Incontriamo Peter Petrelli, un giovane infermiere che sogna di saper volare, e suo fratello Nathan, politico rampante che pensa che Peter stia sprecando la sua vita. Intanto, in diversi angoli del mondo, persone normalissime scoprono gradualmente di possedere poteri straordinari...

Il poliziotto losangelino Matt Parkman, sulla scena di un delitto, si rende conto di essere l'unico a sentire i lamenti della piccola sopravvissuta, nascosta nella cantina della casa. Intanto Peter è ormai vicino a scoprire la verità sui poteri suoi e di Nathan.

La storia di Claire con l'aitante quarterback ha un risvolto imprevedibilmente drammatico. Intanto Hiro convince il suo amico Ando che il suo destino è volare negli Stati Uniti per salvare il mondo, e Nathan sfrutta l'incidente di Peter per il suo tornaconto politico.

Dopo la sua serata con Brody, Claire si risveglia nell'ultimo posto dove avrebbe immaginato di ritrovarsi (e dove nessuno, normalmente, si risveglia). Intanto Matt incontra due persone che sembrano sapere troppe cose su di lui per non destare sospetti, e Mohinder incontra uno degli eroi.

Matt usa le sua capacità per il bene del suo matrimonio. Niki, sconvolta dopo l'ennesimo blackout, scopre che suo marito DL è fuggito di prigione. Intanto Claire racconta a suo padre quello che sta passando ultimamente.

Hiro e Ando si fermano brevemente nel loro viaggio verso New York a Las Vegas e, grazia alle capacità di Hiro, vincono un discreto bottino al casinò. Intanto Mr. Bennet organizza un incontro con i genitori naturali di Claire. La ragazza spera in cuor suo di scoprire, attraverso di loro, qualcosa in più sui suoi misteriosi poteri.

Hiro riesce a superare i suoi dubbi sul suo destino di supereroe. Intanto Nathan e sua moglie studiano una strategia per vincere le elezioni, senza sapere che Peter sta per rappresentare un aiuto prezioso. E in Texas, Claire scopre cosa è successo al suo video...

Dopo aver partecipato al funerale del padre, Mohinder deve decidere cosa fare della sua vita; strani sogni sembrano volergli venire in aiuto. Hiro e Ando, intanto, incontrano un'adorabile cameriera che ha una memoria soprannaturale - ma sta per cadere vittima di Sylar. Sulle tracce del killer ci sono Matt e Audrey, ma l'ultimo indizio sembra portarli in una direzione inattesa...

Si avvicina la sera della partita dell'Homecoming di Claire. Sia suo padre che, dall'altra parte degli USA, Peter Petrelli, conoscono il rischio a cui è esposta: Sylar intende ucciderla per appropriarsi del potere dell'autorigenerazione...

I fatti di sei mesi prima: Chandra Suresh, il padre di Mohinder, arriva a New York in cerca di persone "speciali", e incontra un giovane orologiaio che non aspettava altro che potersi considerare speciale. Peter si diploma alla scuola per infermieri, mentre suo fratello è alle prese con un caso che può procurare notevoli grane alla sua famiglia.

Peter è in custodia presso una stazione di polizia perché creduto coinvolto nelle brutale aggressione dell'Homecoming. Claire è ormai sul punto di dire la verità a suo padre. Niki decide che, per proteggere la sua famiglia da Jessica, la cosa più saggia è che lei si consegni alla legge. Matt e Audrey continuano la loro indagine su Sylar, ma nel frattempo il killer è caduto nelle mani di Mr. Bennet...

Matt confessa il suo dono alla moglie, mentre Hiro studia un piano per ottenere la preziosa spada che è destinato a possedere. Simone e Nathan sono preoccupatissimi per Peter, che ormai è in coma da due settimane.

Hiro continua a cercare di mettere le mani sulla spada del destino, ma nel frattempo è tallonato da figure misteriose. Peter incontra un uomo invisibile di nome Claude che ha qualcosa da insegnargli. Claire cerca di scoprire la verità sulla sua nascita.

Hiro si trova a dover spiegare la sua missione di supereroe al padre e all'ambiziosa sorella. Niki ottiene misteriosamente la possibilità di riabbracciare marito e figlio. Claire scova finalmente la sua vera madre, che, come lei, è sopravvissuta all'incendio grazie i suoi poteri...

Matt, sospeso dalla polizia, s'impiega come guardia del corpo e si vede affidare un cliente molto sospetto. Mentre la sua vita familiare si fa sempre più tesa, Claire cerca di scoprire qualcosa in più sui suoi veri genitori: la madre è in contatto con il padre, un uomo di un certo rilievo. Intanto Niki entra al servizio di Linderman con un incarico che mette in pericolo un altro eroe.

Peter pensa che lui e Claude siano stati traditi. Matt ritrova l'eroe radioattivo Ted Sprague e insieme si alleano con Hana Gitelman, una donna in grado di entrare in contatto mentale con le reti telematiche. Hiro prende una decisione fondamentale per la sua missione...

Matt Parkman e Ted Sprague arrivano in Texas per ottenere delle risposte da Bennet, e prendono in ostaggio la sua famiglia. Così scopriamo nuovi dettagli su Bennet, sull'agenzia per cui lavora, e il modo in cui adottò Claire.

L'inesorabile momento della distruzione di New York si approssima, e Nathan si incontra con Linderman e sembra trovare un accordo con lui. Hiro cerca di rubare la spada dalla collezione di Linderman, mentre Sylar inganna Mohinder e uccide le persone sulla lista che i due rintracciano insieme.

Sylar e Peter finalmente si fronteggiano. Linderman rivela i suoi piani a Nathan, e ingaggia un altro eroe. Claire incontra finalmente il suo vero padre, che però le annuncia di non essere pronto a occuparsi di lei, mentre Bennet, Matt e Ted cercano di sfuggire a Thompson.

Hiro e Ando si ritrovano cinque anni nel futuro, dopo la distruzione di New York City. Gli essere umani con poteri speciali sono considerati pericolosi e viene data loro la caccia. I due incontrano le versioni del futuro dei vari eroi, incluso l'Hiro del futuro...

Jessica e D.L. scoprono che Linderman vuole ottenere qualcos'altro da loro e da Micah. Hiro e Ando seguono Sylar, ma Hiro si blocca di fronte all'enormità dell'atto di uccidere un altro essere umano... Intanto, Angela Petrelli cerca di convincere Nathan ad aderire al piano da lei concepito anni prima insieme a Linderman.

Angela Petrelli è costretta a intervenire più di quanto avrebbe voluto nella vita dei figli e della giovane nipote. Nathan deve prendere una decisione delicata quando gli si prospetta un futuro da presidente degli Stati Uniti. Intanto il potere di Micah viene utilizzato per fargli vincere le elezioni al Congresso...

Riusciranno gli eroi a fermare Sylar e l'esplosione? E Nathan concretizzerà la visione di Linderman? Quali sacrifici dovrà imporsi Peter per salvare New York? Gli eroi sono ormai prossimi a fronteggiarsi a Kirby Plaza nel momento della verità.

Quattro mesi dopo la sconfitta di Sylar e il gesto eroico di Peter e Nathan, emergono nel mondo nuovi eroi dotati di straordinari poteri - e spesso spaventosi - poteri. Ad esempio ci sono i due fratelli messicani Alejandro e Maya: quando è emotivamente sconvolta, Maya emana una forza letale per tutti gli esseri umani nei paraggi, e solo il fratello riesce a controllarla.

Peter si ritrova vittima di un'amnesia e prigioniero di un gruppo di gangster irlandesi che ne sanno più di lui del suo passato. Hiro cerca di arginare le conseguenze del suo involontario viaggio nel passato. Nel frattempo, i poteri di Kensei sono rivelati.

Suresh scopre un nuovo dipinto di Isaac Mendez che mostra la morte di qualcuno; intanto, Maya libera Alejandro da un carcere messicano e Niki e Micah lasciano Las Vegas per cercare di lasciarsi alle spalle il passato.

Monica, la cugina di Micah, inizia a scoprire le sue incredibili capacità. Intanto Matt chiede a Molly di localizzare l'uomo che la terrorizza nei suoi incubi e Maya e Alejandro continuano a cercare di varcare il confine.

Una graziosa e pericolosa bionda di nome Elle si presenta al pub alla ricerca di Peter. Intanto Ando cerca tracce della presenza di Hiro nel passato, e Matt tallona l'uomo protagonista degli incubi di Molly.

West cerca di convincere Claire a farsi valere con il padre, mentre Hiro lotta contro i popri sentimenti per la bella Yaeko. Suresh affronta ulteriori problemi con la compagnia. Alejandro e Maya proseguono il loro viaggio a fianco di Sylar ma il ragazzo è molto sospettoso.

Peter e Caitlin scoprono gli spaventosi effetti futuri del virus che ha iniziato a colpire gli eroi. Intanto diversi tra di loro si alleano per fermare l'Uomo degli incubi. West è sconvolto quando scopre l'identità del padre di Claire.

Gli eventi trascorsi tra la battaglia con Sylar e l'esplosione della bomba nei cieli di NY sono rivelati, e scopriamo le ragioni della fuga di Maya e Alejandro e come Peter è finito in Irlanda.

Convinto di essere stato localizzato dalla Compagnia, Bennet decide di fare trasferire nuovamente la sua famiglia, ma l'idea a Claire non piace affatto. Hiro, che ha saputo della morte di suo padre, torna nel passato per cercare di impedirla. Intanto Matt impara a gestire le sue nuove abilità mentali.

Dopo aver rintracciato la donna nella foto della Compagnia, Peter decide di andare alla Primatech in Texas per distruggere il virus, ma non tutto è come sembra. Hiro cerca di scoprire chi è l'assassino di suo padre, e, mentre Niki e Micah sono di nuovo insieme, Claire affronta lo shock della morte di suo padre.

In Texas, Peter, ingannato da Adam, combatte contro i suoi amici; intanto Mich chiede l'aiuto della madre per salvare Monica, finita in mano a dei delinquenti, e Maya scopre la verità su Sylar.

La ragione per cui la conferenza stampa di Nathan Petrelli è stata interrotta viene rivelata, e Peter e Matt si trovano costretti ad agire subito. Intanto Sylar, che ha di nuovo i suoi poteri, decide di tornare all'attacco di Claire Bennt, la cheerleader indistruttibile. A Tokyo, un segreto delicatissimo viene affidato a Hiro e Ando, che scoprono che il ruolo di una certa Daphne nell'innescare la futura distruzione è cruciale. A New York Suresh, grazie a Maya, fa una straordinaria scoperta.

Angela ha uno scontro con suo figlio Peter, un uomo ormai irrimediabilmente cambiato, riguardo alla catastrofe che sembra ormai inevitabile. Intanto Sylar dichiara guerra alla Compagnia attaccando la sua sede principale, e, al Livello 5, trova pane per i suoi denti. Durante una selvaggia battaglia con Elle, dodici pericolosissimi criminali/ mutanti riescono a fuggire.

Il padre di Claire ha un nuovo partner, mentre Hiro ed Ando seguono Daphne fino in Germania e Tracy Strauss si mette alla ricerca di risposte su Niki. Entrano in scena quattro nuovi nemici.

Nel futuro Peter prende una decisione rischiosa per salvare il mondo usando un potere pericoloso mentre gli eroi sono divisi in due schieramenti e ancora non è possibile sapere chi sono i buoni e chi i cattivi.

Mohinder scivola sempre di più nell'abisso della sua mutazione e gli eroi continuano a dividersi schierandosi su due fronti mentre la Compagnia deve affrontare un nuovo nemico che sta reclutando persone dotate di abilità speciali al fine di formare un temibile esercito.

Mentre Hiro, reclutato da Daphne, va in Africa per cercare il veggente che ha aiutato Matt Parkman, Claire e Sandra Bennet corrono in aiuto di Meredith prigioniera del terribile Eric Doyle. Mohinder intanto prosegue i suoi esperimenti e questa volta ha a disposizione due cavie d'eccezione, ma i destini degli eroi continuano ad intrecciarsi e sullo sfondo si staglia la cupa figura del nuovo avversario: Arthur Petrelli.

Tracy e Nathan cercano di salvarsi da Mohinder che non ha più il controllo di sé stesso. Sylar riceve l'incarico di salvare Peter dalla compagnia rivale, mentre Daphne è obbligata ad uccidere o essere uccisa. Nel frattempo Hiro è ancora alla ricerca di risposte.

Hiro cerca di indagare sul passato di Arthur Petrelli per scoprire i motivi che l'hanno spinto a creare una compagnia rivale, la Pinehearst, ed a sviluppare un odio nei confronti di Angela. Sylar in preda ai sensi di colpa cerca di fermare i suoi metodi violenti. L'addestramento di Meredith va in fumo all'arrivo di suo fratello.

Nathan scopre i piani del padre, mentre Flint e Knox attaccano Hiro, Ando, Peter e Claire. Nel frattempo, Matt cerca di resuscitare Angela, Sylar si incontra con Elle e Mohinder inizia a testare la sua nuova formula per i superpoteri.

L'eclisse fa una strage dei poteri degli eroi. Arthur ordina ad Elle e Syler di portargli Claire, mentre Hiro, Ando e Matt seguono Daphne nella sua città natale per scoprire che cosa sa Arthur di lei. Peter e Nathan viaggiano al paese natale dell'Haitiano per reclutarlo per la guerra contro Pinehearst.

L'eclisse continua a creare caos. Sylar ed Elle affrontano la collera del padre di Claire, mentre Peter, Nathan e l'Haitiano fronteggiano Baron Samedi. Ando e Frack cercano di aiutare Hiro con la sua perdita di memoria.

Hiro e Claire si uniscono per fermare Arthur e viaggiano indietro nel tempo. Peter e l'Haitiano devono affrontare Sylar per arrivare ad Arthur.

Nathan e Peter si affrontano e Nathan fa un passo di conseguenze devastanti. Sylar prende delle provvedimenti disperati alla Primatech ed i destini di molti eroi restano in bilico. Ando, Matt e Daphne continuano la loro missione per salvare Hiro.

Tre settimane dopo la caduta della Primatech e della Pinehearst, Nathan convince il presidente che tutti quelli con abilità speciali devono essere catturati ed imprigionati.

Gli eroi diventano dei veri e propri fuggitivi, impegnati a scappare da uno di loro. Sylar si mette alla ricerca del padre ed i dipinti di Matt rivelano un oscuro destino.

Mentre il presidente inizia ad indagare sulle attività di Nathan, Sylar si prepara a trovare suo padre. Hiro, Ando e Matt viaggiano verso l'India per trovare un nuovo alleato e Claire affronta l'ira del padre per proteggere un nuovo amico.

Il padre di Claire e Matt sono impegnati in una serie di rompicapo per scoprire la verità a proposito del piani di Nathan. Peter riesce ad incontrare The Hunter in persona.

Matt e Peter si affrettano a recuperare Daphne e scoprono delle prove che possono rivelare i piani del governo per catturare quelli che hanno dei poteri. Sylar scopre la verità riguardo la madre da vecchie memorie del padre.

Sylar finalmente trova suo padre e Claire deve decidere se aiutare il suo nemico giurato. Danko intanto scava tra i segreti della famiglia Petrelli e Matt deve trovare una via d'uscita da una situazione esplosiva.

L'identità del Ribelle viene rivelata. Noah vuole che Danko lasci andare Tracy nella speranza che lei li conduca al ribelle. Hiro ed Ando continuano la missione che è stata affidata loro per tenere il salvo il nuovo eroe.

Gli eroi cercando di ricucire i loro rapporti incrinati mentre Nathan e Claire cercano rifugio in Messico e Peter ed Angela si nascondono in una chiesa. I tentativi di Danko di spazzar via quelli con superpoteri si intensificano quando si unisce ad un nuovo alleato a sorpresa.

Qualcuno vicino a Danko è preso di mira quando questi comanda l'operazione contro i superuomini. Nel frattempo il matrimonio di Noah continua a crollare, mentre Hiro ed Ando continuano il loro viaggio per salvare Matt. Angela affronta dei demoni dal suo passato.

Angela porta allo scoperto gli oscuri segreti del suo passato, mentre Mohinder viene a conoscenza del coinvolgimento del padre in una dimenticata operazione governativa.

Sylar, ancora impegnato in una improbabile alleanza, affronta una crisi d'identità mentre il suo nuovo potere comincia ad influenzarlo in strani modi. Hiro ed Ando cercano di abbattere l'edificio 26 mentre Matt lotta con la paternità. Nathan inizia a mettere insieme un piano per sistemare le cose.

Nathan cerca di impedire che Sylar incontri il presidente, mentre lo stesso Sylar ha intenzioni ben precise riguardo il suo partner. Hiro scopre che il ritorno dei suoi poteri non è senza conseguenze.