Incontriamo Peter Petrelli, un giovane infermiere che sogna di saper volare, e suo fratello Nathan, politico rampante che pensa che Peter stia sprecando la sua vita. Intanto, in diversi angoli del mondo, persone normalissime scoprono gradualmente di possedere poteri straordinari...

Il poliziotto losangelino Matt Parkman, sulla scena di un delitto, si rende conto di essere l'unico a sentire i lamenti della piccola sopravvissuta, nascosta nella cantina della casa. Intanto Peter è ormai vicino a scoprire la verità sui poteri suoi e di Nathan.

La storia di Claire con l'aitante quarterback ha un risvolto imprevedibilmente drammatico. Intanto Hiro convince il suo amico Ando che il suo destino è volare negli Stati Uniti per salvare il mondo, e Nathan sfrutta l'incidente di Peter per il suo tornaconto politico.

Matt usa le sua capacità per il bene del suo matrimonio. Niki, sconvolta dopo l'ennesimo blackout, scopre che suo marito DL è fuggito di prigione. Intanto Claire racconta a suo padre quello che sta passando ultimamente.

Hiro e Ando si fermano brevemente nel loro viaggio verso New York a Las Vegas e, grazia alle capacità di Hiro, vincono un discreto bottino al casinò. Intanto Mr. Bennet organizza un incontro con i genitori naturali di Claire. La ragazza spera in cuor suo di scoprire, attraverso di loro, qualcosa in più sui suoi misteriosi poteri.

Hiro riesce a superare i suoi dubbi sul suo destino di supereroe. Intanto Nathan e sua moglie studiano una strategia per vincere le elezioni, senza sapere che Peter sta per rappresentare un aiuto prezioso. E in Texas, Claire scopre cosa è successo al suo video...

Dopo aver partecipato al funerale del padre, Mohinder deve decidere cosa fare della sua vita; strani sogni sembrano volergli venire in aiuto. Hiro e Ando, intanto, incontrano un'adorabile cameriera che ha una memoria soprannaturale - ma sta per cadere vittima di Sylar. Sulle tracce del killer ci sono Matt e Audrey, ma l'ultimo indizio sembra portarli in una direzione inattesa...

Si avvicina la sera della partita dell'Homecoming di Claire. Sia suo padre che, dall'altra parte degli USA, Peter Petrelli, conoscono il rischio a cui è esposta: Sylar intende ucciderla per appropriarsi del potere dell'autorigenerazione...

I fatti di sei mesi prima: Chandra Suresh, il padre di Mohinder, arriva a New York in cerca di persone "speciali", e incontra un giovane orologiaio che non aspettava altro che potersi considerare speciale. Peter si diploma alla scuola per infermieri, mentre suo fratello è alle prese con un caso che può procurare notevoli grane alla sua famiglia.

Peter è in custodia presso una stazione di polizia perché creduto coinvolto nelle brutale aggressione dell'Homecoming. Claire è ormai sul punto di dire la verità a suo padre. Niki decide che, per proteggere la sua famiglia da Jessica, la cosa più saggia è che lei si consegni alla legge. Matt e Audrey continuano la loro indagine su Sylar, ma nel frattempo il killer è caduto nelle mani di Mr. Bennet...

Matt confessa il suo dono alla moglie, mentre Hiro studia un piano per ottenere la preziosa spada che è destinato a possedere. Simone e Nathan sono preoccupatissimi per Peter, che ormai è in coma da due settimane.

Hiro continua a cercare di mettere le mani sulla spada del destino, ma nel frattempo è tallonato da figure misteriose. Peter incontra un uomo invisibile di nome Claude che ha qualcosa da insegnargli. Claire cerca di scoprire la verità sulla sua nascita.

Hiro si trova a dover spiegare la sua missione di supereroe al padre e all'ambiziosa sorella. Niki ottiene misteriosamente la possibilità di riabbracciare marito e figlio. Claire scova finalmente la sua vera madre, che, come lei, è sopravvissuta all'incendio grazie i suoi poteri...

Matt, sospeso dalla polizia, s'impiega come guardia del corpo e si vede affidare un cliente molto sospetto. Mentre la sua vita familiare si fa sempre più tesa, Claire cerca di scoprire qualcosa in più sui suoi veri genitori: la madre è in contatto con il padre, un uomo di un certo rilievo. Intanto Niki entra al servizio di Linderman con un incarico che mette in pericolo un altro eroe.

Peter pensa che lui e Claude siano stati traditi. Matt ritrova l'eroe radioattivo Ted Sprague e insieme si alleano con Hana Gitelman, una donna in grado di entrare in contatto mentale con le reti telematiche. Hiro prende una decisione fondamentale per la sua missione...

Matt Parkman e Ted Sprague arrivano in Texas per ottenere delle risposte da Bennet, e prendono in ostaggio la sua famiglia. Così scopriamo nuovi dettagli su Bennet, sull'agenzia per cui lavora, e il modo in cui adottò Claire.

L'inesorabile momento della distruzione di New York si approssima, e Nathan si incontra con Linderman e sembra trovare un accordo con lui. Hiro cerca di rubare la spada dalla collezione di Linderman, mentre Sylar inganna Mohinder e uccide le persone sulla lista che i due rintracciano insieme.

Sylar e Peter finalmente si fronteggiano. Linderman rivela i suoi piani a Nathan, e ingaggia un altro eroe. Claire incontra finalmente il suo vero padre, che però le annuncia di non essere pronto a occuparsi di lei, mentre Bennet, Matt e Ted cercano di sfuggire a Thompson.

Hiro e Ando si ritrovano cinque anni nel futuro, dopo la distruzione di New York City. Gli essere umani con poteri speciali sono considerati pericolosi e viene data loro la caccia. I due incontrano le versioni del futuro dei vari eroi, incluso l'Hiro del futuro...

Jessica e D.L. scoprono che Linderman vuole ottenere qualcos'altro da loro e da Micah. Hiro e Ando seguono Sylar, ma Hiro si blocca di fronte all'enormità dell'atto di uccidere un altro essere umano... Intanto, Angela Petrelli cerca di convincere Nathan ad aderire al piano da lei concepito anni prima insieme a Linderman.

Angela Petrelli è costretta a intervenire più di quanto avrebbe voluto nella vita dei figli e della giovane nipote. Nathan deve prendere una decisione delicata quando gli si prospetta un futuro da presidente degli Stati Uniti. Intanto il potere di Micah viene utilizzato per fargli vincere le elezioni al Congresso...

Riusciranno gli eroi a fermare Sylar e l'esplosione? E Nathan concretizzerà la visione di Linderman? Quali sacrifici dovrà imporsi Peter per salvare New York? Gli eroi sono ormai prossimi a fronteggiarsi a Kirby Plaza nel momento della verità.