとするが、サンドラが突然倒れてしまう。クレアは病院の医師に、記憶を消すハイチ人のことを話すのだが信じてもらえない・・・。

テッドとマットはベネット家の留守中にベネットのパソコンを持ち出そうとするが一家が病院から帰ってきてしまう。そこで、テッドは家族を人質にとって、ベネットから真実を聞きだそうとするが･･･。暴走するテッドをなんとか止めようとするマット。そのマットにベネットが思考で呼びかけてくる･･･。やがて、ベネットの過去が明らかになる。

追っ手から逃れるため、ハイチ人はクレアを国外へ避難させようとする。しかし空港でクレアはハイチ人を振りきり、ニューヨークへ向かう。ヒロはケンセイの刀を手に入れるため、リンダーマンのカジノへ。しかし以前のイカサマのせいでカジノに入れてもらえず、困っていたところに現れたのは、リンダーマンに会いに来たネイサンだった！ 一方サイラーと行動をともにするモヒンダーは・・・。

リンダーマンと会ったネイサンはある計画を聞かされ、自分、家族、ニューヨークそして世界の将来に関わる大きな決断を迫られる。ニューヨークではモヒンダーがある知らせを持ってペトレリ家を訪ねる。DLは、今いるのがニキでなくジェシカだと知り、マイカの身を案じる。そんな中、ジェシカはリンダーマンからマイカを貸して欲しいと言われ…。

5年後のニューヨーク。爆発が起こってしまった未来にやって来たヒロ。この惨劇を阻止するため、どの時点に戻るべきか聞くためにアイザックの部屋を訪ねるがそこにいたのは・・・。大統領になっているネイサンは能力者たちを取り締まる政策をとり、能力者たちはテロリストとして逮捕・投獄され、またモヒンダーに遺伝子コードを変える薬を開発させていた…。能力者たちをかくまう組織をしきっているベネットだが、国土安全保障省のマットに踏み込まれ・・・。5年後のピーター、クレア、ニキは・・・。

任務に失敗した結果がもたらす未来を見たヒロは改めて世界を救うため、自分の使命をとげることを決意する。ネイサンは選挙に勝つためのある保険をえるが・・・。ジェシカとDLはリンダーマンの計画に彼らが必要なわけに気づく。一方、サイラーを止めるため、モヒンダーはトンプソンに協力を要請するが、それにはある能力者の病気を治療しなくてはならないという。その病気は、モヒンダーの死んだ姉シャンティと同じものだった。…自分の未来を知ったサイラーは救いを求めて母親を訪ねるが・・・。

選挙当日。リンダーマンはネイサンの家を訪ね、彼の意思を確かめる。その後で投票システムにある細工をする指示をだす。

ベネットとマットは、組織の追跡装置を破壊するために、NYのあるビルへ向かう。ＤＬとジェシカはマイカを取り戻すためにリンダーマンを追って同じビルを目指していた･･･。一方、刀が折れてしまったヒロはアンドウが見つけたジッテツ・アームに向かう。

ニキはなんとかマイカを探し出すが、マイカの横にいたのはもう一人の自分だった…。アンドウくんの後を追ってヒロはサイラーの元へ。一方マットとベネットもサイラーの居場所を探していた。やがてベネットは、サイラーを倒せるのは同じ力を持つピーターしかいないと考え、ピーターを捜し始める。力のコントロールに苦しむピーターは兄ネイサンに助けを求めるが･･･。