Dean escapa del infierno y se reencuentra con Bobby y Sam luego de 4 meses. Juntos deciden buscar quién fue el demonio que sacó a Dean del infierno y al final se encuentran con Castiel, un ángel enviado por Dios para sacar a Dean del infierno. Cuando Dean le pregunta por qué lo salvaron, el angel le dice que Dios tiene un trabajo para él.

Sam, Dean y Bobby están siendo buscados por los enojados espíritus de las personas que no lograron salvar. Bobby se defrauda cuando los fantasmas de dos chicas, a las cuales él no pudo rescatar, comienzan a perseguirlo. Dean y Sam piensan que se volverán locos cuando los fantasmas del agente del FBI Victor Henrickson (Charles M Whitfield) y Meg Masters (Nicki Aycox) aparecen, acusándolos de haberles fallado.

Dean es transportado el pasado por Castiel, a Lawrence, Kansas, a los años 1970. En ese lugar, conoce al joven John Winchester (Matthew Cohen) y a Mary (Amy Gumenick), sus padres. Esta reunión familiar se hace más interesante cuando conoce a su abuelo Samuel Campbell (Mitch Pileggi).

Dean Winchester descubre que su hermano Sam se encuentra matando demonios a sus espaldas con la ayuda de Ruby, en eso reciben un trabajo de un viejo conocido Travis la cual es ayudar a cazar a un Rougarou pero Sam se niega a matarlo alegando que todos pueden cambiar lo que son.

Todo se presenta tal cual una película de terror antigua, los Winchester van camino a Pensilvania tratando casos de monstrUos tales como dracula, el hombre lobo, etc.,todo eso parece tan extraño hasta que Dean se enfrenta con el supuesto dracula y así consigue averiguar de que se trata todo, mientras tanto Sam averigua que Dean no siempre tiene la razón. Un cambiante es la razón del problema.

Sam y Dean investigan la misteriosa muerte de varios hombres que al parecer murieron de miedo. visitan a una de las víctimas en la morgue, y Dean se infecta con la enfermedad que comienza como una ansiedad general, a continuación, pasa a un auténtico terror que con el tiempo se detiene el corazón. Sam y Bobby deben encontrar la raíz de la enfermedad antes de Dean muera y sea enviado de vuelta al Infierno.

Faltan pocos días para Halloween y Sam y Dean investigan dos misteriosas muertes en un pequeño pueblo. Los hermanos encuentran 6 bolsas que contienen un hechizo para llamar invocar a un peligroso demonio llamado Samhain, que resulta ser nada más que otro de los sellos que Lilith planea romper.

Sam y Dean investigan que ocurre la pequeña ciudad de Concrete en Washington. Donde un osito de peluche viene a la vida, alguien gana la lotería, un adolescente puede convertirse en invisible, un chico acosado tiene fuerza sobre-humana. Los hermanos se dan cuenta que cada deseo que es concedido, termina en mal estado, el resultado de los deseos de ser concedidos por el dios babilónico del caos, Tiamat. En este episodio Dean le dice a Sam que si recuerda lo que le paso en el infierno, pero se niega a decirle lo que pasó.

Ruby les dice a Sam y Dean que un poderoso demonio llamado Alastair está búscando a una chica llamada Anna, que puede oír conversaciones de los ángeles. Los tres intentan encontrarla, pero una vez que lo hacen, Alastair ataca y Ruby se escapa con la chica. Dean cuestiona la confianza de Sam en Ruby, por lo que Sam le cuenta lo que sucedió durante esos meses que él estuvo en el infierno y de cómo Ruby le salvó la vida.

Sam y Dean finalmente entienden por qué Castiel y Uriel quieren asesinar a Anna. Sin embargo, ellos no están de acuerdo con los ángeles. Sam y Dean intentan protegerla. Mientras tanto, Alastair y sus demonios los siguen. Por fin en este episodio Dean le cuenta a Sam lo que le hicieron en el infierno.

Sam y Dean ayudan a una familia que está siendo torturada por un espíritu vengativo. Los hermanos piensan que es un espíritu vengativo pero se dan cuenta que son una mujer y su hermano que han estado atrapados atrás de las paredes de una casa.

Sam y Dean investigan a un grupo de magos que, misteriosamente, ahora poseen un gran éxito.

En este episodio, los hermanos cazaran en una de las escuelas a las que asistieron cuando eran niños. Durante su investigación, vamos a descubrir - gracias a la utilización de algunos flashbacks - ¿Qué significo la escuela para Sam y Dean?.

Sam y Dean tendrán que luchar contra la voluntad y el hechizo de las sirenas de un pequeño poblado de Iowa. Estas criaturas, que en su desesperación por amor consiguen que sus víctimas se autodestruyan como prueba de su devoción, se encargarán de manipular a los Winchester y llevarlos a una pelea hasta la muerte.

Sam y Dean investigan un pueblo pequeño donde las personas no pueden morir. Descubren que los Reapers se han perdido, por eso van donde Pamela Barnes para que los ayude. Ella los envía al mundo espiritual para buscar respuestas y terminan enfrentándose a Alastair, que ha secuestrado a los reapers para romper otro sello.

Alguien encontró la espada de Lucifer y la está utilizando para matar Ángeles. Castiel y Uriel han capturado a Alastair y piden a Dean que utilice las habilidades de tortura que aprendió en el infierno para sacarle información y así parar los asesinatos. Sam se preocupa por que su hermano no sea capaz de hacerlo pero este quiere hacerlo, cuando Alastair revela información impactante el mundo de Dean se viene abajo.

¿Que harían los Winchester si no fueran cazadores? En una vida paralela, Dean es un empresario amante de las bebidas energizantes, y Sam se dedica al soporte técnico.

Sam y Dean quedan impactados después de descubrir una serie de libros titulados "Supernatural" que describen detalladamente su vida como cazadores de demonios. Ellos van tras el escritor, Carver Edlund, que le explica a los hermanos que ha tenido visiones las cuales ha publicado en las historietas. Se Revela que es un profeta de dios , y que lo cuida un Arcangel, Carver les dice que Lilith esta al acecho y que ella tiene un plan para Sam.

Castiel se le aparece a Dean en un sueño y le dice que tiene algo importante que decirle pero tiene que ser en privado. Dean y Sam van a buscar a Castiel pero se encuentran con Jimmy su huésped que tiene muy pocos recuerdos de haber sido un ángel. Jimmy quiere reencontrarse con su familia y seguir con su vida normal, pero Dean y Sam se muestran muy preocupados por su seguridad.

Bobby y Dean encierran a Sam en el "cuarto del pánico" con el fin de que se desintoxique de la sangre de demonio. Sin embargo cuando Bobby ve que los últimos sellos están siendo rotos le dice a Dean que deben liberar a Sam para impedir el apocalipsis.

El apocalipsis esta por venir, y Sam y Dean se preparan para la batalla final de diferentes maneras, Sam se concentra en encontrar a Lilith y matarla de una vez. Mientras que Dean es secuestrado por Castiel y Zachariah.