מספר זרים מרחבי העולם התחילו לגלות שיש להם יכולות בלתי רגילות. הבן ממשיך את מחקרו של אביו בעקבות האנשים המיוחדים ומוצא את: המעודדת שהבינה שהיא בלתי מנוצחת, הפקיד שיכול לכופף את הזמן והמרחב, האם החד-הורית שמגלה סוד אפל בחיקה, האמן שמסוגל לצייר את העתיד, השוטר שמתחיל לקרוא מחשבות, הפוליטיקאי שמסוגל לעוף ואחיו שעוד לא הבין מהו כוחו. כולם מתאחדים יחדיו למטרה משותפת ויודעים שהם נועדו ליותר מזה. ביחד הם יוכלו לשנות את העולם.

בזירת פשע מוזרה ומבעיתה, השוטר במשטרת לוס אנג'לס מאט פארקמן הוא היה שיכול לשמוע את הבכי של ילדה קטנה שנעלמה. מוהינדר פוגש את השכנה של אביו, עדן מק'קיין. קלייר מגלה שהקלטת שמסקרת את נסיונות הפציעות שלה נעלמה. ניקי מאבדת תקופת זמן כשהיא מתעוררת ומוצאת כמה בריונים שנרצחו בצורה איומה במוסך שלה ועוזבת את העיר עם בנה מייקה. פיטר מתעמת עם ניית'ן לאחר קפיצתו מהבניין, וניית'ן מגלה שפיטר עף גם כן. הירו, בניו-יורק, נמצא חמישה שבועות בעתיד, ומגלה שאסון מחכה לכולם.

קלייר מנסה לחיות חיי חברה רגילים כאשר חייה הרומנטיים עם הרץ של קבוצת הפוטבול מקבלים שינוי לא צפוי. הירו משכנע את חברו שזהו ייעודם לנסוע לאמריקה להציל את העולם. ניקי מפחדת אבל ממלאת אחר ההוראות של המקור המסתורי והלא ידוע ששלח אותה לאמצע המדבר. ביינתיים, נתן משתמש בתאונה של פיטר לרווחו הפוליטי האישי. האף-בי-איי ומאט עלו על עקבותיו של סיילאר, כמו סורש, שהיומן של אביו מכיל רמזים חשובים.

לניקי יש בעיות עם המאפיה. נייתן נוסע לוואגס בכדי לאסוף כסף למסע הבחירות שלו ומאט פוגש כמה אנשים שיודעים יותר מידי עליו

מאט משתמש ביכולות שלו בשביל לשמור על הנישואין שלו. דל בורח מהכלא וקלייר מספרת לאביה כמה מהדברים שעוברים עליה בזמן האחרון כמו כן פיטר מקבל הודעה.

הירו ואנדו מנסים להמשיך במסע הגיבורי שלהם לניו-יורק, אבל הם נעצרים על ידי המהמר הכבד מלאס-וגאס איתו הסתבכו בצרות קודם לכן. הוא מציע להם הצעה שלה הם לא יכולים לסרב. כשאדון בנט מסדר פגישה לביתו קלייר עם הוריה הביולוגיים, היא מקווה ששאלות על כוחותיה החדשים יקבלו מענה. בינתיים, אייזק מקבל עוד הודעה מבלבלת מהירו, אבל פיטר שם כדי לענות לטלפון ולהעביר הודעה שמשנה את חייהם. מוהינדר נפרד מעדן וחוזר להודו כדי לקבור את אביו. די.אל הוקינוס מופיע בביתה של ניקי, ומשנה את שגרת חייהם של ניקי ומייקה.

לייל בנט לומד על סוד אחותו קלייר בזמן צפייה בסרטון הוידאו שלה שבו היא מנסה להתאבד. הירו נקמורה עוזר לדי.אל הוקינס להציל אישה מאוטו בוער על ידי הקפאת הזמן. אייזיק מנדז נעלם עם ציוריו.

מוהינדר מתאבל על אביו המנוח, ונרדף על ידי חלומות מוזרים מעברו שמכריחים אותו להחליט באיזה שביל לבחור. הירו ואנדו עוצרים במסעדה ופוגשים מישהי מעניינת. מרוכזת בלחזור לחייה הנורמליים, קלייר מתקדמת בהכנות לקראת השיבה הביתה, לא מודעת למה שעתיד לבוא. בינתיים, אדון בנט ושותף מפתיע ממקדים את תשומת ליבם על "גיבור" אחר.

בזמן שאדון בנט מנסה להגן על ביתו בכל מחיר, השיבה הביתית של התיכון של קלייר הופך ללילה מפחיד. בינתיים, ניית'ן וסימון עובדים ביחד כדי למצוא את הציור של אייזק בשביל פיטר. אבל האם יכול המפתח הזה לעתיד להוביל לטרגדיה? במקום אחר, הירו מטייל חזרה בזמן ישר לטעות משמעותית. כשניקי מחליטה על מטרה, מייקה מבלה עוד זמן עם אביו. עדיין חווה חלומות מוזרים בהודו, מוהינדר לומד על ילד שיכול להחזיר אותו חזרה למחקרו של אביו.

כשהשעון חוזר חזרה שישה חודשים לכל ה-"גיבורים", אביו של מוהינדר, צ'אנדרה סורש, מגיע לניו יורק ומתחיל את מסעו למצוא אנשים שונים עם יכולות מיוחדות, ופוגש במישהו הנחוש בדעתו להיות מיוחד. פיטר חוגג את סיום לימודיו בבית ספר לאחים ומגלה כי ניית'ן מתכוון לתבוע תביעה משפטית שעלולה להוות בעיות לכל משפחת פטרלי. ביקור מפתיע מאביה מביא את הצד הרע שבניקי. הירו מנסה להיות גיבור ומשנה את העתיד למישהו חשוב. קלייר מצטרפת לקבוצת העידוד ומגלה משהו מעניין. אדון בנט וההאיטי פוגשים במישהי מיוחדת.

מאט חושף את יכולותיו לאשתו. מר בנט נפגש עם מוהינדר. עכשיו כשהיא יודעת את האמת, קלייר מנסה לדלות את ההיגיון שבחייה. הירו מחפש אחר חרבו אותה לו היא תהיה שייכת בעתיד. ניקי חייבת להתמודד עם התוצאות של החלטה להסגיר את עצמה למשטרה. סימון וניית'ן דואגים בנוגע לפיטר, שנכנס לקומה במשך שבועיים. פיטר פוגש גיבור חדש. מייקה מבקר את אימו.

הירו ממשיך את חיפושו אחר החרב, בזמן שהוא נרדף ע"י אנשים מסתוריים. לאיש בלתי נראה, שמו קלוד, יש משהו ללמד את אחד מהגיבורים. ד. ל. לוקח על עצמו את אחריות המשפחה החדשה, ומאט פותח את ליבו בפני אשתו. מר בנט ממשיך להתמקד בסיילאר הכלוא. קלייר מחפשת את ההאיטי ואז את הוריה הביולוגיים. מוהינדר מחפש אחר האנשים מהרשימה, ומקבל אורח מפתיע. פסיכיאטרית מציעה עזרה לניקי.

הירו מנסה להסביר את השביל ההירואי החדשה בחייו לאחותו השאפתנית ואביו, איל ההון. ניקי מקבלת הזדמנות להתאחד עם ד.ל. ומייקה. שיטת ההדרכה של קלוד מובילה את פיטר להעמיד את הקרובים אליו בסימן השאלה. קלייר הולכת לטריילר פארק, בחיפוש אחר אימה הביולוגית. סיילאר מתחפש לעובד מחברת נייר, ומבצע מהלך נגד מר בנט.

מאט נכנס לעסקי שומרי הראש ומקבל לקוח לא נעים. סורש מוצא עוד אדם מהרשימה. כשחייה הביתיים נעשים גרועים עוד יותר, קלייר חותרת ללמוד עוד על הוריה הביולוגיים. הירו ואנדו סוטים מדרכם בלאס וגאס, בזמן חיפושם אחר החרב. ניית'ן מוכרח להתמודד עם סוד מעברו. עדיין מחוייבת למר לינדמן, ג'סיקה נוקטת בשיטה תפלה שיכולה לחרוץ את גורלו של אחד מהגיבורים.

פיטר מבין שהוא וקלוד נבגדו. מאט נפגש שוב עם טד ספראוג, הבחור הרדיו-אקטיבי. חנה גיטלמן היא אישה עם יכולות על-חוטיות. אחרי שמישהו שהירו מכיר כמעט מת, הוא מחליט החלטה קשה לגבי המשימה שלו. קלייר מפסיקה לשמור את הסוד של אייץ'-אר-ג'י.

העבר של מר בנט חוזר אליו כשמאט וטד ספראג באים לטקסס בחיפוש אחר תשובות ולוקחים אותו, את אשתו, בנו ואת קלייר כבני ערובה - דבר שמוביל לפיצוץ טרגי ומותח.

כשהבחירות מתקרבות וכך גם מועד החורבן של ניו-יורק, ניית'ן מחליט להיפגש עם לינדרמן. הירו מנסה לגנוב את החרב ופונה לנתיב חדש. סורש וסיילר מתקדמים, אך במחיר כבד. די-אל מתחיל לחשוד שיש בעיות בבית. אייזק מצייר ציור מחריד אף יותר וגיבורה חדשה מתגלה.

נייתן ולינדרמן משוחחים על עתידו של נייתן ועל הפיצוץ המנובא. לינדרמן מראה שיש לו כוח והוא היה חלק מקבוצת גיבורים. סיילאר ופיטר מתעמתים. אייזק וסיילאר נפגשים עם ציור של סיילאר הורג את אייזק ברקע. נייתן וקלייר נפגשים. ניתן לוינדרמן משוחחים על ציור של נייתן במשרד הנשיא בבית הלבן. קנדיס ותומפסון מתחקרים את מר. בנט בזמן שקנדיס בצורתה של קלייר על-מנת לרמות אותו. ג'סיקה פוגשת את לינדרמן. לפיטר יש תספורת חדשה. יכולתו של לינדרמן להגליד נחשפת.

התקופה היא 5 שנים בעתיד. קלייר בנט תהיה שחומת שיער, מאט פרקמן יראה את הצד האפל שלו, ניקי וג'סיקה סנדרס יתאחדו לאישיות אחת. נשיא ארה"ב עובד על ה"פתרון הסופי" להביא את הקץ של גיבורי-העל. אנחנו גם נראה את הירו מהעתיד.

ההחלטיות של הירו ואנדו בקשר למשימתם עומדת במבחן. נייתן רוצה לנצח בבחירות והוא נוקט בצעד דרסטי כדי להבטיח שכך יהיה. עברו של סיילאר נחשף, ילדותו, ומהיכן הוא הגיע. ג'סיקה ודי. אל. מגלים קצת ממה שלינדרמן רוצה מהם וממייקה.

אנג'לה פטרלי נאלצת לשחק תפקיד חשוב בחייהם של פיטר, ניית'ן וקלייר. האמת לגבי מותו של אביהם של פיטר וניית'ן נחשף ביחד עם זהותו. כאשר ניית'ן מגלה שהוא יכול להפוך ליותר יותר מחבר קונגרס הוא מתעמת עם החלטה חשובה שעליו לעשות. כשיום הבחירות מתקרב, כמה מנסים לעזוב את ניו יורק. נוח ומאט מגלים סוד מפתיע אחר. בנוסף, סיילאר אוכל מוח של גיבור אחר. אביו של הירו חוזר.

פרק אחרון לעונה. נבואתו של אייזק מתחילה להתגלות, והאנשים הרגילים בעלי הכוחות המיוחדים פוגשים ברגעי כאב ב-"קירבי פלאזה" כאשר הגבורה תקיפה.