Seizoen 13 gaat verder waar we waren gebleven, met het verlies van de moeder van Sam en Dean, de ondergang van Crowley, de dood van Castiel en de geboorte van de zoon van Lucifer.

Sam en Dean onderzoeken waar Jack toe in staat is. Tijdens een onverwacht bezoek van Donatello wordt duidelijk dat Jack bescherming nodig heeft.

Helderziende Missouri Moseley roept de hulp in van Dean en Jody om haar kleindochter Patience te beschermen tegen een geest.

Meerdere patiënten van een rouwcounselor duiken dood op, en Sam, Dean en Jack gaan op onderzoek uit en moeten hun eigen rouwgevoelens onder ogen komen.

Wanneer ze aan een zaak werken waarbij de geest van een dementerende arts betrokken is, krijgen Sam en Dean hulp uit onverwachte hoek – de Reaper Billie.

Herenigd met Jack, gaat Castiel samen met Sam en Dean naar een slaperig wildweststadje, waar de jeugdfantasie van Dean tot leven komt wanneer hij een schietgrage bandiet moet confronteren.

Terwijl Asmodeus de achtervolging heeft ingezet, blijven Sam en Dean naar Jack zoeken en lopen zij tegen een bekende vijand aan.

De Winchesters stemmen in om een mysterieuze koffer van een demon te stelen in ruil voor een toverspreuk waarmee Jack kan worden gevonden.

In een wanhopig poging om zich te bewijzen aan Sam en Dean, roept Jack de hulp in van de dromenvanger Kaia om Mary Winchester in het alternatieve universum te vinden.

Wanneer Sam en Dean vermist worden, brengt Jody Mills een groep samen bestaande uit Claire Novak, Alex Jones, Patience Turner, Kaia Nieves en Donna Hanscum voor de jacht van hun leven.

Wanneer Donna’s nicht Wendy wordt vermist, ontdekken Sam, Dean en Donna dat zij is ontvoerd door een man die menselijke delen aan monsters verkoopt.

Twee heksenzussen stelen een boek vol krachtige spreuken van de Winchesters en Sam en Dean krijgen hulp van een verrassende bondgenoot – Rowena, die terug is uit de dood!

Sam, Dean en Castiel zoeken naar Lucifer die een onwaarschijnlijke deal sluit met een plaatselijke geloofsgenezer. Ondertussen heeft Asmodeus Jack bijna gevonden.

Sam, Dean en Cas proberen de breuk te openen. Jack en Mary ontsnappen aan Michael en vinden een bondgenoot in Bobby Singer uit de apocalyptische wereld.

Nu ze bijna alle benodigdheden hebben om de breuk te openen om Mary en Jack te redden, zoeken Sam en Dean naar het ontbrekende ingrediënt op een zwarte markt voor religieuze relikwieën.

Zoinks! Sam, Dean en Castiel komen in de geanimeerde wereld van Scooby-Doo terecht, waar ze hun krachten bundelen met het Scooby-team om een spookachtig mysterie op te lossen.

Sam en Dean verzamelen alles wat nodig is om de breuk naar de andere wereld te openen, en vinden een bunker van de Men of Letters uit 1920 en een hongerige god uit een andere dimensie.

Lucifer heerst over de hemel met Jo. Dean zit dicht op het spoor van Mary en Jack. Sam en Castiel zijn verbijsterd over de terugkeer van Gabriel.

Gabriel is terug en betrekt Sam en Dean bij zijn wraak op de halfgoden die hem aan Asmodeus hebben verkocht.

Sam, Dean, Castiel en Gabriel moeten samenwerken om Mary en Jack thuis te brengen. Ondertussen kan de ontmoeting tussen Rowena en Lucifer zaken onherroepelijk veranderen.

Sam en Dean bedenken een plan dat onschuldige levens zal redden. Ondertussen blijft Jack worstelen met de gevolgen van zijn beslissingen.

In de seizoensfinale zetten Sam en Dean de strijd voort tussen goed en kwaad, maar één impulsieve beslissing zou het leven van één van de broers voor altijd kunnen veranderen.