Minął rok i Dean, porzuciwszy polowania, mieszka z Lisą i jej synem Benem. Tajemniczo uwolniony z klatki Lucyfera Sam odnajduje Deana i namawia go do powrotu do walki, przedstawiając mu dotąd nieznany świat - rodzinę Campbellów, na których czele stoi ich dziadek - Samuel.

Sam bada sprawę zaginięcia noworodków, których rodzice zostali zamordowani. Na miejscu jednej ze zbrodni znajduje niemowlę, które nie zostało uprowadzone. Dzwoni do Deana z prośbą o pomoc. Niechętny do opuszczenia Lisy i Bena, Dean w końcu się godzi i jedzie spotkać się z bratem, którego zaskakuje rodzicielską postawą w stosunku do dziecka. Bracia zabierają niemowlę do Samuela, który decyduje się wychować je na łowcę, czym bardzo denerwuje Deana. Zanim mogą zdecydować o przyszłości dziecka, do domu włamuje się zmiennokształtny z zamiarem porwania malca.

Po tym, jak Bobby dowiaduje się, że Crowley wcale nie ma zamiaru oddać mu duszy, łowca bierze sprawy we własne ręce. Dzwoni do Sama i Deana po pomoc, po tym, jak odkrywa jeden z najgłębszych sekretów Crowleya. W między czasie Sam i Dean dowiadują się, co Bobby robi całymi dniami, kiedy nie ma ich w pobliżu.

Po tym, jak kilka młodych dziewczyn zaginęło, Sam i Dean orientują się, że w małym miasteczku grasuje grupa wampirów. Po walce z dwoma krwiopijcami, Dean zostaje ugryziony i przemieniony w wampira. Samuel wyjawia Deanowi, że zna sposób na wyleczenie młodego łowcy, ale potrzebuje do tego krwi wampira, który go ugryzł. Starszy Winchester udaje się do kryjówki wampirów i trafia na samego przywódcę.

Sam i Dean badają serię samobójstw i dowiadują się, że ofiary, przed śmiercią dowiedziały się jakiejś brutalnej prawdy, która doprowadziła ich do szaleństwa. Odkrywają, że ktoś przyzwał Boginię Prawdy, Veritas, która zmusza ludzi do bycia szczerymi, wbrew ich woli. Dean zostaje kolejną ofiarą. Zmuszony jest powiedzieć Samowi prawdę odnośnie swoich uczuć dotyczących wydostania się jego brata z piekła.

Dean staje się podejrzliwy w stosunku do motywów kierujących Samuelem, ale Sam nie jest przekonany do stwierdzenia Deana. Bracia udają się na polowanie z dziadkiem i resztą Cambellów, które nie kończy się zbyt wesoło.

Dean i Sam badają sprawę, która na pierwszy rzut oka wygląda na wilkołaka, ale okazuje się, że odpowiedzialny jest skinwalker, który przybiera postać domowego psa i mści się wrogach swojego właściciela. Po tym, jak udaje im się złapać psa, który ponownie zamienia się w człowieka i mówi im skinwalker Alfa stworzył wiele na razie uśpionych komórek, które kiedy urosną będą pod jego rozkazami i zabiją ich rodziny. Jedynym sposobem na powstrzymanie tego, jest zabicie Alfy.

Podczas kiedy Sam i Dean badają sprawę, która wygląda na atak UFO, Dean zostaje porwany ze środkach kręgów zbożowych. Kiedy się budzi, orientuję się, że wcale nie mają do czynienia z kosmitami, tylko z wróżkami! Dużym problemem okazuje się fakt, że tylko Dean jest w stanie widzieć wróżki, które atakują go, utrudniając tym samym rozwiązanie sprawy.

Meg porywa Sama i Deana i stara się zmusić ich do powiedzenia jej, gdzie ukrywa się Crowley. Sam zawiera z nią umowę - bracia pomogą jej go odnaleźć, jeżeli ona obieca im, że będzie torturować demona w celu dowiedzenia się, jak odzyskać duszę Sama. Castiel dołącza się aby pomóc, ale trudno mu jest współpracować z Meg.

Dean szuka Śmierci, aby prosić go o pomoc przy odzyskaniu duszy Sama. Jeździec mówi mu, że pomoże, jeżeli Dean zgodzi się przejąć rolę Śmierci na 24 godziny. W międzyczasie Sam dochodzi do wniosku, że nie chce odzyskać duszy i prosi Baltazara, aby ten użył zaklęcia, które będzie trzymało duszę z dala od jego ciała. Anioł informuje go, że aby odprawić czar potrzebna będzie krew jego ojca. Skoro John Winchester nie żyje, Sam decyduje się użyć krwi Bobby'ego.

Dean i Bobby z niepokojem czekają, aż Sam się obudzi, aby przekonać się, czy Śmierci udało się przywrócić Winchesterowi duszę nie doprowadzając go do szaleństwa. W międzyczasie natrafiają na sprawę zaginionych dziewic. Wkrótce okazuje się, że za porwaniami kryją się smoki. Bobby wysyła Deana do znajomej pani doktor, która posiada jedyną broń zdolną zabić smoka, ale zanim ją zdobędzie, Dean musi najpierw udowodnić, że jest jej godzien.

Sam zaczyna miewać przebłyski pamięci ze starej sprawy, nad którą pracował razem Samuelem, jeszcze zanim Dean do niego dołączył. Młody Winchester dostaje tajemniczego sms-a z koordynatami wskazującymi małe miasteczko. Bracia postanawiają zająć się sprawą. Dean jest zaskoczony tym, co miejscowi ludzie mówią o postępowaniu Sama, gdy był tutaj za pierwszym razem.

Ben dzwoni do Deana i mówi mu, że Lisa ma kłopoty. Dean zostawia prowadzenie dochodzenia Samowi i rusza ratować Lisę. Nie jest jednak przygotowany na to, co zastaje pod jej drzwiami. W tym czasie Sam odkrywa, że zamordowani mężczyźni brali udział w okrutnym dowcipie, jaki zrobili swojej koleżance z pracy, która uznawana jest obecnie za zaginioną.

Rafał atakuje Castiela i jego sprzymierzeńców nasyłając anielskiego zawodowego zabójcę na Baltazara, Sama i Deana. Aby ochronić braci, Baltazar przenosi ich do alternatywnej rzeczywistości, gdzie są gwiazdami telewizyjnego serialu zatytułowanego Supernatural, znanymi jako aktorzy Jensen Ackles i Jared Padalecki. Bracia wpadają w coraz większe zdumienie, gdy Castiel okazuje się być uzależnionym od twittera aktorem o imieniu Misha Collins, a Sam jest mężem Ruby.

Sam, Dean i Bobby szukają najnowszego dziecka Matki, lecz wpadają w kłopoty odkrywając, że Samuel i Gwen są na tym samie tropie. Gdy sytuacja się pogarsza, między Samuelem i Bobbym dochodzi do sprzeczki o znalezienie najlepszego rozwiązania wydostania się z tarapatów.

Baltazar zmienia losy świata poprzez zapobiegnięcie zatonieciu Titanica. Teraz wszystko zależy od Sama i Deana, aby to naprawić.

Dean, Sam i Bobby odkryli sposób na pokonanie Eve, jednak aby ich plan mógł wejść w życie, muszą cofnąć się w czasie i poprosić o pomoc samego Samuela Colta. Castiel przenosi Winchesterów na Dziki Zachód.

Sam, Dean, Bobby i Castiel tropią Eve aż do małego miasteczka w Oregonie. Łowcy odkrywają, że mieszkańcy zostali przemienieni w monstra, ale co zaskakujące wszyscy szybko umierają. Gdy w końcu udaje im się spotkać z Eve, przybiera ona postać ich matki, Mary Winchester.

Castiel opowiada Samowi, Deanowi i Bobby'emu o wojnie w niebie. Jak on i Rafael stali się wrogami. Bobby uważa, że Castiel coś ukrywa, ale Dean nie chce w to uwierzyć.

Spełnia się najgorszy koszmar Deana. Demon porywa Bena i Lisę, by złapać Deana. Żeby móc ich uwolnić, Sam i Dean zostają zmuszeni do zawarcia niewygodnego sojuszu.

Ściana w głowie Sama pęka, co sprawia, że młodszy Winchester musi zmierzyć się z własnym koszmarem samotnie. Dean i Bobby nie mogą nic zrobić, jak tylko patrzeć bezczynnie. Na dodatek Castiel i Crowley są coraz bliżej otwarcie drzwi do czyśćca.