Sam s'effondre. Dean l'emmène d'urgence voir un médecin, mais il lui annonce que son frère ne s'en sortira pas. Dévasté par la nouvelle, Dean tente le tout pour le tout : il prie pour demander à tous les anges présents dans le secteur de sauver Sam. En échange, il leur propose de devenir redevable à celui qui prendra les choses en mains. Mais lors de l'appel, des anges en colère, qui en veulent à Dean, se précipitent pour le tuer. Mais Ezekiel arrive en premier, le mettant hors de danger...

Deux prêtres de la cathédrale Sainte-Anne rencontrent un couple soi-disant à la recherche de leur ami, Castiel. Le lendemain matin, ce dernier, qui réside dans un centre pour sans-abri à proximité du lieu de culte, découvre les corps sans vie des hommes d'Eglise. Leurs yeux ont été carbonisés, ce qui signifie qu'ils ont été tués par des anges. De son côté, Dean explique à Sam qu'il est inquiet au sujet de Castiel, qui n'a toujours pas donné de nouvelles. Ezekiel leur apprend qu'il a entendu d'autres anges discuter entre eux : ils s'organisent pour le retrouver les premiers...

Sam et Dean découvrent que le bunker possède une pièce cachée renfermant un ordinateur central datant de la société des Hommes de lettres. Pour le remettre en marche, ils font appel à Charlie. En démontant l'appareil, ils cassent, sans le faire exprès, une fiole contenant un liquide qui se transforme en cocon géant renfermant Dorothy, la fille de l'auteur du Magicien d'Oz ! La jeune femme leur explique qu'elle s'est emprisonnée volontairement, 75 ans plus tôt, avec une sorcière du monde d'Oz pour l'empêcher de nuire. Malheureusement, si Dorothy est libérée, la sorcière l'est aussi...

Un taxidermiste est alarmé par les aboiements de son chien. En allant voir ce qui cloche, il se retrouve face à un homme au chapeau de cowboy, et à la langue de serpent. Il tue brutalement le taxidermiste, le pliant en deux. Sam et Dean sont informés, et se mettent en route pour les lieux du crime. Peu après, un autre meurtre étrange a lieu. Au cours de leur enquête, les deux frères réalisent qu'il n'y a qu'un seul témoin dans cette affaire : un chien. Inquiets à l'idée d'avoir affaire à une sorcière ou à un monstre surnaturel, ils jettent un sort à l'animal, pour que Dean puisse communiquer avec lui. Mais les conséquences sont inattendues...

Exclu du bunker, Castiel mène désormais une vie normale dans l'Idaho où il travaille dans une station-service. Quand il apprend que d'étranges disparitions ont lieu dans la région, il appelle Dean pour enquêter. Tous deux pensent qu'un ange tue des personnes pour apaiser leurs souffrances. Sam qui ne peut s'approcher de Castiel, reste au bunker avec Kevin pour déchiffrer la tablette. Crowley, toujours détenu, propose de les aider à traduire la tablette en échange d'un coup de fil à Abaddon...

Dean reçoit l'appel de Sonny, un ancien ami, qui lui demande de l'aide à propos d'une sombre histoire de fantôme. Avec cette affaire, Sam découvre avec stupeur un épisode méconnu de l'adolescence de son frère : à 16 ans, Dean a été pris en flagrant délit de vol, puis enfermé durant deux mois dans une maison de redressement. Les souvenirs de Dean refont surface...

La shérif Mills sollicite l'aide de Sam et Dean après une affaire de disparitions au coeur d'une petite ville, dans le Dakota Sud. Les personnes disparues appartiennent toutes au même groupe de chasteté. Pour les besoins de leur enquête, Sam et Dean infiltrent la communauté pour retrouver leurs traces...

Dans la petite ville de Caribou, au milieu du Wyoming, un bus scolaire s'arrête à côté d'un bar. Les jeunes filles, membres du club de chant d'une église, descendent du véhicule et se retrouvent confrontées à une bande de motards. Ces derniers se montrent menaçants, et leur conseillent de déguerpir. Mais les adolescentes ne comptent pas se laisser faire, et se mettent à les massacrer. Sam et Dean savent qu'il s'agissait d'anges, et se rendent donc sur les lieux de la tuerie pour mener leur enquête...

Dévasté par la mort de Kevin, Dean veut retrouver l'ange qui l'a tué pour le venger, mais aussi pour libérer Sam. Castiel le rejoint au bunker et suggère d'essayer de séparer le cerveau de Sam de celui de l'ange pour pouvoir parler à Sam et l'expulser de Gadriel. Le seul problème est que la seule personne capable de réussir cette manipulation est Crowley...

Suite à une altercation avec Sam, Dean est parti. Désireux de se venger de Gadriel, qui a tué le jeune Kevin, Dean est forcé de s'allier avec Crowley. Celui-ci lui demande de l'aider à tuer Abbadon, l'un des Cavaliers de l'Enfer, qui le menace. Crowley révèle alors à Dean qu'une arme spéciale, La Première Lame, pourrait permettre de porter un coup fatal à la créature. Les deux hommes partent en quête de cette arme fabuleuse mais malheureusement, ils se retrouvent nez à nez avec Cain. Parallèlement, Castiel aide Sam à reprendre possession de son corps. Lais la possession laisse des traces en lui...

Sam et Dean ont découvert que Garth se trouve à l'hôpital. Ils s'y rendent. Toujours écrasé par la culpabilité au sujet de Kevin, Dean interroge Garth...

Sam et Dean mènent l'enquête après une série de meurtres étranges. Plusieurs victimes obèses ont été retrouvées allégées, parfois de plusieurs dizaines de kilos. Très vite, les deux frères suspectent des sorcières. Après quelques recherches, ils se rendent compte que les victimes fréquentaient un centre de soins, spécialisé dans la perte de poids. Pour découvrir ce qui se cache dans les coulisses de l'établissement, ils essayent de se faire embaucher sous de fausses identités. Alors que Sam est recruté comme coach de fitness, Dean termine en cuisine, à enchaîner les corvées. Ils vont faire de surprenantes découvertes...

Sam et Dean découvrent avec stupeur que le bunker est hanté par le fantôme de Kevin. Ce dernier leur apprend que, depuis la chute des anges, le Paradis est fermé et que tous les morts sont coincés comme lui, près du lieu de leur mort. Il leur demande de retrouver sa mère, qui n'est pas morte, mais retenue prisonnière par un sbire de Crowley. Castiel, quant à lui, est capturé par les hommes de Barthélémy...

A Springdale, dans le nord-ouest des Etats-Unis, une jeune prend quelques selfies. Mais sur ses photos, elle découvre qu'un monstre se trouve derrière elle. Paniquée, elle part se cacher dans son placard, tout en appelant les secours. Mais il est trop tard, et la créature lui tranche la gorge. Dean apprend ce qui s'est passé, et se décide à partir sur les lieux du crime, sans Sam. Mais celui-ci insiste sur le fait qu'ils doivent travailler ensemble. Une fois sur place, ils se rendent vite compte qu'ils ne sont pas les seuls sur l'affaire : les «Ghostfacers» s'en mêlent aussi...

Les Winchester sont inquiets. Ils n'ont plus de nouvelles de Crowley. Et celui-ci est censé retrouver la Lame - la seule et l'unique - capable du tuer un Chevalier. Ils veulent s'en servir pour mettre fin au règne d'Abaddon. Or, le roi de l'Enfer, devenu addict au sang humain, part à la dérive. Sam et Dean décident de reprendre les choses en mains. C'est alors que Crowley appelle Sam et Dean pour leur dire qu'il s'est blessé, et qu'on lui a transfusé du sang humain...

A Milton, dans l'Illinois, une mère de famille rentre chez elle et devient tout à coup agressive avec son mari. Elle l'assassine brutalement, sans raison apparente. Pendant ce temps, Dean, qui souffre d'insomnie, fait des recherches à la librairie. Sam le rejoint et lui annonce qu'il a trouvé une nouvelle affaire. Mais Dean est obsédé par sa recherche d'Abaddon, et ne souhaite pas se détourner de son chemin. Sam est inquiet, mais décide malgré tout de partir, seul, sur le nouveau cas. Une fois sur les lieux du crime, il commence son enquête, et découvre que la jeune meurtrière est elle aussi décédée...

La traque d'Abaddon est infructueuse. En revanche, des crimes groupés sont découverts : il s'agit d'anges pris au piège par Gadreel, l'assistant de Metatron. Castiel tombe sur un allié inattendu pour l'épauler dans son combat. Quant aux Winchester, ils vont eux aussi croiser une vieille connaissance...

La sheriff Jody Mills décapite le «frère» d'Annie, un vampire qui essayait de lui faire du mal. Elle appelle ensuite Sam et Dean pour leur demander de l'aide. Les deux frères vont essayer de savoir si Annie est elle aussi une vampire qui s'ignore. Pendant ce temps, Jody commande un test ADN, dont les résultats lui permettent de découvrir la véritable identité de la jeune femme. Annie a en fait été kidnappé huit ans auparavant. Elle leur explique alors que ses ravisseurs étaient des vampires, qui formaient sa deuxième famille. Mais au bout de quelques années, elle a décidé de fuir ces créatures...

Sam et Dean, qui se trouvent à Chicago, découvrent que des clans de créatures monstrueuses rôdent dans les couloirs souterrains du métro de la ville et y sèment la terreur. Au cours de leur périple, ils font la connaissance d'Ennis, un soi-disant chasseur, qui cherche à prendre sa revanche sur l'un de ces groupes de monstres...

En 1723, le jeune Gavin MacLeod se prépare pour un voyage vers les colonies. Mais, grâce à son pouvoir de voyager dans le temps, Abaddon arrive et le téléporte en 2014. Dans le même temps, de nos jours, Ezra se fait kidnapper par l'un des fidèles de Metatron. Sam et Dean arrivent au quartier général des rebelles, où Castiel les informe sur la situation. Un informateur explique à Dean qu'il a caché une épée dans un cadavre, et lui dit où la trouver. Mais la quête risque de ne pas être de tout repos. Pour sa sécurité, il lui donne aussi un mot de passe censé le sortir des situations périlleuses...

Après une attaque d'anges, Castiel appelle à l'aide Sam et Dean. Alors qu'ils partent, l'ardeur de Dean pour emmener la Première Lame ne passe pas inaperçue aux yeux de Sam, qui s'inquiète des effets secondaires sur son frère à chaque fois qu'il l'utilise. Castiel est choqué quand il découvre que l'ange responsable de l'attaque est un de ses disciples et qu'il l'a fait en son nom. Dean comprend alors qu'il y a une conspiration au sein des disciples de Castiel, menée par Tessa, la Faucheuse...

Dean, sous l'influence de Mark, attaque Gadreel. Mais Sam et Castiel parviennent à l'arrêter et à l'enfermer. Profitant de l'occasion, Gadreel s'enfuit. Mais les deux compagnons le rattrapent. Ensemble, ils montent un plan pour contrer le pouvoir grandissant de Metraton. Pendant ce temps, au Paradis, ce dernier ne répond plus qu'au nom de «Dieu». Une fréquence radio pour contacter tous les anges de la planète est mise en place. Il leur annonce que les portes du Paradis seront temporairement fermées...